学习小组Day3笔记--apple

linux软件安装

首先需要理解的是linux是没有图形可视化界面的，要安装软件，其实也需要借助软件商店，conda 就是软件商店，所以今天的内容主要有两点

1. 下载conda

• Miniconda是精华版，日常生信足够使用

  
  
  来自生信星球
• 如何下载
  首先点击清华大学开源软件镜像站，找到图中链接，点击，
  
  image.png
  
  根据自己电脑类型选择不同下载链接
  uname -a查看自己电脑服务器类型
  
  image.png
  
  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh这个是我电脑的安装链接
  服务器定位到目标文件夹
• 开始安装
  服务器中输入 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  接下来输入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  然后就会跳出很长的版权信息，会很长很长，不要害怕，一直enter就好，中间跳出指令你再根据下图输入
  
  来自生信星球
  
  
  image.png
  
  然后应该就可以了
  
  来自生信星球
  
  最后的最后，要激活
  输入source ~/.bashrc
  再输入conda,见到很多信息，恭喜你，可以啦

2. 利用conda管理软件

• 首先要利用镜像，毕竟国内下载软件速度，你懂得
  输入conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
• 然后查看当前所有软件列表 conda list
• 搜索软件(以fastqc) conda search fastqc
• 安装软件(加上-y是自动安装) conda install fastqc -y
• 卸载软件conda remove fastqc -y

今天的选修内容

conda环境创建

为什么要有不同的conda环境呢？嗯，简单来说就是你可以同时拥有不同版本的同一软件，具体更深的自己百度吧

• 查看当前conda环境(前面会有*号显示)：conda info --envs
• 新建conda环境：conda create -n python2 python=2.7
• 激活conda环境（可以看到*发生了变化）：conda activate python2
• 退出当前环境：conda deactivate python2
• 有点厉害的代码（同时设置环境和下载软件）：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

今天的思维导图

思维导图