学习小组Day3笔记--饭饭

2020-04-05

今日学习主题:Linux系统中安装软件

前段时间刚学习了Mac中的软件安装,对于用习惯了Windows系统的电脑小白来说起初是很拒绝的,但是硬着头皮学了之后会发现其实比Windows中方便很多。今天要学习Linux下软件的安装就没有之前那么抗拒了,但跟上述两系统相比还是有很大的区别,正如豆花所说:学习Linux要抛弃图形思维!那就开始吧~

Linux命令行中没有图形,没有窗口,没有双击,有的仅仅是代码
使用了Linux和R语言处理数据,就再也回不去鼠标点点点的时代了。

一、Miniconda下载、安装与激活

首先认识了最方便快捷的软件下载器--Miniconda(相当于Mac中的App store),据说90%以上的软件都能搜到。

  • Miniconda下载

谷歌搜索清华的conda镜像网站:“miniconda 清华”,进入第一个结果。

图1.png
往下翻,点击链接进入下载Miniconda安装包界面。查看服务器多少位,输入命令:uname -a(64位,x86_64),找到最新版本,右键复制下载链接:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
图2.png
图3.png
图4.png
接下来进入服务器biosoft目录:cd biosoft,进行下载:wget+下载链接(cmd+v进行粘贴):
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

sh是脚本的后缀,即上述下载链接其实是一个下载的脚本。

图5.png
  • Miniconda安装

输入命令代码:bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
在此期间会出现许多版权信息,Enter键跳过。

图6.png
当看到一行“Do you accept the license terms? [yes|no]”说明安装要开始了,输入yes,之后再按Enter即可开始。
图7.png
图8.png
图9.png

  • Miniconda激活

重要!!!
输入代码source ~/.bashrc进行激活,之后root前面都会出现(base)。
命令行输入conda,出现一大串信息即代表激活成功。

图10.png
最后的最后,添加镜像

镜像网站:相当于本网站的副本,conda在国外,而我们在国内的下载速度就会很慢,所以从镜像网站下载可以加快下载速度。

将下面的代码复制、粘贴到命令行,点击Enter即可 。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

二、Miniconda使用

  • 查看当前软件列表

conda list

图11.png

  • 搜索软件

以fastqc为例:conda search fastqc可显示所有版本的此软件。

图12.png

  • 安装软件

conda install fastqc -y

加上-y是自动安装,即出现任何问题都回答yes

conda install fastqc=0.11.7 -y

若不限定版本,则默认安装最新版本,但有的软件新版本bug比较多,制定版本号用=。

  • 卸载软件

conda remove fastqc

图13.png

今天的必修学习内容不像前几天有些基础,Linux中软件安装对我而言很陌生,之前从未接触过,虽然学的有些吃力,但也一步一个脚印地完成了学习,遇到的问题及时在群里与小伙伴讨论,收获很大。继续加油吖~

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