近期，陆军军医大学附属医院妇产科医生《Nucleic Acids Research》杂志上发表了一篇关于m6A通过增强EIF3C翻译来促进卵巢癌的进展的一篇文章。作者在摘要中指出“YTHDF1通过与m6A修饰的EIF3CmRNA结合，以m6A依赖性的方式增强EIF3C的翻译，并同时促进总体翻译，从而促进卵巢癌的发生和转移”
YT521-B同源域（YTH）蛋白（包括YTHDF1-3,YTHDC1-2)能够识别含有m6A甲基化的mRNA。研究表明，YTHDF1和YTHDF3能够促进含有m6A甲基化的mRNA翻译，而YTHDF2却能够阻断上述mRNA的翻译。在这篇文章中，作者通过m6A-seq以及RIP-seq发现卵巢癌细胞系中m6A阅读蛋白YTHDF1表达明显增多，以此为依据展开研究。
文章整体思路
一、YTHDF1在卵巢癌中的表达
1、作者通过分析TCGA、GEO数据库，YTHDF1在卵巢癌中表达增加，并且在CSIOVBD数据库中发现，YTHDF1与患者的预后和存活有关
2、RT-qPCR说明在卵巢癌细胞中YTHDF1mRNA表达明显增加；Tissue microarry 发现其蛋白表达也增强
二、YTHDF1的敲除---功能研究
在A2780和SKOV3卵巢癌细胞中，构建YTHDF-shRNA表达载体以干扰YTHDF1的表达，CCK-8细胞增殖实验，Edu染色以及克隆-集落形成实验都表明YTHDF1敲除会抑制卵巢癌细胞的增殖，迁移和增加凋亡。
三、裸鼠中异种肿瘤的移植以及YTHDF1敲除的体内研究
1、在YTHDF1敲除的裸鼠体内，肿瘤的体积和重量小于对照组
2、YTHDF1的敲除使得细胞增殖因子Ki-67表达降低，细胞凋亡因子caspase-3表达增加
四、m6A甲基化分析
1、RNA-seq
YTHDF1敲除导致1715个基因发生改变，其中633个基因上调，1080个基因下调；对测序记过进行GO分析表明，所改变基因与MAPK、ERK信号通路、肿瘤抑制以及细胞迁移的调节有关
2、m6A-seq
MEME算法分析鉴定了m6A的motif————GGAC；m6A修饰富集于开放阅读框（OFRs）终止密码子附近并且与蛋白质编码有关并且大部分都集中在mRNA上。
3、RIP-seq
鉴定了1698个潜在的YTHDF1靶基因
4、将上述三个测序结果取交集，发现共有46个基因三种测序结果都含有，647个基因并没有因为YTHDF1的敲除而发生变化；对着647个基因进行功能富集分析表明，这些基因涉及的生物学过程包括：RNA翻译，剪接以及稳态。
五、EIF3C是YTHDF1的下游靶蛋白
如何进行YTHDF1下游靶蛋白确定，作者采用eCLIP-seq鉴定了2434个靶目标转录物，并且有175个基因是YTHDF1的直接靶标。
KEGG信号通路分析表明，这些基因与凋亡和mTOR信号通路有关
Ciros plot 综合RIP-seq, eCLIP-seq, m6A-seq, and RNA-seq分析表明，YTHDF1可能调节这些基因的翻译，而不是RNA丰度。
将eCLIP测序数据与m6A-seq数据取交集发现共同含有175个基因，并且在这些基因当中，EIF3C的表达水平最高；
六、YTHDF1促进EIF3CmRNA翻译
1、YTHDF1的敲除使EIF3C蛋白表达降低，而对于其mRNA的表达无影响；同时，通过m6A实验发现，EIF3C mRNA上的m6A显著增加，因此，作者推测YTHDF1可能调节EIF3C的蛋白稳定性和翻译的效率。
2、作者紧接着探讨是否YTHDF1调节EIF3C的表达是以m6A的方式
在K395A和Y397A卵巢癌细胞系中转染YTHDF-野生型以及突变型载体发现，野生型而不是突变型YTHDF1会使EIF3C的mRNA表达降低，于此一致，YTHDF1野生型而不是突变型会使EIF3C蛋白表达增加；与之前一样，将EIF3C突变型以及野生型载体转染进上述细胞中，发现：YTHDF1-野生型而不是突变型会影响EIF3C野生型表达，也会轻微的影响EIF3C突变型的表达
七、EIF3C在卵巢癌中的作用
1、GEO数据库以及CSIOVDB数据库连用发现在卵巢癌样本中EIF3CRNA表达水平有变化
2、在卵巢癌样本中，EIF3C的蛋白表达水平明显增加
3、EIF3C在卵巢癌组织中功能探讨，经过细胞增殖和克隆集落实验发现，EIF3C敲除会明显的抑制癌组织的增殖和集落形成能力，同时也能够诱导细胞迁移以及浸润能力。
八、EIF3C作为YTHDF1的直接下游靶标，以m6A 依赖的方法增加mRNA表达，来促进卵巢癌的进展
总结
m6A RNA 甲基化是近几年热度持续上升的一个话题，不管是在癌症，植物，酵母以及其他真核生物中，m6A都以极为保守的序列存在。早在19世纪70年代就已经发现m6A甲基化的存在，但由于当时的科研水平有限，所以其发展一直处于停滞的状态。但如今，随着m6A去甲基化酶FTO的发现，正式揭开了m6A神秘的面纱。
m6A是在真核生物中一种可逆的转录后修饰，通常在mRNA（近期也发现在LncRNA、tRNA也发现m6A的存在）3'-UTR以及可翻译区出现。MRTTL3、METTL14以及WTAP作为m6A的“writer”能够将m6A加入到相应的RNA；FTO 、ALKBH5作为m6A的“eraser”能够将m6A从相应的位置去除；而YT52B同源的结构域家族蛋白（YTHDF1-3、YTHDC1-2)作为m6A的"reader"能够识别m6A修饰，从而调节其mRNA的翻译或者转录。
后期，小编会继续推出m6A文献的解读，希望大家可以多多提宝贵的意见，我们一同进步；关注小编，不迷路！
文章来源：“The m6A reader YTHDF1 promotes ovarian cancer progression via augmenting EIF3C translation”