Rstudio的使用习惯纠正

1、一个正式的项目,请新建一个project,并且阶段性收工的时候应当push到云端。

2、一个project内,应当有如下几个子目录:data存放数据、R存放代码、plots存放图片、以及各其他子分析模块存放对应文件。

3、Workspace数据应当保存。

4、每个项目可以有临时代码文件,用于尝试,请将相应代码保存到temp子目录中,并以temp.R命名。

5、可以有全局的临时代码(与项目无关),可以在电脑中建立一个temp目录,用于保存temp代码。

6、每一个project最好至少生成一份rmarkdown报告。

7、一定记得将代码push到线上仓库,将数据push到网盘中;需要展示的结果可使用github的page功能。

8、Rmarkdown的高效使用方法:

  8.0 虽然Rmarkdown没有Jupyter notebook那么直观好看,但是对于echo=FALSE这个设定的存在很满意,以及可以输出office系列文档,可以做各种slide,很不错。

  8.1 请不要将cache设置为TRUE,缓存机制容易让自己的代码运行出错(在没能完全了解清楚cache的原理时,不要使用)。

  8.2 请将耗时操作运算(一般运行超过1min的都可归为耗时操作)的代码标记为eval=FALSE,并且将其运算结果缓存到本地(以表格文件、图片形式、R格式数据形式保存),eval的代码加载数据即可;一个合理的Rmarkdown运行及渲染的时间不应当超过1min。

  8.3 代码实行分块管理,即大的模块之间使用注释分割符号进行划分(大块间使用等号系列分割、小块之间使用减号系列分割);无论代码是否eval,相同功能模块的代码都应该写在同一个块内,当然,块内可分为eval区和非eval区。另外,第一个块内需要设定工作目录、全局使用的工具包和代码(如dplyr、ggplot2、FanCodeV1等)。

  8.4 选项设置:全局请使用cache=FALSE,message=FALSE;局部代码根据情况使用eval和warning;局部适当设置fig系列选项。

  8.5 代码可以先在临时script文件中整理好再导入Rmarkdown,但运行调试也可以适当使用Rmarkdown,毕竟数据查看很方便。

设置全局镜像:

options(repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")

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