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R高通量测序数据可视化
1.效果图2.代码数据是GO的输出结果,本文使用的是metascape输出的excel挑选的若干行。#1.读取数据dat=read.csv("E:\\research\\scPolyA-seq2\\GO-APA-Timepoint\\test.csv",sep="\t")head(dat)#2.选择所需要的列dat.use=dat[,c("LogQvalue","Description","Gro
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科研绘图系列:科研绘图系列:R语言分组柱状图三科研绘图系列:箱线图加百分比点图展示组间差异-CSDN博客科研绘图系列:箱线图加蜜蜂图展示组间数据分布-CSDN博客科研绘图系列:小提琴图和双侧小提琴图展示组间差异-CSDN博客科研绘图系列:组间差异的STAMP图的ggplot2实现-CSDN博客科研绘图系列:组间差异误差棒展示-CSDN博客科研绘图系列:甜圈圈donut图展示比例-CSDN博客科研绘
- R绘图 第三篇:布局(gridExtra)
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在绘图时,有时候会遇到这样一种情景,客户想把多个代表不同KPI的图形分布到同一个画布(Page)上,而且每一个图形都是单独绘制的。对于这种需求,可以使用gridExtra包来实现,gridExtra包能把图形逐个地添加到画布中,并按照业务的需求,把图形摆放到合适的位置上去。在布局完成之后,把图形绘制出来。也就是说,gridExtra用于把几张图拼成一组图,可以把ggplot2绘制的多张图形组合到一
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1.利用facet_grid代码如下:准备数据inifinat1t2titfti$DynaOrNottf$DynaOrNottemptemp$Namefor(iinc(2:10)){titfti$DynaOrNottf$DynaOrNottt$Nametemp}利用Name区分分面,其中Name.代表分面标签在右,.Name代表分面标签在上ggplot(temp)+geom_bar(aes(x=V
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绘制高质量期刊论文图表ggsci是一个R语言包,提供了一系列适合科研论文的配色方案,支持常见期刊(如Nature、Science、Lancet)的配色风格。以下是使用ggsci绘制高质量科研图表的步骤。安装与加载ggsciinstall.packages("ggsci")library(ggsci)library(ggplot2)#基础绘图包使用期刊配色方案ggsci提供了多种配色方案,如scal
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安装与加载GGPLOT2库确保已安装ggplot2库,若未安装可通过以下命令安装:install.packages("ggplot2")加载库:library(ggplot2)准备数据假设有一个包含时间序列数据的数据框df,包含两列:date(日期)和value(数值)。示例数据生成:df<-data.frame(date=seq(as.Date("2023-01-01"),as.Date("20
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R语言简介R语言是一种开源的统计计算和图形绘制编程语言,广泛应用于数据分析、机器学习、数据可视化等领域。它由RossIhaka和RobertGentleman于1993年开发,具有丰富的统计函数库和图形功能,尤其适合数据科学研究和可视化任务。使用R语言绘制柱状图在R语言中,柱状图可以通过基础绘图函数或第三方包(如ggplot2)实现。以下是两种方法的示例:方法1:使用基础R函数barplot()基
- R语言与人工智能的结合
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R语言与人工智能的结合在近年来得到了广泛的关注和应用。R语言作为一种功能强大且灵活的编程语言,其在数据科学、统计分析以及机器学习领域中具有显著的优势。以下是R语言与人工智能结合的几个关键方面:强大的数据分析和可视化能力:R语言拥有丰富的数据处理和可视化工具,如ggplot2、dplyr、tidyverse等包,这些工具使得数据预处理、特征工程以及结果展示变得更加高效和直观。此外,R语言还支持交互式
- R语言统计分析——ggplot2绘图2——几何函数
maizeman126
R语言统计分析可视化r语言开发语言可视化ggplot2
参考资料:R语言实战【第2版】ggplot()函数指定要绘制的数据源和变量,几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示(使用点、线、条和阴影区)。目前有37个函数可供使用,下面为常用的几个几何函数:函数添加选项geom_bar()条形图color、fill、alphageom_boxplot()箱线图color、fill、alpha、notch、widthgeom_density()密度图colo
- 第15讲:基础柱状图与分组柱状图美化指南
Chh0715
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目录一、为什么要关注柱状图的“美化”?二、基础柱状图的构建逻辑(以ggplot2为例)三、美化细节全面升级✅1.自定义配色与透明度✅2.添加数值标签✅3.设置y轴刻度与坐标轴美学四、分组柱状图(GroupedBarPlot)五、加入误差棒(Errorbars)六、排版适配技巧(为论文而生)七、柱状图组合展示(多图拼接)八、常见杂志风格提示✅本讲小结下一讲预告:一、为什么要关注柱状图的“美化”?柱
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禁止商业或二改转载,仅供自学使用,侵权必究,如需截取部分内容请后台联系作者!文章目录介绍加载R包数据下载Figure1aFigure1dFigure2aFigure3aFigure3bFigure3eFigure4Figure5aand5b系统信息介绍【科研绘图系列】R语言绘制论文主图(map&boxplot)加载R包for(packageinc("ggplot2","tidyverse","gg
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【R语言数据科学】:可视化篇个人主页:JOJO数据科学个人介绍:统计学top3高校统计学硕士在读如果文章对你有帮助,欢迎✌关注、点赞、✌收藏、订阅专栏✨本文收录于【R语言数据科学】本系列主要介绍R语言在数据科学领域的应用包括:R语言编程基础、R语言可视化、R语言进行数据操作、R语言建模、R语言机器学习算法实现、R语言统计理论方法实现。本系列会坚持完成下去,请大家多多关注点赞支持,一起学习~,尽量坚
- 第2讲:R语言中的色彩美学——科研图表配色指南
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目录一、背景导引:科研图表为何需要“配色讲究”?二、色彩基础认知:别让“红绿盲”错过你的科研成果三、R语言中的配色库全景图四、案例演示与代码实战案例1:ggplot2+viridis配色的热图案例2:MetBrewer中的印象派色彩五、技巧点拨:如何为SCI图表选择“对”的颜色?六、小结与拓展阅读本讲小结:延伸阅读推荐:封面图示意(已生成)一、背景导引:科研图表为何需要“配色讲究”?在科研可视化中
- R | 可视化 | 气泡图(Bubble Plot)
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气泡图是一个添加了第三个维度的散点图,在ggplot2中,气泡图通过geom_point()函数建立。本文将利用“gapminder”数据集介绍利用r语言的气泡图绘制。1基础气泡图绘制>library(ggplot2)>library(dplyr)>library(gapminder)#创建数据>data%filter(year=="2007")%>%dplyr::select(-year)#绘图
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- 第十九讲 XGBoost 二分类模型案例(遥感数据识别玉米与小麦地块)
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案例场景:遥感数据识别玉米与小麦地块你是一名农业遥感研究者,希望根据遥感指数(如NDVI、EVI、土壤亮度等)对农田进行分类,判断地块是玉米还是小麦。步骤1:模拟数据生成我们使用dplyr和MASS生成500个样本数据,包含4个遥感特征变量与1个类别标签(玉米=1,小麦=0)。#加载所需包library(dplyr)library(ggplot2)library(xgboost)library(c
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改变密度图填充色的实践-R语言密度图(DensityPlot)是一种常用于展示数据分布的可视化方法。它通过在曲线下方进行填充来表示数据的密度分布情况。在R语言中,我们可以使用各种包(libraries)和函数来创建和修改密度图的填充色。本文将介绍如何使用R语言改变密度图的填充色,并提供相应的源代码。首先,我们需要导入所需的包。在这个实践中,我们将使用ggplot2包来创建和修改密度图。请确保已经安
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用ggplot2在R语言中绘制分面密度图并叠加正态分布在数据分析和统计建模中,我们经常需要评估数据是否符合正态分布。一种常见的方法是通过可视化来比较基础数据的分布与正态分布之间的差异。本文将介绍如何使用R语言中的ggplot2包来绘制分面密度图,并在图上叠加正态分布曲线,以说明基础数据离正态分布有多远。首先,我们需要安装并加载所需的R包。确保安装了ggplot2和gridExtra包,它们提供了绘
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R语言ggplot2可视化——散点图与分组密度图在数据分析和可视化中,散点图(Scatterplot)是一种常见的图表类型,用于显示两个变量之间的关系。而分组密度图(Groupeddensityplot)则可以通过颜色或透明度的变化来展示不同组别的数据分布情况。本文将介绍如何使用R语言中的ggplot2包来创建一个既包含散点图又包含分组密度图的可视化效果。首先,我们需要准备一些虚拟数据来进行演示。
- r语言 四格画图_R语言学习笔记——ggplot2作图
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1.初识ggplot21.1功能是一个作图包;可以创建图表,如散点,柱状图,线图,将数据可视化;1.2要素数据(Data)和映射(Mapping)几何对象(Geometric)标尺(Scale)统计变换(Statistics)坐标系统(Coordinante)图层(Layer)分面(Facet)主题(Theme)1.3理念ggplot2将数据,数据到图形要素的映射,以及和数据无关的图形要素绘制分离
- R语言ggplot2散点形状和填充
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在ggplot2中,可以通过shape参数来调整散点图中点的形状。以下是一些常见的调整方法和示例代码:rm(list=ls())library(ggplot2)#示例数据data<-data.frame(x=rnorm(20),y=rnorm(20),category=rep(c("A","B"),each=10))#绘制散点图并自定义形状和颜色ggplot(data,aes(x=x,y=y,sh
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r语言信息可视化pythonR语言
R语言:使用ggplot2包绘制精美的图表ggplot2是一个强大的R语言数据可视化包,它提供了丰富的功能和灵活性,使得我们能够轻松地创建精美且具有高度定制性的图表。本文将介绍ggplot2的基本用法,并通过示例代码演示如何创建各种类型的图表。首先,我们需要安装并加载ggplot2包。可以在R控制台中运行以下命令来完成这一步骤:install.packages("ggplot2")#安装ggplo
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- R语言 ggplot2 多箱图 多个箱线图 分组箱线图 多个箱线图
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ggplot2多箱图多个箱线图分组箱线图使用本地数据鸢尾花(yuānwěihuā)做示例结果输出如下面的图data(iris)#用本地数据鸢尾花(yuānwěihuā)做示例data<-iristable(data$Species)data<-data[data$Species==c("setosa","versicolor"),]table(data$Species)#选取两种花为两个分组#加载
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ggplot2设置坐标轴范围R语言ggplot2移除图例按键精灵定位坐标循环
“ggplot2中的次级坐标轴”生活科学哥-R语言科学2020-06-128:35在平时作图中,我们有时希望在一个坐标中进行二个坐标轴的设定,也是为了方便数据的显示。这个过程在EXCEL等当中比较容易实现,但是,如何在R中实现呢?今天我们就来讲一讲操作的过程。数据准备先准备如下数据:library(ggplot2)library(scales)library(magrittr)dfdata.fra
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R语言ggplot2可视化生成高分辨率图片实战在数据分析和可视化领域,R语言一直是研究人员和数据科学家们的首选工具。其中,ggplot2包是R语言中最受欢迎和强大的可视化工具之一。它提供了许多灵活且精美的图形选项,使用户能够轻松创建具有吸引力和信息丰富的图表。本文将介绍如何使用ggplot2包在R语言中生成高分辨率的图片。我们将探索不同的保存选项,以确保我们获得清晰、适应各种输出需求的图像。首先,
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使用geom_bracket函数为指定水平箱图之间添加假设检验名称以及显著性水平p值(R语言)在R语言中,我们经常使用箱图(boxplot)来可视化数据的分布和比较不同组之间的差异。当我们进行假设检验时,除了展示箱图之间的差异,还需要在图形上添加假设检验的名称和显著性水平p值,以便更清晰地表达结果。在本文中,我们将介绍如何使用ggplot2包中的geom_bracket函数为指定水平箱图之间添加假
- 在R语言中,要在图形中添加组间p值,可以使用`geom_bracket`函数
ByteWhisper
r语言python开发语言R语言
在R语言中,要在图形中添加组间p值,可以使用geom_bracket函数。geom_bracket函数可以用来创建一个带有括号标记的图形,用于表示组间的显著性差异。本文将详细介绍如何使用geom_bracket函数来添加组间p值,并提供相应的源代码示例。首先,我们需要安装并加载ggplot2包,因为geom_bracket函数是ggplot2包中的一部分。可以使用以下代码安装和加载ggplot2包
- Java序列化进阶篇
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java序列化
1.transient
类一旦实现了Serializable 接口即被声明为可序列化,然而某些情况下并不是所有的属性都需要序列化,想要人为的去阻止这些属性被序列化,就需要用到transient 关键字。
- escape()、encodeURI()、encodeURIComponent()区别详解
aigo
JavaScriptWeb
原文:http://blog.sina.com.cn/s/blog_4586764e0101khi0.html
JavaScript中有三个可以对字符串编码的函数,分别是: escape,encodeURI,encodeURIComponent,相应3个解码函数:,decodeURI,decodeURIComponent 。
下面简单介绍一下它们的区别
1 escape()函
- ArcgisEngine实现对地图的放大、缩小和平移
Cb123456
添加矢量数据对地图的放大、缩小和平移Engine
ArcgisEngine实现对地图的放大、缩小和平移:
个人觉得是平移,不过网上的都是漫游,通俗的说就是把一个地图对象从一边拉到另一边而已。就看人说话吧.
具体实现:
一、引入命名空间
using ESRI.ArcGIS.Geometry;
using ESRI.ArcGIS.Controls;
二、代码实现.
- Java集合框架概述
天子之骄
Java集合框架概述
集合框架
集合框架可以理解为一个容器,该容器主要指映射(map)、集合(set)、数组(array)和列表(list)等抽象数据结构。
从本质上来说,Java集合框架的主要组成是用来操作对象的接口。不同接口描述不同的数据类型。
简单介绍:
Collection接口是最基本的接口,它定义了List和Set,List又定义了LinkLi
- 旗正4.0页面跳转传值问题
何必如此
javajsp
跳转和成功提示
a) 成功字段非空forward
成功字段非空forward,不会弹出成功字段,为jsp转发,页面能超链接传值,传输变量时需要拼接。接拼接方式list.jsp?test="+strweightUnit+"或list.jsp?test="+weightUnit+&qu
- 全网唯一:移动互联网服务器端开发课程
cocos2d-x小菜
web开发移动开发移动端开发移动互联程序员
移动互联网时代来了! App市场爆发式增长为Web开发程序员带来新一轮机遇,近两年新增创业者,几乎全部选择了移动互联网项目!传统互联网企业中超过98%的门户网站已经或者正在从单一的网站入口转向PC、手机、Pad、智能电视等多端全平台兼容体系。据统计,AppStore中超过85%的App项目都选择了PHP作为后端程
- Log4J通用配置|注意问题 笔记
7454103
DAOapachetomcatlog4jWeb
关于日志的等级 那些去 百度就知道了!
这几天 要搭个新框架 配置了 日志 记下来 !做个备忘!
#这里定义能显示到的最低级别,若定义到INFO级别,则看不到DEBUG级别的信息了~!
log4j.rootLogger=INFO,allLog
# DAO层 log记录到dao.log 控制台 和 总日志文件
log4j.logger.DAO=INFO,dao,C
- SQLServer TCP/IP 连接失败问题 ---SQL Server Configuration Manager
darkranger
sqlcwindowsSQL ServerXP
当你安装完之后,连接数据库的时候可能会发现你的TCP/IP 没有启动..
发现需要启动客户端协议 : TCP/IP
需要打开 SQL Server Configuration Manager...
却发现无法打开 SQL Server Configuration Manager..??
解决方法: C:\WINDOWS\system32目录搜索framedyn.
- [置顶] 做有中国特色的程序员
aijuans
程序员
从出版业说起 网络作品排到靠前的,都不会太难看,一般人不爱看某部作品也是因为不喜欢这个类型,而此人也不会全不喜欢这些网络作品。究其原因,是因为网络作品都是让人先白看的,看的好了才出了头。而纸质作品就不一定了,排行榜靠前的,有好作品,也有垃圾。 许多大牛都是写了博客,后来出了书。这些书也都不次,可能有人让为不好,是因为技术书不像小说,小说在读故事,技术书是在学知识或温习知识,有些技术书读得可
- document.domain 跨域问题
avords
document
document.domain用来得到当前网页的域名。比如在地址栏里输入:javascript:alert(document.domain); //www.315ta.com我们也可以给document.domain属性赋值,不过是有限制的,你只能赋成当前的域名或者基础域名。比如:javascript:alert(document.domain = "315ta.com");
- 关于管理软件的一些思考
houxinyou
管理
工作好多看年了,一直在做管理软件,不知道是我最开始做的时候产生了一些惯性的思维,还是现在接触的管理软件水平有所下降.换过好多年公司,越来越感觉现在的管理软件做的越来越乱.
在我看来,管理软件不论是以前的结构化编程,还是现在的面向对象编程,不管是CS模式,还是BS模式.模块的划分是很重要的.当然,模块的划分有很多种方式.我只是以我自己的划分方式来说一下.
做为管理软件,就像现在讲究MVC这
- NoSQL数据库之Redis数据库管理(String类型和hash类型)
bijian1013
redis数据库NoSQL
一.Redis的数据类型
1.String类型及操作
String是最简单的类型,一个key对应一个value,string类型是二进制安全的。Redis的string可以包含任何数据,比如jpg图片或者序列化的对象。
Set方法:设置key对应的值为string类型的value
- Tomcat 一些技巧
征客丶
javatomcatdos
以下操作都是在windows 环境下
一、Tomcat 启动时配置 JAVA_HOME
在 tomcat 安装目录,bin 文件夹下的 catalina.bat 或 setclasspath.bat 中添加
set JAVA_HOME=JAVA 安装目录
set JRE_HOME=JAVA 安装目录/jre
即可;
二、查看Tomcat 版本
在 tomcat 安装目
- 【Spark七十二】Spark的日志配置
bit1129
spark
在测试Spark Streaming时,大量的日志显示到控制台,影响了Spark Streaming程序代码的输出结果的查看(代码中通过println将输出打印到控制台上),可以通过修改Spark的日志配置的方式,不让Spark Streaming把它的日志显示在console
在Spark的conf目录下,把log4j.properties.template修改为log4j.p
- Haskell版冒泡排序
bookjovi
冒泡排序haskell
面试的时候问的比较多的算法题要么是binary search,要么是冒泡排序,真的不想用写C写冒泡排序了,贴上个Haskell版的,思维简单,代码简单,下次谁要是再要我用C写冒泡排序,直接上个haskell版的,让他自己去理解吧。
sort [] = []
sort [x] = [x]
sort (x:x1:xs)
| x>x1 = x1:so
- java 路径 配置文件读取
bro_feng
java
这几天做一个项目,关于路径做如下笔记,有需要供参考。
取工程内的文件,一般都要用相对路径,这个自然不用多说。
在src统计目录建配置文件目录res,在res中放入配置文件。
读取文件使用方式:
1. MyTest.class.getResourceAsStream("/res/xx.properties")
2. properties.load(MyTest.
- 读《研磨设计模式》-代码笔记-简单工厂模式
bylijinnan
java设计模式
声明: 本文只为方便我个人查阅和理解,详细的分析以及源代码请移步 原作者的博客http://chjavach.iteye.com/
package design.pattern;
/*
* 个人理解:简单工厂模式就是IOC;
* 客户端要用到某一对象,本来是由客户创建的,现在改成由工厂创建,客户直接取就好了
*/
interface IProduct {
- SVN与JIRA的关联
chenyu19891124
SVN
SVN与JIRA的关联一直都没能装成功,今天凝聚心思花了一天时间整合好了。下面是自己整理的步骤:
一、搭建好SVN环境,尤其是要把SVN的服务注册成系统服务
二、装好JIRA,自己用是jira-4.3.4破解版
三、下载SVN与JIRA的插件并解压,然后拷贝插件包下lib包里的三个jar,放到Atlassian\JIRA 4.3.4\atlassian-jira\WEB-INF\lib下,再
- JWFDv0.96 最新设计思路
comsci
数据结构算法工作企业应用公告
随着工作流技术的发展,工作流产品的应用范围也不断的在扩展,开始进入了像金融行业(我已经看到国有四大商业银行的工作流产品招标公告了),实时生产控制和其它比较重要的工程领域,而
- vi 保存复制内容格式粘贴
daizj
vi粘贴复制保存原格式不变形
vi是linux中非常好用的文本编辑工具,功能强大无比,但对于复制带有缩进格式的内容时,粘贴的时候内容错位很严重,不会按照复制时的格式排版,vi能不能在粘贴时,按复制进的格式进行粘贴呢? 答案是肯定的,vi有一个很强大的命令可以实现此功能 。
在命令模式输入:set paste,则进入paste模式,这样再进行粘贴时
- shell脚本运行时报错误:/bin/bash^M: bad interpreter 的解决办法
dongwei_6688
shell脚本
出现原因:windows上写的脚本,直接拷贝到linux系统上运行由于格式不兼容导致
解决办法:
1. 比如文件名为myshell.sh,vim myshell.sh
2. 执行vim中的命令 : set ff?查看文件格式,如果显示fileformat=dos,证明文件格式有问题
3. 执行vim中的命令 :set fileformat=unix 将文件格式改过来就可以了,然后:w
- 高一上学期难记忆单词
dcj3sjt126com
wordenglish
honest 诚实的;正直的
argue 争论
classical 古典的
hammer 锤子
share 分享;共有
sorrow 悲哀;悲痛
adventure 冒险
error 错误;差错
closet 壁橱;储藏室
pronounce 发音;宣告
repeat 重做;重复
majority 大多数;大半
native 本国的,本地的,本国
- hibernate查询返回DTO对象,DTO封装了多个pojo对象的属性
frankco
POJOhibernate查询DTO
DTO-数据传输对象;pojo-最纯粹的java对象与数据库中的表一一对应。
简单讲:DTO起到业务数据的传递作用,pojo则与持久层数据库打交道。
有时候我们需要查询返回DTO对象,因为DTO
- Partition List
hcx2013
partition
Given a linked list and a value x, partition it such that all nodes less than x come before nodes greater than or equal to x.
You should preserve the original relative order of th
- Spring MVC测试框架详解——客户端测试
jinnianshilongnian
上一篇《Spring MVC测试框架详解——服务端测试》已经介绍了服务端测试,接下来再看看如果测试Rest客户端,对于客户端测试以前经常使用的方法是启动一个内嵌的jetty/tomcat容器,然后发送真实的请求到相应的控制器;这种方式的缺点就是速度慢;自Spring 3.2开始提供了对RestTemplate的模拟服务器测试方式,也就是说使用RestTemplate测试时无须启动服务器,而是模拟一
- 关于推荐个人观点
liyonghui160com
推荐系统关于推荐个人观点
回想起来,我也做推荐了3年多了,最近公司做了调整招聘了很多算法工程师,以为需要多么高大上的算法才能搭建起来的,从实践中走过来,我只想说【不是这样的】
第一次接触推荐系统是在四年前入职的时候,那时候,机器学习和大数据都是没有的概念,什么大数据处理开源软件根本不存在,我们用多台计算机web程序记录用户行为,用.net的w
- 不间断旋转的动画
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动画
CABasicAnimation* rotationAnimation;
rotationAnimation = [CABasicAnimation animationWithKeyPath:@"transform.rotation.z"];
rotationAnimation.toValue = [NSNumber numberWithFloat: M
- 自定义annotation
sha1064616837
javaenumannotationreflect
对象有的属性在页面上可编辑,有的属性在页面只可读,以前都是我们在页面上写死的,时间一久有时候会混乱,此处通过自定义annotation在类属性中定义。越来越发现Java的Annotation真心很强大,可以帮我们省去很多代码,让代码看上去简洁。
下面这个例子 主要用到了
1.自定义annotation:@interface,以及几个配合着自定义注解使用的几个注解
2.简单的反射
3.枚举
- Spring 源码
up2pu
spring
1.Spring源代码
https://github.com/SpringSource/spring-framework/branches/3.2.x
注:兼容svn检出
2.运行脚本
import-into-eclipse.bat
注:需要设置JAVA_HOME为jdk 1.7
build.gradle
compileJava {
sourceCompatibilit
- 利用word分词来计算文本相似度
yangshangchuan
wordword分词文本相似度余弦相似度简单共有词
word分词提供了多种文本相似度计算方式:
方式一:余弦相似度,通过计算两个向量的夹角余弦值来评估他们的相似度
实现类:org.apdplat.word.analysis.CosineTextSimilarity
用法如下:
String text1 = "我爱购物";
String text2 = "我爱读书";
String text3 =