学习小组Day3笔记--饭饭

2020-04-05

今日学习主题：Linux系统中安装软件

前段时间刚学习了Mac中的软件安装，对于用习惯了Windows系统的电脑小白来说起初是很拒绝的，但是硬着头皮学了之后会发现其实比Windows中方便很多。今天要学习Linux下软件的安装就没有之前那么抗拒了，但跟上述两系统相比还是有很大的区别，正如豆花所说：学习Linux要抛弃图形思维！那就开始吧～

Linux命令行中没有图形，没有窗口，没有双击，有的仅仅是代码。
使用了Linux和R语言处理数据，就再也回不去鼠标点点点的时代了。

一、Miniconda下载、安装与激活

首先认识了最方便快捷的软件下载器--Miniconda（相当于Mac中的App store），据说90%以上的软件都能搜到。

• Miniconda下载

谷歌搜索清华的conda镜像网站：“miniconda 清华”，进入第一个结果。

图1.png

往下翻，点击链接进入下载Miniconda安装包界面。查看服务器多少位，输入命令：uname -a（64位，x86_64），找到最新版本，右键复制下载链接：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

图2.png

图3.png

图4.png

接下来进入服务器biosoft目录：cd biosoft，进行下载：wget+下载链接（cmd+v进行粘贴）：
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

sh是脚本的后缀，即上述下载链接其实是一个下载的脚本。

图5.png

• Miniconda安装

输入命令代码：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
在此期间会出现许多版权信息，Enter键跳过。

图6.png

当看到一行“Do you accept the license terms? [yes|no]”说明安装要开始了，输入yes，之后再按Enter即可开始。

图7.png

图8.png

图9.png

• Miniconda激活

重要！！！
输入代码source ~/.bashrc进行激活，之后root前面都会出现（base）。
命令行输入conda,出现一大串信息即代表激活成功。

图10.png

最后的最后，添加镜像！

镜像网站：相当于本网站的副本，conda在国外，而我们在国内的下载速度就会很慢，所以从镜像网站下载可以加快下载速度。

将下面的代码复制、粘贴到命令行，点击Enter即可 。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

二、Miniconda使用

• 查看当前软件列表

conda list

图11.png

• 搜索软件

以fastqc为例：conda search fastqc可显示所有版本的此软件。

图12.png

• 安装软件

conda install fastqc -y

加上-y是自动安装，即出现任何问题都回答yes

conda install fastqc=0.11.7 -y

若不限定版本，则默认安装最新版本，但有的软件新版本bug比较多，制定版本号用=。

• 卸载软件

conda remove fastqc

图13.png

今天的必修学习内容不像前几天有些基础，Linux中软件安装对我而言很陌生，之前从未接触过，虽然学的有些吃力，但也一步一个脚印地完成了学习，遇到的问题及时在群里与小伙伴讨论，收获很大。继续加油吖～