lammps+colvars计算PMF

lammps+colvars
计算粒子过孔的PMF，粒子不过孔或者过去之后只在一边震荡

简单体系，可以，如下模型，一个分子和一个简单的孔


轨迹

PMF

colvarsTrajFrequency 1000

colvar {
    name one

    width 1.0
    
    extendedLagrangian on
    extendedTemp 298
    extendedFluctuation 0.1 #该取多大？标准是什么？

    distanceZ {
         main {
            atomNumbers 19
        }
         ref {
            dummyAtom (25.0, 24.0, 119.0)
        }
          axis (0.0, 0.0, -1.0)
   }

    lowerBoundary    -23.0
    upperBoundary    10.0
    #hardLowerBoundary on
    #hardUpperBoundary on
    lowerWallConstant 10.0 #大小和标准？
    upperWallConstant 10.0

}

colvar {
    name two

    width 3
    
    extendedLagrangian on
    extendedTemp 298
    extendedFluctuation 0.1 

    distanceXY {
         main {
            atomNumbers 19
        }
         ref {
            dummyAtom (25.0, 24.0, 119.0)
        }
   }

    lowerBoundary      0.0
    upperBoundary      3.0
    #hardLowerBoundary on #和lowerWallConstant是相同的作用吧
    #hardUpperBoundary on
    lowerWallConstant 5.0 #大小和标准?
    upperWallConstant 10.0

}

abf {
  name abf
  colvars one two
  fullsamples 1000  ##大小和标准？
  applyBias yes
  historyFreq 1000

}

         

如果模型变得复杂，溶液体系，离子，情况复杂很多。
如下轨迹所示，离子大概率会只在孔的一侧来回而不再次穿过孔

十分困扰！