cytoscape绘制互作网络图（一）

目前很多人可能都在考虑如何绘制一个好看的互作网络图，绘制这样的图是一件很难事情，下面我会分几次来分别讲述，如何绘制：

一、基本互作图的绘制

首先，需要一个绘制互作网络的软件，cytoscape，该软件是用Java来写的，在安装之前需要先安装Java，在这里我不详细去介绍，怎么下载并安装这个软件。
其次，需要准备两个文件，第一个代表互作关系的表格，这个表格里面主要包含两列，如下表所示，很多人会问，如何获得这两个基因之间是否存在相互作用呢，不同的人的做的方式不同，现在最常见的，最简单的方式就是使用string的在线网站进行分析，看两者有没有相互作用（该网站的使用，我会在另一篇博客中去介绍），第二个是在网络中出现的基因，也就是通常说的node的属性，这些属性，可以是上下调，可以是分类等，所有你能想到的，都可以使用。
相互作用表格

属性文件，可以是两列，也可以是三列

这时候所有的准备工作都做好了，可以直接进行绘制图片了
打开cytoscape软件，界面如下，导入数据，先导入第一个文件，包含互作关系的文件


导入第二个文件


这时候一个网络图就出来了

这样图片完全不美观，那么下面我该怎么去处理呢？
1、让node的大小随着连接数的多少来显示
首先ctrl+A选择全部的点，




出来的图片如下所示

但是现在出现第二个问题了，怎么都变成透明色了，可以后期改变颜色嘛？
当然可以了！
2、修改点的颜色

这里面都是关于点的属性，可以按照自己的需求去修改
比如说，第一个框代表的是所有的node同时设置的，但是第二个就会用到我们之前用到的属性文件，可以根据不同的分组设置不同的颜色，这里，我不详细介绍。

下面的是三个不同的对象，第一个是点，第二个是边，第三个是网络，根据自己的需求去修改。

今天的分享就到这里，下一期会介绍，如何使用string寻找两者的互作关系。
有不太懂得可以私信我