用一个词来形容，若即若离，很微妙的关系。
三国演义中所说的鱼水之情，在荆州那段蜜月期是有的，但是没有持续太久。
但是也不像某些阴谋论者所说的那样君臣勾心斗角，尔虞我诈，心怀鬼胎。如果真是那样，刘备也不可能放心把太子托付给他，诸葛亮也不可能为了蜀汉江山鞠躬尽瘁死而后已。
需要分时间段来看，刘备跟诸葛亮的关系大概可以分为三个阶段，赤壁之战前后，夺取益州之后，夷陵之战后。
第一阶段，诸葛亮出山到刘备进军川蜀。
这段时间里刘备跟诸葛亮的关系是非常亲密无间的，正如三国演义中刘备说，“孤之有孔明，****犹鱼****之有水也”，实则同桌，寝则同塌，秉烛夜谈，通宵达旦。
一个原因是刘备前半生颠沛流离，屡战屡败的坎坷经历。
刘备本人雄才大略，有凌云之志，又是皇室后裔，关张赵三兄弟固然勇猛，但是谋士乏善可陈，孙乾忠心可嘉，但是才干有限。
刘备痛定思痛，也深刻认识到这一问题，因此遇到徐庶后奉为上宾，言听计从，似乎是局面开始有所好转，不料徐庶半途离他而去，临走前推荐了孔明。
抱着三分希望的刘备三顾茅庐，两人一见如故，孔明的隆中对使得刘备拨开迷雾见青天，开始有了明确的战略方向。
孔明其实也是待价而沽已久。不出茅庐而知天下大势，不是能掐会算，而是信息灵通，官宦世家，人脉圈子遍布朝野和山林。他一直在暗中观察天下英雄，想找到一个既雄才大略，有政治资本，又不甚得意的老板做一笔风险投资，能够充分施展才华实现抱负。
曹操气势不凡，必成霸业，但是手下人才济济，自己去了也不过是锦上添花；近在荆州的刘表偏安一隅，胸无大志，乱世之中不能长久；袁绍更是徒有虚名，有礼贤下士之名但不识人用人之明；江东孙氏是钱塘江小官吏之后，名不正言不顺，注定只能做一方诸侯。
刘备的到来让孔明眼前一亮，这就是一直在翘首等待的完美的君王形象，汉室后裔，文才武略，有匡扶天下之志和仁义宽厚之名，眼下又是半生漂泊，一无所成，正是自己施展才华的时机。
因此二人颇有相见恨晚之感，就有了三国演义中所说的，鱼水之情。
另一个原因是刘备确实是手下人才匮乏。
说到底还是太穷了，天下熙熙攘攘皆为名来利往，出来混血雨腥风九死一生，无非是为了奔个前程图个升官发财，刘备出身微末，家境贫寒，又没有非常有钱的亲戚朋友可以支持，很多年一直是寄人篱下，居无定所。
所以一般人肯定是不愿意跟着他的，毕竟像关张赵这样义薄云天，富贵不能淫和孔明这样有远见卓识，敢做风险投资的人凤毛麟角。
一直到赤壁之战后，刘备在荆州站稳了脚跟，才有了庞统，马良等一批谋士，直到此时，跟孔明的关系还是亲密无间的，孔明依然是他最信任的文臣。
第二个阶段，刘备入蜀之后。
刘备占据川蜀后，蜀中自古就是天府之国，人杰地灵，大批的谋士文臣归顺到刘备麾下，最典型的代表是黄权，法正，李严，才干都不输孔明。
尤其是法正，深得刘备器重，是荆州军入主蜀中的最大功臣，可惜死的太早。后来关羽失荆州后，刘备怒而兴师伐吴，孔明和赵云强烈劝阻，但是此时刘备已经听不进诸葛亮的话了。孔明感叹说，如果法正还活着的话，必然能够阻止陛下伐吴，可见在一段时间里法正在刘备心目中的地位已经高于孔明了。
自此而后，刘备可用的人就很多了，刘备有了对比，也更清楚看到孔明的优劣势，长于战略谋划，治军治国，短于临阵对决，出奇制胜，因此这段时间里，两人的距离是疏远很多了，尤其是孔明劝阻伐吴，君臣关系僵到了极点。
刘备跟诸葛亮疏远还有一个重要政治原因。
入主蜀中后，林子大了鸟也会拉帮结派了，蜀汉政权下面有三个集团派系，以关羽张飞为代表的跟随刘备早年一起创业的生死弟兄，以诸葛亮为代表的的荆州士族，以李严为代表的的蜀中士族。
其中关张那些老弟兄和荆州士族都是外来者，强宾不压主，作为领导者，刘备必须协调好三个集团的关系，不能厚此薄彼，益州士族大批受到重用也是一种制衡手段。
第三个阶段，夷陵之战后。
夷陵大战，刘备倾国而出，几十年的积蓄的兵马钱粮毁于一旦，退守白帝城，悔愧交加，无颜回成都面对孔明和百官。
病入膏肓奄奄一息时，又想起孔明昔日的隆中对，自己的战略决策失误使得没能够在那条路上走下去，不禁潸然泪下，如今自己生命垂危，蜀汉陷入危机，唯有孔明最值得托付后事，于是有了孔明临危受命。
但是此时刘备还是有防备的，先是一个试探，说刘禅争气的话你就辅佐一下，如果他太菜了你就废了他，自己北伐中原，兴复汉室。而后还安排了李严来制衡孔明。
尽管如此，两人此时已是心照不宣了，刘备临终托付大事，孔明也是感激涕零，自此而后，大权在握，有机会充分施展才华抱负，也一直感念刘备三顾之恩，士为知己者死，鞠躬尽瘁死而后已。
