后世对左良玉向有争议，不仅坊间处士横议，就如清代史学家徐鼒，也在其编撰的《小腆纪年》里，直斥“亡明之天下者，左良玉也”，似乎尤耻于引清兵入关亲赴缅甸绞杀永历帝的吴三桂。
诟病最深的，要数手握八十万兵马，本可定倾扶危，却止戈散马不发一矢，悉数解甲降清，成了战争史上的一大奇观。且左军之中不乏如卢光祖、徐勇等一大批曾在辽东与清军打过硬仗的将领。
平素飞扬跋扈、遇李自成军“一夕拔营遁”、借“清君侧”行逆反之事、拥五营亲兵五营降军号百万之师而降清，明亡的责任被妥妥的归咎于左良玉。
实际上，崇祯年间内扰外患，一改过往以文统武，过分倚重武官导致军阀飞扬跋扈渐成常态。“左马之争”、“北来太子疑云”、“皇太子密函”等事件接连发生，导致左良玉最终选择举兵“清君侧”。
自左军兵至九江城开始，身患重病的左良玉几已被架空。据驻守九江督抚袁继咸在《浔阳纪事》记载，袁的部下郝效忠、张世勋与左军将领私下勾结，大开城门引左军入城烧掠。
城破后，眼见九江城中火光冲天，左良玉方知部队已入城，捶胸顿足连说: “此我兵耳，我负袁临侯也”。言毕，呕血数升。而袁继咸则投水自尽被左军救起，在见到左良玉后，二人曾再作约定左军严禁在城中烧杀抢掠。
不料，当夜左良玉因病死于舟中，左军秘不发丧，众将推举左良玉之子左梦庚作为主帅。另据《明清档案》记载，左军后引兵东下，沿彭泽、东流、建德、安庆一路烧杀抢掠。因此，几十万左军降清发生在左良玉死后，确实与左良玉没有半毛钱的关系。
有说左良玉所谓的“清君侧”是不满列土分茅而举兵造反；有说左良玉确实只想除掉皇帝身边手握大权的马士英，不仅无造反之心，实为忠臣。甚至，后世有史家将其称之“知大义”。
李自成军进入紫禁城，崇祯皇帝自缢于煤山。这时，左的部下欲以江南自立君，请兵东下。据《左良玉传》记载，左听后极力阻止，说 “先帝甫弃天下而我背之，是幸国家之变以自利也。”
为防止手下走水路擅自行动，左良玉调派水军船只架起大炮排列于长江之上。同时，拿出私房钱共计三万两，分发给诸将以稳定军心。
崇祯自缢后，三个儿子下落成谜，《明史》、《清实录》、《明季遗闻》、《明史记事本末》、《甲申传信录》等都有相关记载，可究竟是生是死却说法各异。
1644年十二月，发现一少年因内衣上织有龙纹，且自称是皇太子，并在苏州城内四处晃悠。因无法分辨真假，南明弘光帝朱由崧派太监李继周带同两位公公去辨别。
负责辨认的两位公公，在见到太子后当即抱头恸哭，李继周连忙派人如实飞报弘光帝。可事件至此却出现了诡异的一幕，认为此人确是真太子朱慈烺的两位公公和李继周先后被灭口。
尽管，大学士王铎坚称此为“假太子”，甚至弘光帝还整出了一幕“群臣会审”，可民间已是谣言四起。不得已之下，弘光帝亲自出面澄清，却适得其反越描越黑。
结果，朝廷与民间形成了两种截然不同的声音。朝廷上一面倒地认定这就是个“假太子”，而民间则认为此少年确是崇祯太子朱慈烺。
当时的这种乱象，明代大学士文震孟之子文秉在其撰写的《甲乙案事》上记载: “朝廷之上皆曰伪，草野之间皆曰非伪；在内诸臣皆曰伪，在外诸臣皆曰非伪 ”。事件到最后，“北来太子”的真伪已不重要，却成了朝中文臣武将间蛮触相争。
手握大权的马士英以此打击异己；而正要前去截击李自成大顺军主力的左良玉，也甩手不干，甚至宣称已得到“太子密函”，并亲率部下顺长江东下“清君侧”，要扳倒马士英。
左良玉是否假借“清君侧”之名实为造反向有争议，即便当时南明朝廷内也分作两派，一派以首辅马士英、阮大钺为首的，坚称左良玉实是举兵造反；
另一派则是史可法、袁继咸等忠臣，多认为左良玉举兵确是仅为弄清太子真假，并借机清除马士英。《明季南略》记载，在得知马士英一意孤行抽调兵马拱卫南亲时，弘光帝曾表态: “左良玉虽不应兴兵逼南京，然看他本上意思，原不曾反叛……”。
只是朝廷早被马士英把持，弘光帝的表态被置之不理。甚至明知清军已进入江苏北部时，弘光帝只得无奈地默许马士英抽调重兵放弃防御清军，转而驻守长江以南及对岸江北，对左良玉围追堵截。
南明的“马左之争”由来已久。论行军打仗，左良玉确是有两把刷子。崇祯年间，左良玉带兵已习惯于我行我素，而崇祯似乎也对其睁只眼闭只眼，这在明朝极为罕见。
明代以文轻武，武将虽带兵直接对敌作战， 可对军事行动的决策、制定却没有发言和 决策权。 更有甚者，朝中几乎是文官的天下，也即所谓的以“文臣制武帅”。
对武将的防范几乎是全方位不留死角，军队中的各级武将均处在文官的监督之下，武官的考核、升迁及军队的后勤管理等事务全由文官掌控。武将手下部属须同时接受驻地知府、知县等地方官的主会，文臣常以督抚的身份统军， 形成统军的“文帅＂。
如熊廷弼、袁崇焕、洪承畴、杨嗣昌、卢象升、孙传庭等无一不是文臣出身。而战场上文臣乱指挥、瞎指挥之事时有发生，就如熊廷弼等就曾上疏予以痛斥。
明末战事增加，武将得已重用，但真正能因应战场变化敢于自主作出调整的将领不多。至于所谓的“将在外军令有所不从”，现实中几无实现的可能。而督抚统领军队时，却常被赐予尚方剑，准许便宜行事，对武将有诛杀之权。
明末最著名的，是袁崇焕督师蓟辽，认为总兵毛文龙跋扈，且恶文臣监制，不待奏请朝廷，袁崇焕便以尚方剑斩了毛文龙。而在接连击败张献忠农民军的左良玉，明显对文臣监制带有抵触情绪。
左良玉的跋扈一定程度上是想拥有军事决策权，且其用兵多是为保存实力，只是虽有指挥权，可军队的人饷仍掌握在文臣手中，明末军中缺饷严重，打仗没钱又确实玩不转，迫使武将通常要四处求饷。于是，攻城后抢掠成了左良玉补充粮饷的捷径。
最为致命的，是明军与农民军相比，是步兵多而骑兵少。左良玉坚持不打无把握之战，其用兵策略是“遇强则逃，遇弱则战，战则求胜”。他也因此成了晚明唯一一个因违抗军令，却能多次“戴罪自赎”的将领。
只是他违抗军令这毛病，后来也”传染”给了部下，在围剿农民军时就偶有发生。直到去世前，仍无法约束其部下私自领兵进入九江城内烧掠。
文臣对左良玉的猜忌防范及党争加剧，特别是弘光时期被边缘化，直接导致其借“北来太子”事件举兵“清君侧”。早在剿灭张献忠部时，督师杨嗣昌一边委任左良玉全权负责，一边又私下承诺等左良玉出征归来后由贺人龙接替其位置。
当左良玉大获全胜，并生擒张献忠妻子，杨嗣昌见状又反悔了，感觉被戏弄的贺人龙一气之下将实情全盘告知左良玉。而被左家军重重围困的张献忠，派出马元利极力劝说左良玉。
说若献忠被灭，左良玉对朝廷而言就没任行作用，如同弃子一般：“无献忠，即公灭不久矣。”这番话算是直戳痛处，本已憋了一肚子气的左良玉，在收受张献忠送来的大批钱财后网开一面，令张献忠得以进入四川。
弘光帝时期，左良玉表面上虽被加以太子太傅，封宁南侯，可朝廷上受宠的，仍是当初拥立弘光帝登极的四镇， 左良玉因没有参与，算不上定策功臣。 且马士英集团把持朝政，打击左良玉支持的东林党。
坐拥八十万大军的左良玉非但未受重用，且被也缘化。在他眼里，马士英集团是面誉背毁，表面一套背后一套。因此，派出的黄澍进京后，不仅在朝廷上公然羞辱马士英，还连上十疏弹赅。
从而加剧左、马之间的矛盾。另外，朝中有部分大臣也不满马士英，最终在黄澍的怂恿下，左玉良利用“北来太子”事件举兵“清君侧”。至于手下的八十万大军，从举兵之日起便已注定了日后的结局。
若成功扳倒马士英自然可说是“清君侧”，若失败无疑被坐实造反之名。左良玉死于“清君侧”途中，督抚袁继咸当即被左梦庚扣押，其目的自是为日后留有一手。
按当时的情形，弘光帝虽知左良玉未必真反，却无法说服马士英宁放清兵，也要调集重兵欲剿灭左军。明末《幸存录》中，还记载有马士英甚至打算以款清兵剿左兵。
那么，几十万的左军将要同时面对南明和满清部队，是真正的前有埋伏后有追兵，“清君侧”已几无实现的可能。古代“造反罪”是重罪，无论投降或被俘其结局可想而知。
若左军降清，至少还有活路。因此，即便左军中不乏曾经与清军打过硬仗的将领，生死关头选择倒向清军也就不难理解了。实际上，左军内部仍有部将如马进忠、卢鼎等人率部投奔何腾蛟。
只是，左军降清却苦了督抚袁继咸，他成了左军向清廷纳上的“投名状”。最终，袁继咸拒绝清朝劝降，后被押往北京，于次年三月慷慨赴死。
(本文同时发表于今日头条、百家号)