1988年1月13日下午1点55分，蒋经国在台北病逝，终年78岁。
蒋经国在去世之前，早已公开对外界表明蒋家人不再世袭政权，并作出了让别人接班的实际安排。
这时，李登辉开始活跃起来。之前，他一直以一位学者型官员面貌出现，貌似对官场表现得不是特别热衷，所以才赢得蒋经国的倚重。
1984年他被蒋经国一手提升为“副总统”，并顺利进入国民党中常委，成为蒋经国刻意培植的接班人。
而宋美龄认为，要捍卫、延续“中华民国”，蒋经国的接班人必须对“中华民国”绝对忠诚，她希望接班人是她信得过的人。宋美龄对李登辉代理国民党主席表示怀疑。
据当时的国民党秘书长李焕回忆:蒋经国身后的党主席一职，按国民党贯例，应该是由继位“总统”李登辉兼任。
因此，1988年1月，国民党中央也是以此惯例来运作李登辉代理党主席一事的。在达成党内共识的基础，国民党中央完成了中常委们的布署，并决定于1月27日在中常会推出这封由李焕(时任国民党秘书长)督军俞国华(时任“行政院长”)领衔、全体中常委联署的联署书。
鉴于宋美龄时任国民党中央评议委员会主席团的首席主席，1月24日，李焕向宋美龄报告了此事，并将国民党中央的提案让宋美龄过目。
不料，1月25日，宋美龄派人送了一封信给李焕，虽然未明说反对李登辉代理党主席，却要求按党章规定，在5个月后的国民党“13全”(即第13次“全国代表大会”)会上再作决定，而“13全”会召开之前，由“中常委”轮流代行主席职务主持中常会。
1月26日，宋美龄又让蒋孝勇打电话给俞国华，要求暂缓李登辉代理党主席案。这让李焕、俞国华相当为难，出于顾念与宋美龄的旧情，以及宋美龄的身份，遂有心缓办，以求周延。
但事实上，当时所有的“中常委都不同意宋美龄的看法。他们反对宋美龄的原因有:一、当时蒋经国没有培养接班人，“中常委”中无人自信有足够威望担此重任，也就是说无人想跟李登辉竟争。二、都以大局为重，希望台湾权力转移顺利，政局稳定，即使国民党内部、即使忠于国民党的老臣，也醒悟到新的世代来临了，蒋家该退出台湾政治圈了。
事已至此，宋美龄只能放手。宋美龄在得知多数“中常委”不同意她的看法以后，对外表示，这只是她个人的建议，一切遵照“中常会”的决议。
李登辉在1月27日当选代理党主席后，次日即由蒋纬国陪同，到土林官邸拜谒宋美龄，李向宋行90度鞠躬礼。
当年7月7日，“13全”会上，李登辉顺利当选国民党党主席后，宋美龄还由李登辉陪同，到党代表大会会场发表了《老干新枝》的演讲。
蒋经国去世之时，宋美龄已经90多岁，此前她已居住美国11年。
然而，台湾已翻天覆地，更令宋美龄难以容忍的是“台独”势力的崛起。宋美龄奉蒋遗志，绝不接受分裂中国。
诚如邓颖超给宋美龄的信中所言:“我与夫人救国之途虽殊，爱国之心则同。”台湾的政治环境令宋美龄不适，于是，1991年9月，宋美龄赴美。
2000年岛内“大选”，宋美龄认可连战的人品、能力、政策，担心民进党“台独”执政葬送“中华民国”，担心宋楚瑜分票让民进党得利，于是，在美国签署一纸亲笔信函寄给国民党，支持国民党候选人连战、萧万长选台湾地区最高领导人，这对国民党基本盘是个极大的鼓舞。
连萧竞选失败后，连战誓言进行党务改革，重新奋起，宋美龄以实际行动表态支持，参加党员重新登记，并一次缴足1万元新台币党费。