我们现今所见的《传习录》不是一次成书的，而是分为三个部分，记录王阳明不同时期的谈话及书信。
最初的版本，由徐爱在正德七年（1512年）开始，陆续记录下王阳明论学的谈话，取名《传习录》。正德十三年（1518年），另一学生薛侃将徐爱所录残稿及陆澄与他新录的部分一起出版，仍名为《传习录》。嘉靖三年（1524年），南大吉增收王阳明论学书信若干篇，以原名出版。之后，王阳明的学生钱德洪、王畿有所增补。隆庆六年（1572年），谢廷杰在浙江出版《王文成公全书》，以薛侃所编的《传习录》为上卷，以钱德洪增删南大吉所编书信部分的8篇为中卷，以《传习续录》为下卷，附入王阳明所编《朱子晚年定论》。
《传习录》上卷，王阳明多次提到“存天理”和“去人欲”，王阳明当时还没有提出“致良知”之说，因而沿用宋儒的说法教人。如：
以此纯乎天理之心，发之事父便是孝，发之事君便是忠，发之交友治民便是信与仁。只在此心去人欲、存天理上用功便是。
圣人述《六经》，只是要正人心，只是要存天理、去人欲，于存天理、去人欲之事，则尝言之。
只要去人欲、存天理，方是功夫。静时念念去人欲、存天理，动时念念去人欲、存天理，不管宁静不宁静。若靠那宁静，不惟渐有喜静厌动之弊，中间许多病痛只是潜伏在，终不能绝去，遇事依旧滋长。以循理为主，何尝不宁静；以宁静为主，未必能循理。
学者学圣人，不过是去人欲而存天理耳，犹炼金而求其足色。
吾辈用功只求日减，不求日增。减得一分人欲，便是复得一分天理；何等轻快脱洒！何等简易！
学是学去人欲，存天理；从事于去人欲，存天理，则自正。
《传习录》上、中两卷，多次提到“知行合一”，如：
某今说个知行合一，正是对病的药。又不是某凿空杜撰，知行本体原是如此。今若知得宗旨时，即说两个亦不妨，亦只是一个；若不会宗旨，便说一个，亦济得甚事？只是闲说话。
曰仁既明知行合一之说，此可一言而喻。
外心以求理，此知行之所以二也。求理于吾心，此圣门知行合一之教，吾子又何疑乎？
知行合一之体，不益较然矣乎？
《易》曰“君子多识前言往行，以畜其德。”夫以畜其德为心，则凡多识前言往行者，孰非畜德之事？此正知行合一之功矣。
但其从事于事为论说者，要皆知行合一之功，正所以致其本心之良知；而非若世之徒事口耳谈说以为知者，分知行为两事，而果有节目先后之可言也。
《传习录》下卷，关于“去人欲”只有一句：“意未有悬空的，必着事物，故欲诚意则随意所在某事而格之，去其人欲而归于天理，则良知之在此事者无蔽而得致矣。”
这句话恰恰是解释致良知的“致”字，可以看出，王阳明把“存天理，去人欲”归纳为一个“致”字，此时阳明心学已经完善，把工夫说得更直接、简易。
《传习录》下卷，王阳明提起“知行合一”也只有一次，而且是别人主动请求他解释的。王阳明说：“此须识我立言宗旨。今人学问，只因知行分作两件，故有一念发动，虽是不善，然却未曾行，便不去禁止。我今说个知行合一，正要人晓得一念发动处，便即是行了。发动处有不善，就将这不善的念克倒了。须要彻根彻底，不使那一念不善潜伏在胸中。此是我立言宗旨。”
在这段话中，王阳明解释的很明白，他之所以说“知行合一”，是针对别人把知行分作两件、对恶念掉以轻心的情况。王阳明提出致良知后，便无需重复提知行合一。
王阳明虽然把“存天理”和“去人欲”并说，然而王阳明通常把“去人欲”置于“存天理”之前，以去人欲为存天理的前提，再结合他在《传习录》下卷中对知行合一的解释，可以看出阳明心学的重点是还是“去人欲”。
因此，致良知的重点在于“去欲”，是负的方法。与致良知相对，随处体认天理的重点在于“存理”，是正的方法，故湛若水多讲中正、中节，不刻意讲去欲，都是指向“存理”的涵养工夫。如（以下七句话均摘自台湾钟彩钧整理先生的整理的《泉翁大全集》）：
气得其中正焉，理也，性也。
道也者，其生生之中正者乎。
故中正而天下理得矣。
中正者，天下之至道也，是故无意必固我，而发皆中节，君子可以知道矣。
心之中正，其变化之矩也。
气质之中正，即性而已矣。
夫人之喜怒，气也；其中节焉，理也。
与王阳明相对，湛若水认为应该存天理为先而去人欲在后，他在《答洪峻之侍御》一文中说到：“如精中军，四面却敌。不存天理而先欲去人欲，如中军无主，谁与却敌？天理长一分，人欲便消一分，天理长到十分盛大处，则人欲亦便十分净尽。熟而化者为圣人。”湛若水在《新泉问辩录》中又说：“常存天理，则人欲自去，非谓一边存天理，一边去人欲也。”
湛若水认为“天理为吾心中正之体”，指出“心中正时，天理自见”，可见甘泉心学在道德涵养方面的简约和直接，而非有些人对“随处体认天理”望文生义，认为甘泉心学繁琐、要劳碌求外。另一方面，湛若水强调“随处”，是激发人们的主动性、能动性，倡导广泛学习，德才兼备、积极探究社会及自然种种道理。
有人认为“随处体认天理是渐悟而致良知是顿悟”，从这两个学术宗旨存理和去欲的区别看来，恰恰相反。
其实，无论是随处体认天理还是致良知，都具有渐悟和顿悟两种方式。甘泉心学，“心中正时，天理自见”是顿悟，随处体认（包括为人处事、学问增进、经验积累）是渐悟。阳明心学，“一悟本体便是功夫”是顿悟，时时注意事上磨练、念念注意去欲是渐悟。
王阳明早期说的知，比较模糊，有认知也有良知的意思，明确提出致良知之后，则是专指良知；湛若水说的知，指认知，不过有时是真知——与良知近似，有时是对事物的一般认知。由于对“知”的不同理解，导致在“知行”问题上湛王二人有一个有趣的对比。王阳明是早年以知行合一教人，晚年提出致良知宗旨之后就不提知行合一；湛若水则是早年提出随处体认天理宗旨，晚年以“知行并进”加以补充。在湛若水看来，无论是人对世界的认识还是道德实践，都是没有尽头的，认知和实践都需要不断进步，不能固步自封。湛若水认为知行合一是圣人的境界，一般人不可轻言。湛王二人后期不讲知行合一，结果一样，原因却有不同。
随处体认天理，让人先认清环境再谈体认天理，笔者在《体认天理要主动》一文中又提到：“随处体认天理，不是被动地适应环境，被动地在不同的环境中作出最好的行为，而是主动的去选择更好的环境、创造更好的环境。主动，包含于湛若水经常提及的‘自得’中。”随处体认天理，还暗含了这样一个问题：“当时空条件改变时，我们怎样做或往哪边走才更合理，为什么？”人们要回答这个问题，除了对内心的追问，又必须有一定的知识。《正义的成本》里就有这样一句话：“在援用发条时，除了知道发条的本身之外，最好还知道发条背后的思维，以及这个演化过程的来龙去脉。否则，一旦进一步追问：‘当时空条件改变时，发条应该往哪一个方向变化？为什么？’面对这些问题，如果对法律只知其然，而不知其所以然，很可能就无言以对。”
综上所述，追求天地万物背后的思维，是体认天理，要做加法；追求本心这个天地间最纯粹的存在，是致良知，要做减法。体认天理和致良知是“追求思维和追求存的统一”。作为心学发展到明代的两大派别，甘泉心学和阳明心学实质是一阳一阴，两家都是阳中有阴阴中有阳，各有所长，应该结合起来，携手共进。
六经注理和六经注心
宋明理学看待经典有两种基本观点：六经注理、六经注心。
前者以朱熹为代表，他说：“借经以通乎理耳。理得，则无俟乎经。”（黎靖德：《朱子语类》卷十一。）朱熹的学术追求义理，然而他非常重视读书，还提出读书法六条：循序渐进、熟读精思、虚心涵泳、切己体察、着紧用力、居敬持志。
后者以王阳明为代表，他说：“《六经》者非他，吾心之常道也。”“故《六经》者，吾心之记籍也，而《六经》之实则具于吾心。”“万理由来吾具足，《六经》原只是阶梯。”（王阳明：《稽山书院尊经阁记》）
湛若水则说：“夫经也者，径也，所由以入圣人之径也。或曰警也，以警觉乎我也。”“是故六经皆注我心者也，故能以觉吾心。”（湛若水：《广德州尊经阁记》）湛若水认为六经注心，然而“注心”并非结束，目的是“体认天理”，与此同时，他肯定经是人们入圣的路径，又指出经典“觉”的作用，强调经典的必要性，这与朱熹、王阳明的观点都是既有相通又有区别。
朱熹提倡“泛观博览而后归之约”的学习方法，重视客观和他律。王阳明强调““吾性自足”、“不假外求”，重视主体和自律。
湛若水说：“今之谓聪明知觉不必外求诸经，不必呼而能觉之类也；今之忘其本而徒诵六经者，展转丧志於醉梦者之类也。不呼而觉之类也者，孔子不能也；丧志於醉梦之类也者，孔子不为也。”（湛若水：《广德州尊经阁记》）在湛若水看来，无视六经和只是背诵经典都是不对的。另一方面，只说六经注心，容易导致主观自是、束书不观的情况，因而虽然六经讲的道理“吾心”本有，然而必须通过学习去警觉。换言之，湛若水认为主体、自律是根本，又必须结合以客观、他律，避免偏颇。
湛若水不直接地说“心即理”，而说“心中正则天理”，是同意朱熹所说的心也包括认知的心、情感的心——这两个心都有所局限和缺点，因而希望避免把歪曲的心、被蒙蔽的心当作天理，避免主观而追求客观。
在知识论方面，朱熹认为“物有表里精粗，一草一木皆具至理”，因而重视探索事物之理；湛若水则以提出“心包贯天地万物”的观点，并以此为基础指出学者不能忽视对自然事物、专业知识的探索。阳明心学则对知识比较忽略，虽然王阳明本人学识渊博。
六经的作用，在甘泉心学中，是“六经觉我心从而体认天理”。阳明心学，则比甘泉心学更强调及依赖人的主体和自律，不仅应用于为人处事，更直接指向超越时空万物的神秘体验——到达此境界，六经反而是累赘。阳明心学比甘泉心学更有感染力——阳明心学具有浓厚的“宗教感”，甘泉心学比阳明心学更平实圆融。
甘泉心学和阳明心学的区别，与湛若水、王阳明的天赋、性格、经历有莫大关系，各有优点，可谓一个心学，各自表述。