R函数-复制基因集后的筛选组合

一篇文章清晰解释了如何将PDF文档中复制的基因集导入到R中，并完成一些列处理，保存为字符型向量。涉及到各种常用函数的组合，以及完成工作的步骤，在此做个小结。

参考原文

待提取的基因集

主要步骤

1. 粘贴到R窗口界面，保存到字符串变量。
2. 替换换行符为空格，gsub("\n", " ", tmp), 然后将字符串分割为字符型向量as.character(str_split(tmp,' ', simplify = T))。str_split默认返回字符列表，simplify参数为真时返回矩阵
3. 检查替换后基因数量是否一致length()，否则作相应替换 str_replace(x,"from","to"), setdiff(x,y)或赋值更改，最后统一去重unique()，并作数量上验证。

paper_marker_1 <- str_replace(paper_marker,c('Ndu','fa4l2'),"Ndufa4l2")
#比较替换前后区别，setdiff(x,y), 只在x中存在而不在y中
setdiff(paper_marker_1,paper_marker) 
paper_marker_2[paper_marker_2=='CPdgfrabp1'] <- 'Crabp1'
paper_marker <- unique(paper_marker_2)
length(paper_marker)

小结

主要是stringr包中相应函数的应用，及gsub()和其他命令的组合。去重应该是所有其他步骤完成后统一处理。

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