医学图像处理（三）ABIDE数据集下载

ABIDE数据集下载

ABIDE 自闭症数据集 提供了经过预处理的FMRI时时序数据（也有图像数据吧，因为我用的时序，图像数据没有下载看过哦），本文记录两种ABIDE数据下载方法。
（个人认为方法二更方便好用，但如果安装不明白nilearn，就使用方法1）

ABIDE数据集网址

百度搜索ABIDE或直接点击链接进入

方法一：github脚本下载（不需安装nilearn）

官网提供的github链接
Phenotypic_V1_0b_preprocessed1.csv 是数据的相关信息，如是否患病、数据编号、是否用药等。
download_abide_preproc_guide.txt中给出了具体的下载方法，和可供选择的参数。参数的大致含义：
derivatives：可供选择的模板
pipeline：预处理
strategies：滤波方法
还可以添加年龄，存储地址等限制参数（download_abide_preproc_guide.txt中有示例）

下载download_abide_preproc.py，windows中打开cmd进入下载到的文件夹，输入download_abide_preproc_guide.txt中提供命令即可。
举例：
python download_abide_preproc.py -d rois_aal -p cpac -s nofilt_noglobal -o /path/to/local/download/dir
注意：-o后替换为自己的路径即可

方法二：pytorch nilearn下载

import nilearn
abide_dataset = nilearn.datasets.fetch_abide_pcp('ABIDE-871/',
                                 derivatives=['rois_aal'],
                                 pipeline='cpac',
                                 band_pass_filtering=True,
                                 global_signal_regression=True,
                                 quality_checked=True)

quality_checked 的选择影响数据集的数量，quality_checked=True 下载后是884个数据（写此文时下载是884，以前有同学下载过871的），quality_checked=False则是1035个数据。

另：下载的数据是.1D格式，按照读取txt的方式读取即可。