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DrugBank模型数据集比较

https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1803294115

论文 node edges types
DeepDDI 2159(1710) 192284 86
MUFFIN 2323(1569) 172426 81
Me 1872 362208
MDF-SA-DDI 572/1258 74528/323539 65/100
DDIMDL 572/572 37264/74528  65
SumGNN 1709 192224 86

DeepDDI:2159个approved，包含smiles，但是我把DeepDDI里面那个192284个边关系的拿出来写代码数一下实际用到只有1710个，可能是本来99种关系，消除到86种的话，去掉了几百种？Bitbucket

MUFFIN：192284是86种关系每一种都超过了5个实例，MUFFIN种筛选出每一种都超过10个实例的。同样的，统计multi_ddi_sift.txt这个实体个数是1569，但是drugname_smiles.npy是2323个。变成了172426个关系。

Me:我从drugbank上下载了drugbank.xml v5.0.3版本，然后从里面抽出来aproved 且包含smiles的，个数是1872个作为实体集。然后抽取两个实体都在这个实体集中的DDI，结果居然是362208。我不理解

DDIMDL:论文中提到，从DrugBank中收集包含1.substructure,targets, pathway,enzymes的药物，使用KEGG数据库获得pathway，target和enzymes都是从drugbank直接获取，最后获得了57个药物，74528个药物对。但是在代码中是572实体，37264个药物对。。。我不理解。。。

MDF-SA-DDI:文中提到利用DDIMDL中的药物对572/74528个药物对作为小的数据集，第二个数据集是抽取了三个特征，子结构，靶点，酶（少了一个pathways)。

 
 
 


                            

                        

                    

                    
                    

                    
                    
                    

                

                

                    
                

            

        

    

    

        
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  • Redis:缓存击穿
                        我的程序快快跑啊
缓存redisjava
                        
    缓存击穿(热点key)：部分key(被高并发访问且缓存重建业务复杂的)失效,无数请求会直接到数据库，造成巨大压力1.互斥锁：可以保证强一致性线程一：未命中之后，获取互斥锁，再查询数据库重建缓存，写入缓存，释放锁线程二：查询未命中，未获得锁(已由线程一获得)，等待一会，缓存命中互斥锁实现方式：redis中setnxkeyvalue:改变对应key的value,仅当value不存在时执行，以此来实现互
    
                    
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  • 生成式地图制图
                        Bwywb_3
深度学习机器学习深度学习生成对抗网络
                        
    生成式地图制图（GenerativeCartography）是一种利用生成式算法和人工智能技术自动创建地图的技术。它结合了传统的地理信息系统（GIS）技术与现代生成模型（如深度学习、GANs等），能够根据输入的数据自动生成符合需求的地图。这种方法在城市规划、虚拟环境设计、游戏开发等多个领域具有应用前景。主要特点：自动化生成：通过算法和模型，系统能够根据输入的地理或空间数据自动生成地图，而无需人工逐
    
                    
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  • 【大模型应用开发 动手做AI Agent】第一轮行动：工具执行搜索
                        AI大模型应用之禅
计算科学神经计算深度学习神经网络大数据人工智能大型语言模型AIAGILLMJavaPython架构设计AgentRPA
                        
    【大模型应用开发动手做AIAgent】第一轮行动：工具执行搜索作者：禅与计算机程序设计艺术/ZenandtheArtofComputerProgramming1.背景介绍1.1问题的由来随着人工智能技术的飞速发展，大模型应用开发已经成为当下热门的研究方向。AIAgent作为人工智能领域的一个重要分支，旨在模拟人类智能行为，实现智能决策和自主行动。在AIAgent的构建过程中，工具执行搜索是至关重要
    
                    
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  • JAVA基础
                                    灵静志远
位运算加载Date字符串池覆盖
                                    
    一、类的初始化顺序 
1 （静态变量，静态代码块）-->（变量，初始化块）--> 构造器 
 同一括号里的，根据它们在程序中的顺序来决定。上面所述是同一类中。如果是继承的情况，那就在父类到子类交替初始化。 
 
二、String 
1 String a = "abc"; 
 JAVA虚拟机首先在字符串池中查找是否已经存在了值为"abc"的对象，根
    
                                
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  • keepalived实现redis主从高可用
                                    bylijinnan
redis
                                    
    方案说明 
 
两台机器（称为A和B），以统一的VIP对外提供服务 
1.正常情况下，A和B都启动，B会把A的数据同步过来（B is slave of A） 
2.当A挂了后，VIP漂移到B；B的keepalived 通知redis 执行：slaveof no one，由B提供服务 
3.当A起来后，VIP不切换，仍在B上面；而A的keepalived 通知redis 执行slaveof B，开始
    
                                
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  • java文件操作大全
                                    0624chenhong
java
                                    
    最近在博客园看到一篇比较全面的文件操作文章，转过来留着。 
 
http://www.cnblogs.com/zhuocheng/archive/2011/12/12/2285290.html 
 
转自http://blog.sina.com.cn/s/blog_4a9f789a0100ik3p.html 
 
 
一.获得控制台用户输入的信息 
 
   &nbs
    
                                
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  • android学习任务
                                    不懂事的小屁孩
工作
                                    
    任务 
完成情况   搞清楚带箭头的pupupwindows和不带的使用 已完成   熟练使用pupupwindows和alertdialog，并搞清楚两者的区别 已完成   熟练使用android的线程handler,并敲示例代码 进行中   了解游戏2048的流程，并完成其代码工作 进行中-差几个actionbar   研究一下android的动画效果，写一个实例 已完成   复习fragem
    
                                
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  • zoom.js
                                    换个号韩国红果果
oom
                                    
    它的基于bootstrap 的 
https://raw.github.com/twbs/bootstrap/master/js/transition.js  transition.js模块引用顺序 
 

<link rel="stylesheet" href="style/zoom.css">
<script src=&q
    
                                
    • 
                                
  • 详解Oracle云操作系统Solaris 11.2
                                    蓝儿唯美
Solaris
                                    
    当Oracle发布Solaris 11时，它将自己的操作系统称为第一个面向云的操作系统。Oracle在发布Solaris 11.2时继续它以云为中心的基调。但是，这些说法没有告诉我们为什么Solaris是配得上云的。幸好，我们不需要等太久。Solaris11.2有4个重要的技术可以在一个有效的云实现中发挥重要作用：OpenStack、内核域、统一存档（UA）和弹性虚拟交换（EVS）。  
    
                                
    • 
                                
  • spring学习——springmvc（一）
                                    a-john
springMVC
                                    
    Spring MVC基于模型-视图-控制器（Model-View-Controller，MVC）实现，能够帮助我们构建像Spring框架那样灵活和松耦合的Web应用程序。 
  
1，跟踪Spring MVC的请求 
请求的第一站是Spring的DispatcherServlet。与大多数基于Java的Web框架一样，Spring MVC所有的请求都会通过一个前端控制器Servlet。前
    
                                
    • 
                                
  • hdu4342 History repeat itself-------多校联合五
                                    aijuans
数论
                                    
    水题就不多说什么了。 
#include<iostream>#include<cstdlib>#include<stdio.h>#define ll __int64using namespace std;int main(){    int t;    ll n;    scanf("%d",&t);    while(t--)   
    
                                
    • 
                                
  • EJB和javabean的区别
                                    asia007
beanejb
                                    
    EJB不是一般的JavaBean,EJB是企业级JavaBean,EJB一共分为3种,实体Bean,消息Bean,会话Bean,书写EJB是需要遵循一定的规范的,具体规范你可以参考相关的资料.另外,要运行EJB,你需要相应的EJB容器,比如Weblogic,Jboss等,而JavaBean不需要,只需要安装Tomcat就可以了 
  
1.EJB用于服务端应用开发, 而JavaBeans
    
                                
    • 
                                
  • Struts的action和Result总结
                                    百合不是茶
strutsAction配置Result配置
                                    
      
  
一:Action的配置详解: 
     下面是一个Struts中一个空的Struts.xml的配置文件 
    
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<!DOCTYPE struts PUBLIC
	&quo
    
                                
    • 
                                
  • 如何带好自已的团队
                                    bijian1013
项目管理团队管理团队
                                    
    在网上看到博客" 
怎么才能让团队成员好好干活"的评论，觉得写的比较好。   原文如下：   我做团队管理有几年了吧，我和你分享一下我认为带好团队的几点： 
1.诚信 
        对团队内成员，无论是技术研究、交流、问题探讨，要尽可能的保持一种诚信的态度，用心去做好，你的团队会感觉得到。   2.努力提
    
                                
    • 
                                
  • Java代码混淆工具
                                    sunjing
ProGuard
                                    
    Open Source Obfuscators 
ProGuard 
http://java-source.net/open-source/obfuscators/proguardProGuard is a free Java class file shrinker and obfuscator. It can detect and remove unused classes, fields, m
    
                                
    • 
                                
  • 【Redis三】基于Redis sentinel的自动failover主从复制
                                    bit1129
redis
                                    
    在第二篇中使用2.8.17搭建了主从复制，但是它存在Master单点问题，为了解决这个问题，Redis从2.6开始引入sentinel，用于监控和管理Redis的主从复制环境，进行自动failover，即Master挂了后，sentinel自动从从服务器选出一个Master使主从复制集群仍然可以工作，如果Master醒来再次加入集群，只能以从服务器的形式工作。 
  什么是Sentine
    
                                
    • 
                                
  • 使用代理实现Hibernate Dao层自动事务
                                    白糖_
DAOspringAOP框架Hibernate
                                    
    都说spring利用AOP实现自动事务处理机制非常好，但在只有hibernate这个框架情况下，我们开启session、管理事务就往往很麻烦。 
public void save(Object obj){
		Session session = this.getSession();
		Transaction tran = session.beginTransaction();
		try 
    
                                
    • 
                                
  • maven3实战读书笔记
                                    braveCS
maven3
                                    
    Maven简介 
是什么？ 
Is a software project management and comprehension tool.项目管理工具 
是基于POM概念(工程对象模型) 
[设计重复、编码重复、文档重复、构建重复，maven最大化消除了构建的重复] 
[与XP：简单、交流与反馈；测试驱动开发、十分钟构建、持续集成、富有信息的工作区] 
  
  
功能： 
    
                                
    • 
                                
  • 编程之美-子数组的最大乘积
                                    bylijinnan
编程之美
                                    
    

public class MaxProduct {

	/**
	 * 编程之美 子数组的最大乘积
	 * 题目: 给定一个长度为N的整数数组，只允许使用乘法，不能用除法，计算任意N-1个数的组合中乘积中最大的一组，并写出算法的时间复杂度。
	 * 以下程序对应书上两种方法，求得“乘积中最大的一组”的乘积——都是有溢出的可能的。
	 * 但按题目的意思，是要求得这个子数组，而不
    
                                
    • 
                                
  • 读书笔记-2
                                    chengxuyuancsdn
读书笔记
                                    
    1、反射 
2、oracle年-月-日 时-分-秒 
3、oracle创建有参、无参函数 
4、oracle行转列 
5、Struts2拦截器 
6、Filter过滤器(web.xml) 
 
 
1、反射
(1)检查类的结构
在java.lang.reflect包里有3个类Field,Method,Constructor分别用于描述类的域、方法和构造器。
2、oracle年月日时分秒
s
    
                                
    • 
                                
  • [求学与房地产]慎重选择IT培训学校
                                    comsci
it
                                    
          关于培训学校的教学和教师的问题,我们就不讨论了,我主要关心的是这个问题 
 
      培训学校的教学楼和宿舍的环境和稳定性问题 
 
      我们大家都知道，房子是一个比较昂贵的东西，特别是那种能够当教室的房子... 
 
&nb
    
                                
    • 
                                
  • RMAN配置中通道(CHANNEL)相关参数 PARALLELISM 、FILESPERSET的关系
                                    daizj
oraclermanfilespersetPARALLELISM
                                    
    RMAN配置中通道(CHANNEL)相关参数 PARALLELISM 、FILESPERSET的关系 转 
 
PARALLELISM --- 
 
我们还可以通过parallelism参数来指定同时"自动"创建多少个通道： 
RMAN > configure device type disk parallelism 3 ; 
表示启动三个通道，可以加快备份恢复的速度。 
    
                                
    • 
                                
  • 简单排序:冒泡排序
                                    dieslrae
冒泡排序
                                    
    
    public void bubbleSort(int[] array){
        for(int i=1;i<array.length;i++){
            for(int k=0;k<array.length-i;k++){
                if(array[k] > array[k+1]){
             
    
                                
    • 
                                
  • 初二上学期难记单词三
                                    dcj3sjt126com
sciet
                                    
    concert 音乐会 
tonight 今晚 
famous 有名的；著名的 
song 歌曲 
thousand 千 
accident 事故；灾难 
careless 粗心的，大意的 
break 折断；断裂；破碎 
heart 心（脏） 
happen  偶尔发生，碰巧 
tourist 旅游者；观光者 
science （自然）科学 
marry 结婚 
subject 题目；
    
                                
    • 
                                
  • I.安装Memcahce 1. 安装依赖包libevent Memcache需要安装libevent,所以安装前可能需要执行 Shell代码 收藏代码
                                    dcj3sjt126com
redis
                                    
    wget http://download.redis.io/redis-stable.tar.gz 
tar xvzf redis-stable.tar.gz 
cd redis-stable 
make 
  
前面3步应该没有问题，主要的问题是执行make的时候，出现了异常。 
异常一： 
make[2]: cc: Command not found 
异常原因：没有安装g
    
                                
    • 
                                
  • 并发容器
                                    shuizhaosi888
并发容器
                                    
       通过并发容器来改善同步容器的性能，同步容器将所有对容器状态的访问都串行化，来实现线程安全，这种方式严重降低并发性，当多个线程访问时，吞吐量严重降低。 
   并发容器ConcurrentHashMap 
      替代同步基于散列的Map，通过Lock控制。 
  &nb
    
                                
    • 
                                
  • Spring Security（12）——Remember-Me功能
                                    234390216
Spring SecurityRemember Me记住我
                                    
    Remember-Me功能 
  
目录 
  
1.1     概述 
1.2     基于简单加密token的方法 
1.3     基于持久化token的方法 
1.4     Remember-Me相关接口和实现
    
                                
    • 
                                
  • 位运算
                                    焦志广
位运算
                                    
    
一、位运算符Ｃ语言提供了六种位运算符： 
 
& 按位与 
| 按位或 
^ 按位异或 
~ 取反 
<< 左移 
>> 右移 
 
 

1. 按位与运算 按位与运算符"&"是双目运算符。其功能是参与运算的两数各对应的二进位相与。只有对应的两个二进位均为1时，结果位才为1 ，否则为0。参与运算的数以补码方式出现。 
 
例如：9&am
    
                                
    • 
                                
  • nodejs 数据库连接 mongodb mysql
                                    liguangsong
mongodbmysqlnode数据库连接
                                    
    1.mysql 连接 
   package.json中dependencies加入 
  
  
"mysql":"~2.7.0" 
   执行 npm install 
  
   在config 下创建文件 database.js 
    

    
                                
    • 
                                
  • java动态编译
                                    olive6615
javaHotSpotjvm动态编译
                                    
        在HotSpot虚拟机中，有两个技术是至关重要的，即动态编译(Dynamic compilation)和Profiling。 
    HotSpot是如何动态编译Javad的bytecode呢？Java bytecode是以解释方式被load到虚拟机的。HotSpot里有一个运行监视器，即Profile Monitor,专门监视
    
                                
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  • Storm0.9.5的集群部署配置优化
                                    roadrunners
优化storm.yaml
                                    
    nimbus结点配置（storm.yaml）信息： 
# Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one
# or more contributor license agreements.  See the NOTICE file
# distributed with this work for additional inf
    
                                
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  • 101个MySQL 的调节和优化的提示
                                    tomcat_oracle
mysql
                                    
    　1. 拥有足够的物理内存来把整个InnoDB文件加载到内存中——在内存中访问文件时的速度要比在硬盘中访问时快的多。   　　2. 不惜一切代价避免使用Swap交换分区 – 交换时是从硬盘读取的，它的速度很慢。   　　3. 使用电池供电的RAM（注：RAM即随机存储器）。   　　4. 使用高级的RAID（注：Redundant Arrays of Inexpensive Disks，即磁盘阵列
    
                                
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  • zoj 3829 Known Notation(贪心)
                                    阿尔萨斯
ZOJ
                                    
     题目链接：zoj 3829 Known Notation 
 题目大意：给定一个不完整的后缀表达式，要求有2种不同操作，用尽量少的操作使得表达式完整。 
 解题思路：贪心，数字的个数要要保证比∗的个数多1，不够的话优先补在开头是最优的。然后遍历一遍字符串，碰到数字+1，碰到∗-1,保证数字的个数大于等1，如果不够减的话，可以和最后面的一个数字交换位置（用栈维护十分方便），因为添加和交换代价都是1
    
                                
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