疾病负担研究（GBD）——如何绘制疾病成分比

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关于GBD数据库的实操视频已经陆续更新，如需要，大家可以关注B站的“小明学习室”。

这是GBD系列的第9篇推文，

今天后台有朋友反应不知道怎么做第一篇例文《The trends in incidence of primary liver cancer caused by specific etiologies: Results from the Global Burden of Disease Study 2016 and implications for liver cancer prevention》的图4。

我仔细琢磨了下这个图形，写了个适合于画这个图的代码，和大家分享交流下：

根据这个图的标题的意思，是要拿到这4种疾病的发病例数，然后得到这4种疾病的发病总例数后得到每个疾病的占所有疾病的百分比。

因此，图4作图的关键就是每个疾病的占所有疾病的百分比

根据这个思路，我们下载好GBD2019年五种肝癌（乙肝、丙肝、酒精肝、脂肪肝以及其他病因）的所有年份的发病例数。

下载好的数据格式需要有下面这部分的数据（其中一部分）：

获得这个原始数据后我们就可以开始运算了

首先，设置路径，读取R包

我们首先获取2019年的5种肝癌的发病数

建立新的数据集用来存储5种肝癌占总肝癌例数的百分比

接下来我们需要构建循环语句来计算每一个地区的5种肝癌占总肝癌例数的百分比，并存储在新建立的数据集中。

我的思路是：建立2个循环，第一个循环是每循环一次，读取一个地区的5种肝癌发病数，并以此计算不同类型肝癌的发病占比，第二个循环是每循环一次，将一个地区的一个类型肝癌的发病占比赋值到LC_percent中，直至2个循环结束。我设置的代码大概是这样的，大家后期可以根据自己的疾病修改代码，并将其存储至LC_2019S数据集中

我们采用同样的方法计算1990年5种肝癌占总肝癌例数的百分比

最后合并好1990以及2019年的数据，并添加标签变量

针对合并好的数据框，将location以及cause设定变量的排列顺序

最后开始作图，采用ggplot2中的条形图进行绘图，用5种肝癌类型作为填充-fill，由于我们已经统计好各个分型的占比，因此stat采用“identity”，并将占比百分比作为说明映射到图形中即可。

最后就可以出来这个图形了~，当然了大家可以根据自己的配色来选择颜色搭配，然后在AI软件中调整图形即可。

大家可以打开R实际操练起来，如果需要上述代码和数据，可以关注公众号——小明学习室，回复关键词“GBD”即可获取~

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