2020-11-13

#####利用转录组或重测序数据原始reads匹配到目的序列，以验证序列的准确性。以RNA-Seq of Hippopotamus amphibius: adult male skin——SRR8270566为例#####

prefetch SRR8270566    #下载SRA数据库的reads数据，另：wget -c https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos1/sra-pub-run-2/SRR8270566/SRR8270566.1也可（推荐）

fastq --split-3 SRR8270566.1    #转换为fastq格式

bwa index -a bwtsw hamp.fas    #目的序列建立索引

bwa mem -t 20 -M -R "@RG\tID:hamp\t" hamp.fas SRR8270566.1_1.fastq SRR8270566.1_2.fastq > hamp.sam  #比对，生成sam文件

samtools sort -@ 30 -m 10G -O bam -o hamp.bam hamp.sam    #生成二进制bam文件

samtools index hamp.bam          #生成bam.bai文件

###利用IGV或Tablet软件将hamp.fas、hamp.bam、hamp.bam.bai可视化###

#####There’s More Than One Way To Do It！仅供参考！#####