叶桂即叶天士，本来就“神悟绝人”、聪明绝世，加之这样求知如渴、广采众长，且能融会贯通，因此自然在医术上突飞猛进，不到三十岁就医名远播。除精于家传儿科，在温病一门独具慧眼、富于创造之外，叶天士可谓无所不通，并在许多方面有其独到的见解和方法。在杂病方面，他补充了李东垣《脾胃论》详于脾而略于胃的不足，提出“胃为阳明之土，非阴柔不肯协和”，主张养胃阴；在妇科方面，阐述了妇人胎前产后、经水适来适断之际所患温病的症候和治疗方法；他对中风一症有独到的理论和治法；他还提出久病入络的新观点和新方法，如此等等，不一而足。由于精研古籍，他还十分善于运用古方。
叶天士最擅长治疗时疫和痧痘等症，是中国最早发现猩红热的人。在温病学上的成就，尤其突出，是温病学的奠基人之一。清代乾隆以后，江南出现了一批以研究温病著称的学者。他们以叶天士为首，总结前人的经验，突破旧杠杠，开创了治疗温病的新途径。叶天士著的《温热论》，为我国温病学说的发展，提供了理论和辨证的基础。他首先提出“温邪上受，首先犯肺，逆传心包”的论点，概括了温病的发展和传变的途径，成为认识外感温病的总纲；还根据温病病变的发展，分为卫、气、营、血四个阶段，作为辨证施治的纲领；在诊断上则发展了察舌、验齿、辨斑疹、辨白疹等方法。清代名医章虚谷高度评价《温热论》，说它不仅是后学指南，而且是弥补了仲景书之残缺。
叶桂酷爱医学，性格谦逊，信守“三人行必有我师”的古训。凡是听说有比自己高明的医生，都不远千里，前往求教，不管什么人，只要比自己有本事的，他都希望拜之为师。这样，他的老师有长辈，有同行，有病人，甚至还有和尚。当他打听到某人善治某病，就欣然前往，学成后才离去。从十二岁到十八岁仅仅六年，他除继家学外，先后踵门求教过的名医，就有十七人。当然也有特殊事例发生过，叶天士与薛雪。一次，叶天士的母亲病了，高热大汗，面赤口渴，脉象洪大，叶天士开了药方，可服后总不见效，他知道治疗母亲的病应该使用白虎汤，可总是担心母亲年岁已大，受不了这种攻伐力量强的方剂。薛雪闻得此事后，笑道：“老太太得的是这个病，本就该用白虎，药下对了，当然不会伤人，有什么可犹豫的呢？”叶天士闻言顿悟，便改用此方，果然很快就好了。于是，他亲自前往薛雪家中，拱手作揖，诚心请教，薛勇也十分感动，二人尽弃前嫌，从此成了至交密友。 从此，叶天士明白了天外有天，人上有人的道理。于是他寻访天下名医，虚心求教，终于成了真正的江南第一名医。
山东有位姓刘的名医，擅长针术，叶天士很想去学，只苦于没人介绍。一天，恰巧有位姓赵的病人，是那位名医的外甥，因为舅舅没法治好他的病，特地来找叶天士医治。叶天士专心诊治，给他服了几帖药就好了，赵姓病人很感激，叶天士趁机请他介绍去拜姓刘的那位名医做老师。这个要求得到允诺，叶天士就改名换姓去当学生，他在'刘名医'那里，每逢临症处方，都虚心谨慎地学习。一天，有人抬来一个神智昏迷的孕妇就诊，'刘名医'候脉后，推辞不能治。叶天士仔细观察琢磨，发现孕妇因为临产，胎儿不能转胞，是痛得不省人事的。于是，取针在孕妇脐下刺了一下，就叫人马上抬回家去，到家，胎儿果然产下。'刘名医'很惊奇，便详加询问，才知道这个徒弟原来是早已名震远近的叶天士。叶天士接着便把为何要向他学习的苦心如实说了出来，'刘名医'很受感动，终于把自己的针灸医术全部传授给他。
清朝雍正年间，有一浙江举人乘舟北上参加会试，船行到苏州时，举人忽然生病。同船伙伴便建议说：“听说苏州城里有个名医叶天士，医术精湛，能药到病除，何不找他诊治一番？”于是举人上岸前往叶天士处求医。叶天士为举人把脉很久，然后对举人说：“阁下患的是风寒感冒小毛病，一帖药就好。听您口音不像本地人，准备往哪里去？”举人说准备北上参加会试。叶天士肃然说：“失敬，原来是位孝廉公。但我建议您还是不要北上，尽快回家为好。”举人颇为惊讶，当然不愿轻易放弃会试机会。叶天士接着解释说：“刚才我诊治时，发现您的身体还将患有另外一种疾病消渴症（类似于现代糖尿病），此病发作无药可救，从脉象上已经能看出，估计您还有一月寿命，现在回家准备后事，还能来得及！”举人听了顿时如五雷轰顶，失魂落魄中提着感冒药回到船上，准备辞别同伴返家。同伴听完后，就劝他说："别听那些医生胡说，都是他们吓唬人骗钱的小把戏，叶天士虽然略有名气，但他又不是神仙，怎能断人生死?"第二天，举人喝完感冒药后，觉得身体通泰，不像将要患病的样子，心里略微放心。此时同伴又来相劝，于是一起开船北上，但心里想起叶天士的话，还是有些忐忑不安。船到镇江长江口时，恰逢风浪太大，一时无法过江，于是举人与同伴相约游览金山寺。到达金山寺门口，看到有僧人为人治病，举人心一动，走上前去施礼，请僧人为自己诊断。僧医是个头发花白的老和尚，把完脉对举人说：“阁下将到哪里去？”举人亦说准备进京应试。老和尚皱眉说：“你有消渴症早期症状，等下次离船上岸时就会发作，发作时最多能活一个月而已！”举人吓得落下眼泪，说：”苏州叶天士与您说的一模一样。“老和尚问说：”那么叶天士给你开了什么药方？“举人说：”无药可救。”老和尚愤然说：“胡说，药如果不能治病，那圣人何必让它流传后世？”举人一听，觉得尚有生还机会，于是恳请老和尚救命。老和尚想了想说，“你此去途中到达淮安王家营时，上岸买一百斤秋梨，然后雇车从陆路前往京城，每天要饱食秋梨，到达京城时病应该就可以治好了。”举人听完非常高兴，欢天喜地的拜别老和尚。到了淮安后，举人离船上岸不久，果然觉得四肢无力，口渴异常。于是买梨雇车，口干时就吃梨解渴；饥饿时蒸梨为饭。到了京城，大概已吃了一百多斤秋梨，身体无恙。会试结束后，举人名落孙山，但绝症治好，举人对落榜也不以为意。返乡途中路过金山寺，举人为了感谢老和尚救命之恩，特意送了京城土产和纹银二十两。老和尚收了土产退了白银，然后对举人说：“你路过苏州时，再去找叶天士诊断一下，看看病是否痊愈。如果他说病已痊愈，就质问他为什么之前说无药可救。如果他问是谁治好你，你就告诉他是老僧我治愈的。”到达苏州时，举人前去拜会叶天士，并依老和尚所说质询叶天士。叶天士看着眼前活蹦乱跳的举人惊讶不已，问：“奇怪之极啊，你是遇到神仙了吗？”举人笑说：“不是神仙胜似神仙！”然后把金山寺老和尚为自己治病的经过讲了一下。叶天士听完，长吁一口气说：“幸好有这样的高人施以援手，不然我岂不是误伤人命。我要暂停医馆，向他请教一番。”叶天士送走举人后，立即收拾行李换上便装，乘船来到金山寺，用了假姓名投入老和尚门下学医。如此过了一个多月，觉得老和尚看病开方与自己基本没有差别，便对老和尚说：“师傅，我以前也曾行医看病，只是医术不精，如今跟您学了一段时间，也算有点心得。以后病人问诊是否可以让我试试？”老和尚自然同意。于是叶天士每次诊断病人开完药方，都要先送与老和尚过目，同意后才能给病人。过了几天，老和尚对叶天士说：“你最近开的药方跟叶天士很相似，医术也不差于他，为什么不自立门户而来依附我呢？”叶天士恭敬回答说：“弟子怕医术不精会误伤人命，只想精益求精，不问其它。”老和尚对他的回答颇为赞许。有一天，金山寺来了个病人，肚皮涨的如孕妇，疼得满地打滚，跟随的家人说此人已腹痛一年多，最近疼的实在受不了了。老和尚先行诊断，然后让叶天士复诊开方。叶天士诊后提笔开方，只写了砒霜三厘。老和尚一见，大笑道：“了不起啊，不过你药方虽然开对，但还是缺点火候，要用一钱砒霜才能让病症彻底除根。”叶天士大吃一惊说：“此人不过肚里有虫，三厘砒霜毒虫足够，开多了只怕人吃不消。”老和尚说：“你既然知道他肚里有虫，但知道虫的大小吗？这条虫子长有二尺，三厘砒霜只能暂时毒晕它，等它苏醒药性已过，以后就没有药能克制住。如用一钱砒霜，可以直接毒毙它，之后随大便一起排出，永绝后患，岂不是更妙？”见叶天士不信，老和尚让人取来一钱砒霜药丸并开水与患者服下。然后对病人家属说：“今晚回去病人肯定大便，挑出粪便中的虫子，让我徒弟见识一下。”病人回去到了半夜，果然大便，粪便中有一赤虫长约二尺。之后病人腹痛不再，肚子有了饥饿感。老和尚又给病人开了几副开胃和进补的药，说连续服用一旬，身体就会恢复如初。经此一事后，叶天士彻底心悦诚服，将自己的真名告诉老和尚，老和尚也觉得叶天士是个虚心求教爱学习的人，于是将生平所学毫无保留的传授给叶天士。
碰到自己治不好的病，叶天士乐于倾听同道的意见，哪怕是“名未著”的医生，他也虚心吸取其诊病立方的长处。有一次，叶天士的母亲年老患病。他多方治疗总是无效，又遍请县城内外有名的医生治疗，也没有效。病情一天天加剧，叶天士很忧虑，便向仆人说：“本城还有没有学问深而无名气的医生？”仆人说：“后街有个章医生，平日总是夸耀自己的医术比你高明，但是上门请他看病的人，寥寥无几。”叶天士吃惊地说：“敢如此大言不惭，应当会有真才实学的，快去请来！”仆人奉命去请。章医生详细询问病情。仆人说：“太夫人服药无效，病势日危，主人终夜徬徨，口中喋喋不休念着“黄连”二字。”章医生心中有所领悟，便到叶天士家。诊视叶老太太后，又拿过去的药方子细看，沉吟很久说：“原药和症相合，照理应当奏效。但太夫人病由热邪郁于心胃之间，药中必须加黄连，才能治愈。”叶天士一听，不觉一跃而起，说道：“我早就想用这味药，因为考虑母亲年纪大，恐怕会灭真火，所以不敢用呀。”章医生说：“太夫人两迟脉长而有神，本元坚固。对症下药，用黄连有何不可？”叶天士表示赞同。结果，服药一剂，病情就大有好转，再服一剂，病就好了。叶天士喜出望外，踵门拜谢，并致厚酬。章医生推辞说：“只是我的见解同你的心意偶合，何足道谢？”以后，叶天士经常对病人说：“章医生的医术比我高明，可以请他看！”
吴门医派的突出贡献 — 温病学说
分析吴门医派众多医家的学术成就及思想，大致可以分为以葛可久、缪希雍等为代表的吴门杂病流派，以张璐、柯琴等为代表的吴门伤寒学派，以叶天士、吴又可等为代表的吴门温病学派，以薛己、王维德等为代表的吴门外科学派，当然温病学说是吴门医派对中医学的突出贡献。
温病学说是吴门医派最实质性的内涵之一，它的形成虽然与吴中地区的地理环境、气候条件等密切相关，更主要的是吴中名医的辈出、学术的包容，继承与创新并举，始有“吴中医学甲天下”的局面出现。 梳理温病学说的形成过程， 历经萌芽—形成—鼎盛三个时期。一个地方医学流派能在医学发展的历史长河中独树一帜，真正体现了吴门医派的重临床、重疗效、重师承而敢于争鸣，重门派更兼百家的基本特征。
萌芽时期
以元末明初王履为代表。王履（1332—1391 年），字安道，号畸叟，江苏昆山人，早年从师于朱丹溪，《古今医统大全》称之“学究天人，文章冠世，极探医源，直穷奥妙”，存世著作《医经溯洄集》。从书名即可看出，王履对医学的探本溯源之意。该书探讨了 《内经》、《难经》、《本草经》、《伤寒论》、《金匮要略》 等医学典籍及晋以后20余家之说，短小精悍，内容广泛，提出不少精辟见解。王履明确提出了“温病不得混称伤寒”的观点，澄清了当时关于温病、伤寒的模糊看法，认为温病和伤寒是两类不同的疾病，在治法上温病当以“辛凉苦寒”，有异于伤寒的“辛温解表”。 从而使温病在名称和治法上摆脱了伤寒的羁绊，突破了传统诊病“法不离伤寒，方必遵仲景”的条条框框，终使发端于伤寒的温病学脱离了伤寒的体系，也使王履成为明清吴门医派温病学理论的重要奠基者。 所以清代温病学家吴鞠通称赞王履“始能脱却伤寒，辨证温病。 ”
形成时期
以明末清初吴有性为代表 。吴有性（1582—1652 年），字又可，号淡斋，江苏吴县人，传世著作《温疫论》。 该书对瘟疫的病因、病机、传变及治疗等均有真知灼见，自成体系，发前人所未发，堪称我国医学史上第一部瘟疫学专著，对后世温病学家产生了极其深远的影响。
首先，吴氏提出来“戾气”致病说。 “瘟疫之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所感”。 他把这种“异气”叫作“杂气”（又称疫气、疠气、戾气），以传染为其特征，将“瘟疫”与其他热性病区别开来，从而使传染病病因突破了前人“六气致病学说”的束缚，可谓意义非凡。其次，吴氏指出了“戾气”致病的方式，即传染途径，主要有两种方式：“有天受，有传染受”。 “天受”就是空气传染，“呼吸之间，外邪因而乘之”、“邪从口鼻入”；“传染受” 就是指通过与病人的接触而染病。更难能可贵的是吴氏已经注意到了疫病的发生可以是散发的，也可以是大流行的。
吴氏的这些认识，并非闭门造车，而是基于对疾病的细致观察。当时江南一带瘟疫流行，“一巷百余家，无一家仅免，一门数十口，无一仅存者。 ”用治伤寒治法诊治，导致“迁延而致死，比比皆是。 ”吴氏深感“守古法不合今病，以今病简古书，原无明论，是以投剂不效”，所以“静心穷理”，基本形成了中医学瘟疫辨证论治的框架，为吴中温病学派的崛起奠定了基础。
创新的学术思想体系
温病学说
首先，温病学派将温病从伤寒中独立出来， 纠正了前人的错误，补充了前人在理论上的空白，使温病的治疗摆脱了《伤寒论》的束缚，本身就是一种巨大的理论创新。
其次吴有性创造性地提出“戾气”通过口鼻侵犯人体，使人感染瘟疫，科学地预见了传染病的主要传播途径是从“口鼻而入”，初步建立了中医传染病学。
再者，温病辨证论治的纲领卫气营血辨证补充了传统的“六经辨证”和“八纲辨证”的内容，为中医诊断学的发展做出了突出的贡献。
络病理论
络脉是中医基础理论的组成部分，对其病变认识的络病理论初见于《黄帝内经》，张仲景在《伤寒杂病论》对其有了更为详尽的论述，真正在临床上作为准则应用的还是清代医家叶天士。他在《临诊指南医案》中提出了“久病入络”、“久痛入络”等这样的千古名论，引领着络病的临床诊治。 对临床更有指导意义的是叶天士将通络药物应用于具体病案中，形成了诸多的通络治法。
现代络病理论研究的兴起，全面地从人体的微结构来认识络病发生与发展，探讨络病的实质内容，为多种的疑难病提供了新思路、新方法，其发端应该来源于叶天士的络病理论。
胃阴学说理论
叶天士认为脾胃虽同属中土，但两者不能混为一谈。 “纳食主胃，运化主脾，脾宜升则健，胃宜降则和”；“太阴湿土，得阳始运，阳明阳土，得阴自安，以脾喜刚燥，胃喜柔润也”。脾胃分论是胃阴学说的关键点。叶氏提出甘凉柔润、滋养胃阴的见解，补充了东垣刚燥温升、健运脾阳的偏颇，从而为胃阴学说奠定了理论基础。
鼎盛时期
以清代叶天士为代表 。叶天士（1667—1746 年），名桂，号香岩，别号南阳先生，江苏吴县人，居上津桥畔，故叶桂晚年又号上津老人，传世著作《温热论》、《临证指南医案》。
《温热论》是叶氏治疗温病的经验结晶，概述了温病辨证归类的纲领、传入途径、诊断要点、治疗原则，对临床实践的指导意义，为承先启后著作。《温热论》的问世标志着温病学说理论体系的确立。叶氏不仅仅是接受了吴氏的温病“口鼻传入”的理论 ，而是着力阐述了温病的传变途径和规律。《温热论》开篇即言“温邪上受，首先犯肺，逆传心包”，成为温病学说里程碑式的理论。叶氏所言的“逆传心包”之变，揭示了温邪为患可迅即内传心营，导致病情恶化，出现神志异常的证候特点。
叶氏温病理论的核心是卫气营血辨证。他在《温热论》中这样写道：“卫之后方言气，营之后方言血。 在卫汗之可也，到气才可清气，入营犹可透热转气，入血就恐耗血动血，直须凉血散血”，论述了温病发生发展过程中的病位浅深、病情轻重及病程的先后阶段，概括了卫、气、营、血四个阶段的证候特点及其治疗大法，就此成为温病辨证论治的首要纲领，同时确立了卫气营血辨证在温病治疗理论中的中心思想。