生信小组DAY5-JANE

数据类型

先上思维导图

思维导图

向量（vector）：重要
矩阵（Matrix）
数组（Array）
数据框（Data frame）：重要
List

一、向量

向量

• 1.标量和向量的区分

元素：可为数字或字符串
数字：1,2,3
字符串：s=“abcdefghij”，则s[1]=“a”，s[10]="j"
标量：一个元素组成的变量
向量：多个元素组成的变量
赋值：赋予这个变量一个数值（其实也不一定是数值，还可以是字符串/数据框等等）

赋值

• 2.从向量中提取元素

（1）根据元素位置
（2）根据值的大小的

• 根据元素位置
  

  下图应该说是元素，也有可能不是单纯的数值
  

  提取

• 根据数值大小
  a[a %in% c(1,2,3)] ：存在于向量c（1，2，5）中的元素

  
  
  

  2

二、数据框

1、读取本地数据

**read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T) **：读取文件，分隔符为Tab，有表头
a<-read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T) ：把这个数据框赋给一个变量a

开始时一直报错

报错

结果是因为这个软件每次开启时要重置工作目录

重置

终于好了，还是出错了

读取数据

把数据框赋给变量a

数据框赋值

2、设置行名和列名

• 打开本地目录
• colnames(X) ：查看列名
• rownames(X) ：查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
• colnames(X)[1]<-"bioplanet":有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
• X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1):最后row.names的意思是修改第一列为行名

打开目录

查看行列名

修改表头

第一列变为行名

3、数据框的导出

导出

更改后

4、变量的保存与重新加载

这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?
学会保存和重新加载。保存的格式是RData。

• save.image(file="bioinfoplanet.RData")：保存当前所有变量
• save(frame1,file="frame1.RData")：保存其中一个变量
• load("frame1.RData")：再次使用RData时的加载命令

保存当前所有变量

保存所有变量

保存其中一个变量

单个变量保存

更改后

再次使用RData时的加载命令

再次加载

5、提取元素

提取元素

6、直接使用数据框中的变量

提取某两列作散点图：

image.png

其中case和value为某列的名称

散点图