SRA数据(1)------SRA数据下载

一.prefetch下载：

安装SRA Toolkit：

1.下载Toolkit：进入下面的网址，选择适合自己电脑的版本下载，网速不好的推荐挂后台，80M左右，不大。

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

2.解压安装： tar -zxvf     文件名

$ tar -zxvf sratoolkit.2.10.0-centos_linux64.tar.gz

sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/

sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/

sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/abi-dump

sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/abi-dump.2

sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/abi-dump.2.10.0

sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/abi-load

sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/abi-load.2

sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/abi-load.2.10.0

sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/align-info

sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/align-info.2

...

3.配置环境：最好先pwd先查看自己的具体路径，避免出错，配置好之后可以 prefetch -V查看一下是否路径添加成功.

$ ls

sratoolkit.2.10.0-centos_linux64  sratoolkit.2.10.0-centos_linux64.tar.gz

$ cd sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/

$ ls

bin  CHANGES  example  README-blastn  README.md  README-vdb-config  schema

$ cd bin

$ pwd

/home/user/test2/sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin

$ echo 'export export PATH=$PATH:/home/user/test2/sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin' >> ~/.bash_profile

$ source ~/.bash_profile

$ prefetch -V

/home/user/test/sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/prefetch : 2.10.0

4.prefetch 单个数据下载：

    以SRR548905为例：

$ prefetch SRR5489805

2020-01-14T05:42:57 prefetch.2.10.0: 1) Downloading 'SRR5489805'...

2020-01-14T05:42:57 prefetch.2.10.0: Downloading via https...

...

5.prefetch批量下载数据：

    获取Accession List：

        进入NCBI的SRA数据库输入SRP号：

获取Accession List'

    Accession List大概长这个样子：

Accession List

$ prefetch --option-file SraAccList.txt

下载完成后，文件被存储在默认目录：/home/usr/ncbi/public/sra/

二.wget 下载（推荐）：

1.wget 单个数据下载：以SRR5489805为例，建议挂后台，如果网速给力的话就直接下.

    获取下载地址：

获取SRR数据下载地址

获取SRR数据下载地址

$ wget https://sra-download.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra60/SRR/005361/SRR5489805 &

[1] 29674

$ --2020-01-14 14:16:05-- https://sra-download.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra60/SRR/005361/SRR5489805

正在解析主机 sra-download.ncbi.nlm.nih.gov (sra-download.ncbi.nlm.nih.gov)... 130.14.250.24, 130.14.250.25, 130.14.250.28

正在连接 sra-download.ncbi.nlm.nih.gov (sra-download.ncbi.nlm.nih.gov)|130.14.250.24|:443... 已连接。

已发出 HTTP 请求，正在等待回应... 200 OK

长度：3491558416 (3.3G) [application/octet-stream]

正在保存至: “SRR5489805.1” 0% [ ] 646,937 188KB/s 剩余 5h 1m

2.wget批量下载数据：

    获取下载地址：在Send to下选择Runinfo而不是Accession List：

获取批量下载的地址

文件大概长这个样子：

Runinfo文件

然后把这些下载地址保存在一个新的文件中：

下载地址

然后利用wget -i 文件 直接下载：

$ nohup wget -i download_path.txt &

[1] 30328

$ nohup: 忽略输入并把输出追加到"nohup.out"

SRA数据的下载方式还有很多，但是我个人比较推荐wget直接下载，挂后台稳定高效，大家也可以搜索一下其它的下载方式，找到一个适合自己的。

SRA数据下载就只能分享这么多了，希望各位大佬多多批评指教。

下一期预告：SRA数据(2)------SRA数据处理