有意思的单细胞CITEseq文库结构

有意思的CITEseq文库结构。

理解CITEseq的文库结构,有助于在分析数据的过程中更好地troubleshooting.

首先来看CITEseq文库结构图，我标注了一些信息在上面：如下图

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我们来看看cell barcode在read1中的位置为前16bp, 然后紧接着跟了10bp的UMI,然后是13bp的TTTCTTATATGGG固定序列+ 9bp的随机序列N + 15bp Antibody barcode的反向互补序列 + 10bp随机序列N + 34bp Read 2N + 8bp sample index + P7

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ps: 从34bpRead2N开始到p7结束这些完全是多余的.

再来看read2 : 10bp 的随机序列N + 15bp antibody barcode + 9bp N + 13bp固定序列 + 10bp UMI + 16bp cell barcode + read1 + p5.

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PS：是从文库结构图的P7到P5方向测过来的。

稍微解释一下:

在图read1结构中的15bp Antibody barcode序列为:TTAATGTCGTCCGGC,它的反向互补序列为:GCCGGACGACATTAA , 正是IgG1的Antibody barcode序列(如下图配置文件).

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总结:

采用PE150这样的测序方式,会在read1和read2中重复测很多不必要的序列,有点浪费，其实SE100完全满足这样的文库, 但目前illumina只提供最少PE150的测序方案, 这也是最便宜的方案了. 就只能这样用。