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超级无敌大蜗牛
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- 【块】生信上游-6 Salmon
JamesMori
两种模式:mapping-basedmode与alignment-basemode特点:fast,built-inselective-alignmentmappingalgorithm官方文档中,transcript是序列,fraction是reads现版本用的是Selectivealignment,Theuseofselectivealignmentimpliestheuseofrangefac
- Chrome开发者工具三个小技巧
flyingjimmy
Hello,这篇文章的内容来自订阅的邮件,所以没办法给出链接。作者是ng-book的Nate,或许大家网上可以找到原文。1.console.table这个应该很直观明显,可以直接在console上试试。console.e.jpg2.在console.log中使用CSS用法就是:console.log("%cHello,World!","font-size:600%;color:salmon;fon
- salmon 转录本定量转为基因水平定量
今天没回家
需要提前安装GenomicFeatures和tximportlibrary(GenomicFeatures)library(tximport)gtf_file='gene.gtf'txdb<-makeTxDbFromGFF(gtf_file)k<-keys(txdb,keytype="TXNAME")tx2gene<-select(txdb,k,"GENEID","TXNAME")count_di
- 简易的移动端 Touch 滑动反弹及上拉刷新,下拉加载的提示方法记录
chouchou723
完整代码:其实主要也就是记录touch的clienY做一个处理移动端Touch滑动反弹/*样式初始化*/*{margin:0;padding:0;}html,body{width:100%;height:100%;}aside{height:100%;width:100%;background:salmon;}/*列表的父盒子,限制宽高*//*注意设置overflow:hidden;样式后,超出这
- 使用rna-seq定量软件salmon运行index步骤遇到的一个问题(计算集群slurm)
凉亭下
开发语言
salmon帮助文档https://salmon.readthedocs.io/en/latest/building.html#installationgithub主页https://github.com/COMBINE-lab/salmon我最开始是直接使用conda安装的v1.4首先第一步是对参考转录组进行索引,命令salmonindex-tpome.fa-itranscripts_index
- 通过tximport将Salmon结果传递给DESeq2最直白过程
月神蛾
1.更改目录setwd()2.安装R包BiocManager::install()3.加载R包library(DESeq2)library("tximport")library("readr")4.读取转录本与基因关系文件,trans2gene.csv第一列为转录本,第二列为基因,需要加表头:tx2gene<-read_csv("trans2gene.csv")5.设置sample矩阵,run为样
- 总结获取dom元素宽高的几个属性区别
热情市民阿俊
js获取dom元素宽高,我们用的最多的有三种(此处不包括获取元素width等属性值或者css属性值),即clientWidth、clientHeight,offsetWidth、offsetHeight和scrollWidth、scrollHeight。先上代码Document.demo{height:300px;width:300px;background-color:salmon;border
- CSS 属性值计算过程
下雪天的夏风
csscss前端css3
目录例子1,确定声明值2,层叠冲突2.1,比较源重要性2.2,比较优先级2.3,比较源次序3,使用继承4,使用默认值其他例子我们来举例说明标签最终的样式:标题一样式表1——自定义样式.red{color:salmon;font-size:40px;}h1{font-size:30px;}divh1.red{font-size:20px;font-size:3em;}div{background-c
- 不一样的卡梅科-英文版5.I love the black kitty
37625
今天录的是第5本,《我爱小黑猫》Ilovetheblackkitty黑猫会带来厄运?起外号?排外?霸凌也存在在小鸡们之间。。。这只小黑猫结果是传说中的PussinBoots--跟Leo妈妈学过这本书的小朋友们,还记得它吗?愿大家都能于己不妄自菲薄,于人不妄加评判。1.salmon/ˈsæmən/三文鱼,大马哈鱼2.allergic/əˈlɜːdʒɪk/过敏be~to对...过敏3.feelingl
- linux学习100篇38:转录组分析用软件及安装salmon
Seurat_
安装(rnaseq)root11:55:29~$condainstall-ysalmonCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment:done==>WARNING:Anewerversionofcondaexists.[-h|options]Commands:index:createasalmonin
- 海鲜
春暖花开_aa1a
一词汇日炎热的夏天悄悄来临海鲜什么要不要安排起来[阴险][奸笑]今天我们一起来学习海鲜类常用英语词汇吧:虾皮driedsmallshrimps海蜇jellyfish蚝oyster三文鱼/鲑鱼salmon鲈鱼weever鳝eel金枪鱼tuna带鱼hairtail海参seacucumber明虾prawn虾仁peeledprawns龙虾lobster小龙虾crawfish扇贝/鲜贝scallop鲍鱼ab
- CSS :nth-child
庇耳拉海莱
css前端cssn-thcss3设计
CSS:nth-child:nth-child伪类根据元素在同级元素中的位置来匹配元素.CSS:nth-child语法值是关键词odd/evenAn+B最新的[ofS]语法权重浏览器兼容性很简单的例子,来直觉上理解这个伪类的意思AppleBananaPeachAppleBananaPeach.me:nth-child(1){background-color:salmon;}你也许会奇怪,为什么下边
- RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备——数据检查
嘿嘿嘿嘿哈
本节概览:数据预处理,进行样本间具有可比性boxplot查看样本的基因整体表达情况查看不同分组的聚类情况:样本hclust图、距离热图、PCA图、差异基因热图、相关性热图承接上节RNA-seq入门实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵在进行差异分析前需要进行数据检查,保证我们的下游分析是有意义的。以下展示了样本hclust图、距离热图、PCA图、前500
- RNA-seq入门实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵
嘿嘿嘿嘿哈
本节概览:从featureCounts输出文件中获取counts与TPM矩阵:读取counts.txt构建counts矩阵;样品的重命名和分组;counts与TPM转换;基因ID转换;初步过滤低表达基因与保存counts数据从salmon输出文件中获取counts与TPM矩阵:用tximport包读取quant.sf构建counts与TPM矩阵;样品的重命名和分组;初步过滤低表达基因与保存coun
- 利用salmon进行转录组定量(中) --R包下载--2019-05-14
Bio小盼
library(tximportData)getwd()#查看当前工作目录,之后转换至文件所在目录dirsource("https://bioconductor.org/biocLite.R")>options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")>biocLite("tximportData")>library("tximportData
- HTML05流式布局
是妍妍吖
流式布局*{margin:0;padding:0;}html,body{width:100%;height:100%;}.one{width:80%;height:50%;margin:0auto;background-color:salmon;overflow:hidden;}.two{width:50%;height:30%;background-color:orange;margin-lef
- 学习HTML5+CSS3 (8.3)将图片转成HTML
人生即是一场修行
图片练习HTML:聚超值爆款推荐乐视发布新机:功能劲爆球迷福音!Xplay6限量售没想到它手感这么好!破吉尼斯最快自拍竟是它儿时记忆,尖头不对起飞我和海边有个约会CSS:*{padding:0;margin:0;}.container{width:1120px;height:207px;/*background:salmon;*/margin:200pxauto;}.top{width:1120p
- day23-markdown总结
DoubleKou
1.标准流和display属性/*1.display属性*/#div1{background-color:salmon;width:100px;height:100px;}#div2{background-color:seagreen;width:100px;height:100px;}div{display:inline-block;}img{display:inline;width:100px
- 米其林小厨房—— Citrus Marinade Salmon柑橘腌三文鱼
珉思苦想
米其林小厨房,让你的食物不再单调。CitrusMarinadeSalmon今天来给大家介绍一种米其林三星餐厅使用的腌渍酱——CitrusMarinadeSalmon,柑橘腌三文鱼。CitrusMarinade是用几种柑橘类水果皮所组成的腌渍酱料,适合腌渍各种鱼类,使鱼肉清香可口。本食谱及烹饪方法来自于美国拥有两家米其林三星餐厅的大厨ThomasKeller。所需材料有:三文鱼一片约4磅(1800克
- 盒子模型伪元素制作小三角
张冬昱
代码Document.contain{width:100px;height:100px;background:salmon;}.contain::after{position:absolute;left:75px;top:-10px;content:"";display:block;border:10pxsolidtransparent;border-bottom-left-radius:25%;
- 转录组比对番外篇:aligner 与 mapping 区别
冷冻工厂
导读考虑到在转录组比对时,有许多软件可以使用,但很少有介绍它们之间的差别。因此,本文主要介绍STAR,KALLISTO,SALMON之间的区别。1.定义STAR是alignerKallisto/salmon是mapping2.alignervs.mapping那么aligner与mapping的区别是什么呢?2.1.aligner当我们比对一个read时,我们不仅要询问它可能在基因组中的位置,还要
- Bulk RNA-seq上游分析流程(Salmon)
BioGou
转录组分析一般通过比对或非比对的方法对基因表达进行定量,得到一个样本-基因表达矩阵用于下游数据分析。下游分析通常是进行差异表达分析,对差异基因进行功能注视,如GeneOntology(GO)或KEGGpathway。也可以对差异基因进行蛋白互作网络(PPI)分析,找出可能存在的关键基因。除了差异表达分析,还可以进行WGCNA分析,多与临床数据相关。原始测序数据质控测序数据有可能含有测序接头和质量较
- Bulk RNA-Seq 差异表达分析流程
BeeBee生信
以前写过不少零散的RNA-Seq分析文章,现在整理为流程,同时修改一些错误。流程包含质控、比对、定量、差异分析。流程概况前处理拿到原始fastq数据先进行前处理。前处理包含质控、比对和定量。质控采用fastqc/fastp;比对用hisat2或者不比对,用salmon直接定量;比对后用featureCounts进行reads定量,用TPMCalculator进行TPM定量。fastp质控推荐fas
- CSS中的display属性总结
振翅大魔王
主要写一些笔者在学习display属性时遇到的知识点,文末会添加一些拓展阅读。display:block常用标签:div、p、form、header、footer、section。每个元素会换行,默认从左到右撑满整个容器,但是允许设置宽高。.test{display:block;height:100px;width:100px;background-color:salmon;padding:10p
- CSS样式
gongzairen
css前端
选择器伪类选择器:伪类选择器是用“:”开始的:+选择器;focus伪类选择器是当光标放置于当前输入时所展现的样式,一般用于表单之中input:focus{color:blue;background-color:salmon;}link伪类选择器:一定要按照顺序去编写:LVHA(linkvisitedhoveractive)a:link表示是链接还没被访问的样式a:visited表示链接访问后的样式
- 二级Python 第三方库
寂静的以
python开发语言
♣\color{salmon}\clubsuit♣本文总结了二级Python中经常考察的一些第三方库的功能和分类,做到一半发现39,40知识点基本固定,突发奇想做个总结,有缺的话应该是前几套功能用途第三方库数据可视化mayaviTVTKmatplotlibvispyggplot图像处理pil自然语言处理snowNLPlosoNLTK游戏开发pygame机器学习kerasMXNettensorflo
- RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon
嘿嘿嘿嘿哈
本节概览:hisat2+featureCounts:获取hisat2索引文件,hisat2比对和samtools格式转化,featureCounts计数得到counts表达矩阵Salmon:salmonindex用cdna.fa建立索引,salmonquant对cleanfastq文件直接进行基因定量获取ensembl_id或transcript_id转化的对应文件承接上节RNA-seq入门实战(
- 基因BIN来源分析(一)cd-hit去冗余,salmon计算基因TPM
胡童远
导读humann中有一个模块可以进行基因物种来源分析,但是内部怎么分析的。如果能获得每个物种的基因序列文件,那么不用humann也能进行此分析。所以基因BIN来源分析很适合Binning下游分析。一、合并基因序列ffn文件mkdirBin_all/Bin_genetouchBin_all/Bin_gene/bin.ffnecho-e"\033[32m合并bin.ffn基因序列文件begin:\03
- 学习HTML5+CSS3 (8.2)将图片转成HTML
人生即是一场修行
图片:练习HTML:游戏体验棒呆发烧首选作为一个玩家,我选它!热升华机械键盘不二之选小鲜肉的专属清新味道黑科技跑鞋你穿过没?值!小狗吸尘器仅售99瞬间提高逼格的方式之一送女票礼物买它就对了CSS:*{padding:0;margin:0;}.demo{width:367px;height:425px;/*background:salmon;*/margin:200pxauto;border:1px
- jsonp 常用util方法
hw1287789687
jsonpjsonp常用方法jsonp callback
jsonp 常用java方法
(1)以jsonp的形式返回:函数名(json字符串)
/***
* 用于jsonp调用
* @param map : 用于构造json数据
* @param callback : 回调的javascript方法名
* @param filters : <code>SimpleBeanPropertyFilter theFilt
- 多线程场景
alafqq
多线程
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能不能简单描述一下你在java web开发中需要用到多线程编程的场景?0
对多线程有些了解,但是不太清楚具体的应用场景,能简单说一下你遇到的多线程编程的场景吗?
Java多线程
2012年11月23日 15:41 Young9007 Young9007
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最典型的如:
1、
- Maven学习——修改Maven的本地仓库路径
Kai_Ge
maven
安装Maven后我们会在用户目录下发现.m2 文件夹。默认情况下,该文件夹下放置了Maven本地仓库.m2/repository。所有的Maven构件(artifact)都被存储到该仓库中,以方便重用。但是windows用户的操作系统都安装在C盘,把Maven仓库放到C盘是很危险的,为此我们需要修改Maven的本地仓库路径。
- placeholder的浏览器兼容
120153216
placeholder
【前言】
自从html5引入placeholder后,问题就来了,
不支持html5的浏览器也先有这样的效果,
各种兼容,之前考虑,今天测试人员逮住不放,
想了个解决办法,看样子还行,记录一下。
【原理】
不使用placeholder,而是模拟placeholder的效果,
大概就是用focus和focusout效果。
【代码】
<scrip
- debian_用iso文件创建本地apt源
2002wmj
Debian
1.将N个debian-506-amd64-DVD-N.iso存放于本地或其他媒介内,本例是放在本机/iso/目录下
2.创建N个挂载点目录
如下:
debian:~#mkdir –r /media/dvd1
debian:~#mkdir –r /media/dvd2
debian:~#mkdir –r /media/dvd3
….
debian:~#mkdir –r /media
- SQLSERVER耗时最长的SQL
357029540
SQL Server
对于DBA来说,经常要知道存储过程的某些信息:
1. 执行了多少次
2. 执行的执行计划如何
3. 执行的平均读写如何
4. 执行平均需要多少时间
列名 &
- com/genuitec/eclipse/j2eedt/core/J2EEProjectUtil
7454103
eclipse
今天eclipse突然报了com/genuitec/eclipse/j2eedt/core/J2EEProjectUtil 错误,并且工程文件打不开了,在网上找了一下资料,然后按照方法操作了一遍,好了,解决方法如下:
错误提示信息:
An error has occurred.See error log for more details.
Reason:
com/genuitec/
- 用正则删除文本中的html标签
adminjun
javahtml正则表达式去掉html标签
使用文本编辑器录入文章存入数据中的文本是HTML标签格式,由于业务需要对HTML标签进行去除只保留纯净的文本内容,于是乎Java实现自动过滤。
如下:
public static String Html2Text(String inputString) {
String htmlStr = inputString; // 含html标签的字符串
String textSt
- 嵌入式系统设计中常用总线和接口
aijuans
linux 基础
嵌入式系统设计中常用总线和接口
任何一个微处理器都要与一定数量的部件和外围设备连接,但如果将各部件和每一种外围设备都分别用一组线路与CPU直接连接,那么连线
- Java函数调用方式——按值传递
ayaoxinchao
java按值传递对象基础数据类型
Java使用按值传递的函数调用方式,这往往使我感到迷惑。因为在基础数据类型和对象的传递上,我就会纠结于到底是按值传递,还是按引用传递。其实经过学习,Java在任何地方,都一直发挥着按值传递的本色。
首先,让我们看一看基础数据类型是如何按值传递的。
public static void main(String[] args) {
int a = 2;
- ios音量线性下降
bewithme
ios音量
直接上代码吧
//second 几秒内下降为0
- (void)reduceVolume:(int)second {
KGVoicePlayer *player = [KGVoicePlayer defaultPlayer];
if (!_flag) {
_tempVolume = player.volume;
- 与其怨它不如爱它
bijian1013
选择理想职业规划
抱怨工作是年轻人的常态,但爱工作才是积极的心态,与其怨它不如爱它。
一般来说,在公司干了一两年后,不少年轻人容易产生怨言,除了具体的埋怨公司“扭门”,埋怨上司无能以外,也有许多人是因为根本不爱自已的那份工作,工作完全成了谋生的手段,跟自已的性格、专业、爱好都相差甚远。
- 一边时间不够用一边浪费时间
bingyingao
工作时间浪费
一方面感觉时间严重不够用,另一方面又在不停的浪费时间。
每一个周末,晚上熬夜看电影到凌晨一点,早上起不来一直睡到10点钟,10点钟起床,吃饭后玩手机到下午一点。
精神还是很差,下午像一直野鬼在城市里晃荡。
为何不尝试晚上10点钟就睡,早上7点就起,时间完全是一样的,把看电影的时间换到早上,精神好,气色好,一天好状态。
控制让自己周末早睡早起,你就成功了一半。
有多少个工作
- 【Scala八】Scala核心二:隐式转换
bit1129
scala
Implicits work like this: if you call a method on a Scala object, and the Scala compiler does not see a definition for that method in the class definition for that object, the compiler will try to con
- sudoku slover in Haskell (2)
bookjovi
haskellsudoku
继续精简haskell版的sudoku程序,稍微改了一下,这次用了8行,同时性能也提高了很多,对每个空格的所有解不是通过尝试算出来的,而是直接得出。
board = [0,3,4,1,7,0,5,0,0,
0,6,0,0,0,8,3,0,1,
7,0,0,3,0,0,0,0,6,
5,0,0,6,4,0,8,0,7,
- Java-Collections Framework学习与总结-HashSet和LinkedHashSet
BrokenDreams
linkedhashset
本篇总结一下两个常用的集合类HashSet和LinkedHashSet。
它们都实现了相同接口java.util.Set。Set表示一种元素无序且不可重复的集合;之前总结过的java.util.List表示一种元素可重复且有序
- 读《研磨设计模式》-代码笔记-备忘录模式-Memento
bylijinnan
java设计模式
声明: 本文只为方便我个人查阅和理解,详细的分析以及源代码请移步 原作者的博客http://chjavach.iteye.com/
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
/*
* 备忘录模式的功能是,在不破坏封装性的前提下,捕获一个对象的内部状态,并在对象之外保存这个状态,为以后的状态恢复作“备忘”
- 《RAW格式照片处理专业技法》笔记
cherishLC
PS
注意,这不是教程!仅记录楼主之前不太了解的
一、色彩(空间)管理
作者建议采用ProRGB(色域最广),但camera raw中设为ProRGB,而PS中则在ProRGB的基础上,将gamma值设为了1.8(更符合人眼)
注意:bridge、camera raw怎么设置显示、输出的颜色都是正确的(会读取文件内的颜色配置文件),但用PS输出jpg文件时,必须先用Edit->conv
- 使用 Git 下载 Spring 源码 编译 for Eclipse
crabdave
eclipse
使用 Git 下载 Spring 源码 编译 for Eclipse
1、安装gradle,下载 http://www.gradle.org/downloads
配置环境变量GRADLE_HOME,配置PATH %GRADLE_HOME%/bin,cmd,gradle -v
2、spring4 用jdk8 下载 https://jdk8.java.
- mysql连接拒绝问题
daizj
mysql登录权限
mysql中在其它机器连接mysql服务器时报错问题汇总
一、[running]
[email protected]:~$mysql -uroot -h 192.168.9.108 -p //带-p参数,在下一步进行密码输入
Enter password: //无字符串输入
ERROR 1045 (28000): Access
- Google Chrome 为何打压 H.264
dsjt
applehtml5chromeGoogle
Google 今天在 Chromium 官方博客宣布由于 H.264 编解码器并非开放标准,Chrome 将在几个月后正式停止对 H.264 视频解码的支持,全面采用开放的 WebM 和 Theora 格式。
Google 在博客上表示,自从 WebM 视频编解码器推出以后,在性能、厂商支持以及独立性方面已经取得了很大的进步,为了与 Chromium 现有支持的編解码器保持一致,Chrome
- yii 获取控制器名 和方法名
dcj3sjt126com
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1. 获取控制器名
在控制器中获取控制器名: $name = $this->getId();
在视图中获取控制器名: $name = Yii::app()->controller->id;
2. 获取动作名
在控制器beforeAction()回调函数中获取动作名: $name =
- Android知识总结(二)
come_for_dream
android
明天要考试了,速速总结如下
1、Activity的启动模式
standard:每次调用Activity的时候都创建一个(可以有多个相同的实例,也允许多个相同Activity叠加。)
singleTop:可以有多个实例,但是不允许多个相同Activity叠加。即,如果Ac
- 高洛峰收徒第二期:寻找未来的“技术大牛” ——折腾一年,奖励20万元
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工作项目管理
高洛峰,兄弟连IT教育合伙人、猿代码创始人、PHP培训第一人、《细说PHP》作者、软件开发工程师、《IT峰播》主创人、PHP讲师的鼻祖!
首期现在的进程刚刚过半,徒弟们真的很棒,人品都没的说,团结互助,学习刻苦,工作认真积极,灵活上进。我几乎会把他们全部留下来,现在已有一多半安排了实际的工作,并取得了很好的成绩。等他们出徒之日,凭他们的能力一定能够拿到高薪,而且我还承诺过一个徒弟,当他拿到大学毕
- linux expect
heipark
expect
1. 创建、编辑文件go.sh
#!/usr/bin/expect
spawn sudo su admin
expect "*password*" { send "13456\r\n" }
interact
2. 设置权限
chmod u+x go.sh 3.
- Spring4.1新特性——静态资源处理增强
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目录
Spring4.1新特性——综述
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Spring4.1新特性——Spring缓存框架增强
Spring4.1新特性——异步调用和事件机制的异常处理
Spring4.1新特性——数据库集成测试脚本初始化
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Spring4.1新特性——页面自动化测试框架Spring MVC T
- idea ubuntuxia 乱码
liyonghui160com
1.首先需要在windows字体目录下或者其它地方找到simsun.ttf 这个 字体文件。
2.在ubuntu 下可以执行下面操作安装该字体:
sudo mkdir /usr/share/fonts/truetype/simsun
sudo cp simsun.ttf /usr/share/fonts/truetype/simsun
fc-cache -f -v
- 改良程序的11技巧
pda158
技巧
有很多理由都能说明为什么我们应该写出清晰、可读性好的程序。最重要的一点,程序你只写一次,但以后会无数次的阅读。当你第二天回头来看你的代码 时,你就要开始阅读它了。当你把代码拿给其他人看时,他必须阅读你的代码。因此,在编写时多花一点时间,你会在阅读它时节省大量的时间。
让我们看一些基本的编程技巧:
尽量保持方法简短
永远永远不要把同一个变量用于多个不同的
- 300个涵盖IT各方面的免费资源(下)——工作与学习篇
shoothao
创业免费资源学习课程远程工作
工作与生产效率:
A. 背景声音
Noisli:背景噪音与颜色生成器。
Noizio:环境声均衡器。
Defonic:世界上任何的声响都可混合成美丽的旋律。
Designers.mx:设计者为设计者所准备的播放列表。
Coffitivity:这里的声音就像咖啡馆里放的一样。
B. 避免注意力分散
Self Co
- 深入浅出RPC
uule
rpc
深入浅出RPC-浅出篇
深入浅出RPC-深入篇
RPC
Remote Procedure Call Protocol
远程过程调用协议
它是一种通过网络从远程计算机程序上请求服务,而不需要了解底层网络技术的协议。RPC协议假定某些传输协议的存在,如TCP或UDP,为通信程序之间携带信息数据。在OSI网络通信模型中,RPC跨越了传输层和应用层。RPC使得开发