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生信小菜鸟生信基本知识r语言生信分析
目录一、R与Rstudio的下载与安装二、R包安装与加载1.R包安装2.R包加载三、常用R包1.tidyverse2.ggplot2四、常用数据库1.GEO2.TGGA一、R与Rstudio的下载与安装介绍:Home-RDocumentation下载:R:CRAN:MirrorsRstudio:DownloadRStudio-PositR、Rstudio安装:根据指引安装,R和Rstudio比较占
- 【科研绘图系列】R语言绘制论文组合图(multiple plots)
生信学习者1
SCI科研绘图系列(2025版)r语言数据分析数据挖掘数据可视化
禁止商业或二改转载,仅供自学使用,侵权必究,如需截取部分内容请后台联系作者!文章目录介绍加载R包数据下载函数数据预处理画图1画图2画图3画图4画图5画图6总结系统信息介绍这段代码是一个用于生成多种复杂数据可视化的R脚本,主要利用ggplot2、tidyverse和自定义函数来处理和展示与小鼠实验相关的数据。它通过读取、处理数据,并生成多种图形,旨在清晰地展示不同实验组的小鼠在不同时间点的抗体浓度和
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话不多说,直接上干货library(ggplot2)library(tidyr)set.seed(123)#设置随机种子保证可重现df<-data.frame(Type=rep(letters[1:5],each=5),Sample=paste("sample",rep(1:5,times=5),sep=""),Up=round(runif(25,min=0,max=100),1),Down=ro
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R高通量测序数据可视化
1.效果图2.代码数据是GO的输出结果,本文使用的是metascape输出的excel挑选的若干行。#1.读取数据dat=read.csv("E:\\research\\scPolyA-seq2\\GO-APA-Timepoint\\test.csv",sep="\t")head(dat)#2.选择所需要的列dat.use=dat[,c("LogQvalue","Description","Gro
- 300+SCI科研绘图系列教程(R和python)提供完整的数据和代码
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- R绘图 第三篇:布局(gridExtra)
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在绘图时,有时候会遇到这样一种情景,客户想把多个代表不同KPI的图形分布到同一个画布(Page)上,而且每一个图形都是单独绘制的。对于这种需求,可以使用gridExtra包来实现,gridExtra包能把图形逐个地添加到画布中,并按照业务的需求,把图形摆放到合适的位置上去。在布局完成之后,把图形绘制出来。也就是说,gridExtra用于把几张图拼成一组图,可以把ggplot2绘制的多张图形组合到一
- r中gglot怎么组合多张图_【R:ggplot2】同时绘制多个图
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r中gglot怎么组合多张图
1.利用facet_grid代码如下:准备数据inifinat1t2titfti$DynaOrNottf$DynaOrNottemptemp$Namefor(iinc(2:10)){titfti$DynaOrNottf$DynaOrNottt$Nametemp}利用Name区分分面,其中Name.代表分面标签在右,.Name代表分面标签在上ggplot(temp)+geom_bar(aes(x=V
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绘制高质量期刊论文图表ggsci是一个R语言包,提供了一系列适合科研论文的配色方案,支持常见期刊(如Nature、Science、Lancet)的配色风格。以下是使用ggsci绘制高质量科研图表的步骤。安装与加载ggsciinstall.packages("ggsci")library(ggsci)library(ggplot2)#基础绘图包使用期刊配色方案ggsci提供了多种配色方案,如scal
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- 【R语言编程绘图-折线图】
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安装与加载GGPLOT2库确保已安装ggplot2库,若未安装可通过以下命令安装:install.packages("ggplot2")加载库:library(ggplot2)准备数据假设有一个包含时间序列数据的数据框df,包含两列:date(日期)和value(数值)。示例数据生成:df<-data.frame(date=seq(as.Date("2023-01-01"),as.Date("20
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R语言简介R语言是一种开源的统计计算和图形绘制编程语言,广泛应用于数据分析、机器学习、数据可视化等领域。它由RossIhaka和RobertGentleman于1993年开发,具有丰富的统计函数库和图形功能,尤其适合数据科学研究和可视化任务。使用R语言绘制柱状图在R语言中,柱状图可以通过基础绘图函数或第三方包(如ggplot2)实现。以下是两种方法的示例:方法1:使用基础R函数barplot()基
- R语言与人工智能的结合
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R语言与人工智能的结合在近年来得到了广泛的关注和应用。R语言作为一种功能强大且灵活的编程语言,其在数据科学、统计分析以及机器学习领域中具有显著的优势。以下是R语言与人工智能结合的几个关键方面:强大的数据分析和可视化能力:R语言拥有丰富的数据处理和可视化工具,如ggplot2、dplyr、tidyverse等包,这些工具使得数据预处理、特征工程以及结果展示变得更加高效和直观。此外,R语言还支持交互式
- R语言统计分析——ggplot2绘图2——几何函数
maizeman126
R语言统计分析可视化r语言开发语言可视化ggplot2
参考资料:R语言实战【第2版】ggplot()函数指定要绘制的数据源和变量,几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示(使用点、线、条和阴影区)。目前有37个函数可供使用,下面为常用的几个几何函数:函数添加选项geom_bar()条形图color、fill、alphageom_boxplot()箱线图color、fill、alpha、notch、widthgeom_density()密度图colo
- 第15讲:基础柱状图与分组柱状图美化指南
Chh0715
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目录一、为什么要关注柱状图的“美化”?二、基础柱状图的构建逻辑(以ggplot2为例)三、美化细节全面升级✅1.自定义配色与透明度✅2.添加数值标签✅3.设置y轴刻度与坐标轴美学四、分组柱状图(GroupedBarPlot)五、加入误差棒(Errorbars)六、排版适配技巧(为论文而生)七、柱状图组合展示(多图拼接)八、常见杂志风格提示✅本讲小结下一讲预告:一、为什么要关注柱状图的“美化”?柱
- 【科研绘图系列】R语言绘制论文主图(map & box plot)
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- 玩转数据可视化之R语言ggplot2:(十二)连续型颜色及图例设置
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R语言数据科学r语言开发语言数据可视化ggplot2
【R语言数据科学】:可视化篇个人主页:JOJO数据科学个人介绍:统计学top3高校统计学硕士在读如果文章对你有帮助,欢迎✌关注、点赞、✌收藏、订阅专栏✨本文收录于【R语言数据科学】本系列主要介绍R语言在数据科学领域的应用包括:R语言编程基础、R语言可视化、R语言进行数据操作、R语言建模、R语言机器学习算法实现、R语言统计理论方法实现。本系列会坚持完成下去,请大家多多关注点赞支持,一起学习~,尽量坚
- 第2讲:R语言中的色彩美学——科研图表配色指南
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目录一、背景导引:科研图表为何需要“配色讲究”?二、色彩基础认知:别让“红绿盲”错过你的科研成果三、R语言中的配色库全景图四、案例演示与代码实战案例1:ggplot2+viridis配色的热图案例2:MetBrewer中的印象派色彩五、技巧点拨:如何为SCI图表选择“对”的颜色?六、小结与拓展阅读本讲小结:延伸阅读推荐:封面图示意(已生成)一、背景导引:科研图表为何需要“配色讲究”?在科研可视化中
- R | 可视化 | 气泡图(Bubble Plot)
Luminoll
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气泡图是一个添加了第三个维度的散点图,在ggplot2中,气泡图通过geom_point()函数建立。本文将利用“gapminder”数据集介绍利用r语言的气泡图绘制。1基础气泡图绘制>library(ggplot2)>library(dplyr)>library(gapminder)#创建数据>data%filter(year=="2007")%>%dplyr::select(-year)#绘图
- ggplot2绘制单列热图+显著性注释
qqqqqrc
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本文记录单列热图模板。1.导入包和数据数据:通过网盘分享的文件:单列热图链接:https://pan.baidu.com/s/1g4Qx9FI5SHA9w-grUoqSLg?pwd=tv7j提取码:tv7j#加载R包library(ggplot2)#CreateElegantDataVisualisationsUsingtheGrammarofGraphics#加载数据df<-read.table
- 2025.04.17【Stacked area】| 生信数据可视化:堆叠区域图深度解析
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- 第十九讲 XGBoost 二分类模型案例(遥感数据识别玉米与小麦地块)
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数据挖掘人工智能r语言机器学习算法分类
案例场景:遥感数据识别玉米与小麦地块你是一名农业遥感研究者,希望根据遥感指数(如NDVI、EVI、土壤亮度等)对农田进行分类,判断地块是玉米还是小麦。步骤1:模拟数据生成我们使用dplyr和MASS生成500个样本数据,包含4个遥感特征变量与1个类别标签(玉米=1,小麦=0)。#加载所需包library(dplyr)library(ggplot2)library(xgboost)library(c
- 改变密度图填充色的实践 - R语言
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改变密度图填充色的实践-R语言密度图(DensityPlot)是一种常用于展示数据分布的可视化方法。它通过在曲线下方进行填充来表示数据的密度分布情况。在R语言中,我们可以使用各种包(libraries)和函数来创建和修改密度图的填充色。本文将介绍如何使用R语言改变密度图的填充色,并提供相应的源代码。首先,我们需要导入所需的包。在这个实践中,我们将使用ggplot2包来创建和修改密度图。请确保已经安
- 用ggplot2在R语言中绘制分面密度图并叠加正态分布
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r语言开发语言R语言
用ggplot2在R语言中绘制分面密度图并叠加正态分布在数据分析和统计建模中,我们经常需要评估数据是否符合正态分布。一种常见的方法是通过可视化来比较基础数据的分布与正态分布之间的差异。本文将介绍如何使用R语言中的ggplot2包来绘制分面密度图,并在图上叠加正态分布曲线,以说明基础数据离正态分布有多远。首先,我们需要安装并加载所需的R包。确保安装了ggplot2和gridExtra包,它们提供了绘
- R语言ggplot2可视化——散点图与分组密度图
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R语言ggplot2可视化——散点图与分组密度图在数据分析和可视化中,散点图(Scatterplot)是一种常见的图表类型,用于显示两个变量之间的关系。而分组密度图(Groupeddensityplot)则可以通过颜色或透明度的变化来展示不同组别的数据分布情况。本文将介绍如何使用R语言中的ggplot2包来创建一个既包含散点图又包含分组密度图的可视化效果。首先,我们需要准备一些虚拟数据来进行演示。
- r语言 四格画图_R语言学习笔记——ggplot2作图
weixin_39902875
r语言四格画图
1.初识ggplot21.1功能是一个作图包;可以创建图表,如散点,柱状图,线图,将数据可视化;1.2要素数据(Data)和映射(Mapping)几何对象(Geometric)标尺(Scale)统计变换(Statistics)坐标系统(Coordinante)图层(Layer)分面(Facet)主题(Theme)1.3理念ggplot2将数据,数据到图形要素的映射,以及和数据无关的图形要素绘制分离
- R语言ggplot2散点形状和填充
感性逻辑
R语言经典绘图合集r语言python开发语言
在ggplot2中,可以通过shape参数来调整散点图中点的形状。以下是一些常见的调整方法和示例代码:rm(list=ls())library(ggplot2)#示例数据data<-data.frame(x=rnorm(20),y=rnorm(20),category=rep(c("A","B"),each=10))#绘制散点图并自定义形状和颜色ggplot(data,aes(x=x,y=y,sh
- R语言:使用ggplot2包绘制精美的图表
代码创造者
r语言信息可视化pythonR语言
R语言:使用ggplot2包绘制精美的图表ggplot2是一个强大的R语言数据可视化包,它提供了丰富的功能和灵活性,使得我们能够轻松地创建精美且具有高度定制性的图表。本文将介绍ggplot2的基本用法,并通过示例代码演示如何创建各种类型的图表。首先,我们需要安装并加载ggplot2包。可以在R控制台中运行以下命令来完成这一步骤:install.packages("ggplot2")#安装ggplo
- R语言绘制维恩图---by CSDN ChitGPT AI大模型
「已注销」
r语言开发语言
library(ggplot2)p<-ggVennDiagram(x,label_alpha=0,label="count",edge_size=0.1,edge_lty="solid")#x为韦恩图的数据p+scale_fill_distiller(palette=
- R语言 ggplot2 多箱图 多个箱线图 分组箱线图 多个箱线图
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ggplot2多箱图多个箱线图分组箱线图使用本地数据鸢尾花(yuānwěihuā)做示例结果输出如下面的图data(iris)#用本地数据鸢尾花(yuānwěihuā)做示例data<-iristable(data$Species)data<-data[data$Species==c("setosa","versicolor"),]table(data$Species)#选取两种花为两个分组#加载
- scala的option和some
矮蛋蛋
编程scala
原文地址:
http://blog.sina.com.cn/s/blog_68af3f090100qkt8.html
对于学习 Scala 的 Java™ 开发人员来说,对象是一个比较自然、简单的入口点。在 本系列 前几期文章中,我介绍了 Scala 中一些面向对象的编程方法,这些方法实际上与 Java 编程的区别不是很大。我还向您展示了 Scala 如何重新应用传统的面向对象概念,找到其缺点
- NullPointerException
Cb123456
androidBaseAdapter
java.lang.NullPointerException: Attempt to invoke virtual method 'int android.view.View.getImportantForAccessibility()' on a null object reference
出现以上异常.然后就在baidu上
- PHP使用文件和目录
天子之骄
php文件和目录读取和写入php验证文件php锁定文件
PHP使用文件和目录
1.使用include()包含文件
(1):使用include()从一个被包含文档返回一个值
(2):在控制结构中使用include()
include_once()函数需要一个包含文件的路径,此外,第一次调用它的情况和include()一样,如果在脚本执行中再次对同一个文件调用,那么这个文件不会再次包含。
在php.ini文件中设置
- SQL SELECT DISTINCT 语句
何必如此
sql
SELECT DISTINCT 语句用于返回唯一不同的值。
SQL SELECT DISTINCT 语句
在表中,一个列可能会包含多个重复值,有时您也许希望仅仅列出不同(distinct)的值。
DISTINCT 关键词用于返回唯一不同的值。
SQL SELECT DISTINCT 语法
SELECT DISTINCT column_name,column_name
F
- java冒泡排序
3213213333332132
java冒泡排序
package com.algorithm;
/**
* @Description 冒泡
* @author FuJianyong
* 2015-1-22上午09:58:39
*/
public class MaoPao {
public static void main(String[] args) {
int[] mao = {17,50,26,18,9,10
- struts2.18 +json,struts2-json-plugin-2.1.8.1.jar配置及问题!
7454103
DAOspringAjaxjsonqq
struts2.18 出来有段时间了! (貌似是 稳定版)
闲时研究下下! 貌似 sruts2 搭配 json 做 ajax 很吃香!
实践了下下! 不当之处请绕过! 呵呵
网上一大堆 struts2+json 不过大多的json 插件 都是 jsonplugin.34.jar
strut
- struts2 数据标签说明
darkranger
jspbeanstrutsservletScheme
数据标签主要用于提供各种数据访问相关的功能,包括显示一个Action里的属性,以及生成国际化输出等功能
数据标签主要包括:
action :该标签用于在JSP页面中直接调用一个Action,通过指定executeResult参数,还可将该Action的处理结果包含到本页面来。
bean :该标签用于创建一个javabean实例。如果指定了id属性,则可以将创建的javabean实例放入Sta
- 链表.简单的链表节点构建
aijuans
编程技巧
/*编程环境WIN-TC*/ #include "stdio.h" #include "conio.h"
#define NODE(name, key_word, help) \ Node name[1]={{NULL, NULL, NULL, key_word, help}}
typedef struct node { &nbs
- tomcat下jndi的三种配置方式
avords
tomcat
jndi(Java Naming and Directory Interface,Java命名和目录接口)是一组在Java应用中访问命名和目录服务的API。命名服务将名称和对象联系起来,使得我们可以用名称
访问对象。目录服务是一种命名服务,在这种服务里,对象不但有名称,还有属性。
tomcat配置
- 关于敏捷的一些想法
houxinyou
敏捷
从网上看到这样一句话:“敏捷开发的最重要目标就是:满足用户多变的需求,说白了就是最大程度的让客户满意。”
感觉表达的不太清楚。
感觉容易被人误解的地方主要在“用户多变的需求”上。
第一种多变,实际上就是没有从根本上了解了用户的需求。用户的需求实际是稳定的,只是比较多,也比较混乱,用户一般只能了解自己的那一小部分,所以没有用户能清楚的表达出整体需求。而由于各种条件的,用户表达自己那一部分时也有
- 富养还是穷养,决定孩子的一生
bijian1013
教育人生
是什么决定孩子未来物质能否丰盛?为什么说寒门很难出贵子,三代才能出贵族?真的是父母必须有钱,才能大概率保证孩子未来富有吗?-----作者:@李雪爱与自由
事实并非由物质决定,而是由心灵决定。一朋友富有而且修养气质很好,兄弟姐妹也都如此。她的童年时代,物质上大家都很贫乏,但妈妈总是保持生活中的美感,时不时给孩子们带回一些美好小玩意,从来不对孩子传递生活艰辛、金钱来之不易、要懂得珍惜
- oracle 日期时间格式转化
征客丶
oracle
oracle 系统时间有 SYSDATE 与 SYSTIMESTAMP;
SYSDATE:不支持毫秒,取的是系统时间;
SYSTIMESTAMP:支持毫秒,日期,时间是给时区转换的,秒和毫秒是取的系统的。
日期转字符窜:
一、不取毫秒:
TO_CHAR(SYSDATE, 'YYYY-MM-DD HH24:MI:SS')
简要说明,
YYYY 年
MM 月
- 【Scala六】分析Spark源代码总结的Scala语法四
bit1129
scala
1. apply语法
FileShuffleBlockManager中定义的类ShuffleFileGroup,定义:
private class ShuffleFileGroup(val shuffleId: Int, val fileId: Int, val files: Array[File]) {
...
def apply(bucketId
- Erlang中有意思的bug
bookjovi
erlang
代码中常有一些很搞笑的bug,如下面的一行代码被调用两次(Erlang beam)
commit f667e4a47b07b07ed035073b94d699ff5fe0ba9b
Author: Jovi Zhang <
[email protected]>
Date: Fri Dec 2 16:19:22 2011 +0100
erts:
- 移位打印10进制数转16进制-2008-08-18
ljy325
java基础
/**
* Description 移位打印10进制的16进制形式
* Creation Date 15-08-2008 9:00
* @author 卢俊宇
* @version 1.0
*
*/
public class PrintHex {
// 备选字符
static final char di
- 读《研磨设计模式》-代码笔记-组合模式
bylijinnan
java设计模式
声明: 本文只为方便我个人查阅和理解,详细的分析以及源代码请移步 原作者的博客http://chjavach.iteye.com/
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
abstract class Component {
public abstract void printStruct(Str
- 利用cmd命令将.class文件打包成jar
chenyu19891124
cmdjar
cmd命令打jar是如下实现:
在运行里输入cmd,利用cmd命令进入到本地的工作盘符。(如我的是D盘下的文件有此路径 D:\workspace\prpall\WEB-INF\classes)
现在是想把D:\workspace\prpall\WEB-INF\classes路径下所有的文件打包成prpall.jar。然后继续如下操作:
cd D: 回车
cd workspace/prpal
- [原创]JWFD v0.96 工作流系统二次开发包 for Eclipse 简要说明
comsci
eclipse设计模式算法工作swing
JWFD v0.96 工作流系统二次开发包 for Eclipse 简要说明
&nb
- SecureCRT右键粘贴的设置
daizj
secureCRT右键粘贴
一般都习惯鼠标右键自动粘贴的功能,对于SecureCRT6.7.5 ,这个功能也已经是默认配置了。
老版本的SecureCRT其实也有这个功能,只是不是默认设置,很多人不知道罢了。
菜单:
Options->Global Options ...->Terminal
右边有个Mouse的选项块。
Copy on Select
Paste on Right/Middle
- Linux 软链接和硬链接
dongwei_6688
linux
1.Linux链接概念Linux链接分两种,一种被称为硬链接(Hard Link),另一种被称为符号链接(Symbolic Link)。默认情况下,ln命令产生硬链接。
【硬连接】硬连接指通过索引节点来进行连接。在Linux的文件系统中,保存在磁盘分区中的文件不管是什么类型都给它分配一个编号,称为索引节点号(Inode Index)。在Linux中,多个文件名指向同一索引节点是存在的。一般这种连
- DIV底部自适应
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JavaScript
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml&q
- Centos6.5使用yum安装mysql——快速上手必备
dcj3sjt126com
mysql
第1步、yum安装mysql
[root@stonex ~]# yum -y install mysql-server
安装结果:
Installed:
mysql-server.x86_64 0:5.1.73-3.el6_5 &nb
- 如何调试JDK源码
frank1234
jdk
相信各位小伙伴们跟我一样,想通过JDK源码来学习Java,比如collections包,java.util.concurrent包。
可惜的是sun提供的jdk并不能查看运行中的局部变量,需要重新编译一下rt.jar。
下面是编译jdk的具体步骤:
1.把C:\java\jdk1.6.0_26\sr
- Maximal Rectangle
hcx2013
max
Given a 2D binary matrix filled with 0's and 1's, find the largest rectangle containing all ones and return its area.
public class Solution {
public int maximalRectangle(char[][] matrix)
- Spring MVC测试框架详解——服务端测试
jinnianshilongnian
spring mvc test
随着RESTful Web Service的流行,测试对外的Service是否满足期望也变的必要的。从Spring 3.2开始Spring了Spring Web测试框架,如果版本低于3.2,请使用spring-test-mvc项目(合并到spring3.2中了)。
Spring MVC测试框架提供了对服务器端和客户端(基于RestTemplate的客户端)提供了支持。
&nbs
- Linux64位操作系统(CentOS6.6)上如何编译hadoop2.4.0
liyong0802
hadoop
一、准备编译软件
1.在官网下载jdk1.7、maven3.2.1、ant1.9.4,解压设置好环境变量就可以用。
环境变量设置如下:
(1)执行vim /etc/profile
(2)在文件尾部加入:
export JAVA_HOME=/home/spark/jdk1.7
export MAVEN_HOME=/ho
- StatusBar 字体白色
pangyulei
status
[[UIApplication sharedApplication] setStatusBarStyle:UIStatusBarStyleLightContent];
/*you'll also need to set UIViewControllerBasedStatusBarAppearance to NO in the plist file if you use this method
- 如何分析Java虚拟机死锁
sesame
javathreadoracle虚拟机jdbc
英文资料:
Thread Dump and Concurrency Locks
Thread dumps are very useful for diagnosing synchronization related problems such as deadlocks on object monitors. Ctrl-\ on Solaris/Linux or Ctrl-B
- 位运算简介及实用技巧(一):基础篇
tw_wangzhengquan
位运算
http://www.matrix67.com/blog/archives/263
去年年底写的关于位运算的日志是这个Blog里少数大受欢迎的文章之一,很多人都希望我能不断完善那篇文章。后来我看到了不少其它的资料,学习到了更多关于位运算的知识,有了重新整理位运算技巧的想法。从今天起我就开始写这一系列位运算讲解文章,与其说是原来那篇文章的follow-up,不如说是一个r
- jsearch的索引文件结构
yangshangchuan
搜索引擎jsearch全文检索信息检索word分词
jsearch是一个高性能的全文检索工具包,基于倒排索引,基于java8,类似于lucene,但更轻量级。
jsearch的索引文件结构定义如下:
1、一个词的索引由=分割的三部分组成: 第一部分是词 第二部分是这个词在多少