基因组及gff3注释下载总结

对于生信分析，经常需要从各种网址下载基因组，小编在此分享一些下载经验，

（1）参考文献：对于一个科学研究者，可以直接找到研究物种已发表的基因组文献，一般情况下，文章会提供基因组及注释文件的下载链接，该下载链接是最直接最可靠的；

（2）NGDC：国家基因组科学生物中心 search，该网站是国内最大的基因组数据库，可通过拉丁文或NGDC版本号查询，该网站除了自己的数据库，还可以搜索并跳转到NCBI和EBI数据库，能够同时看到三大数据库的情况，小编建议将此搜索界面收藏，GWH为基因组及注释，GSA为基因组组装用到的原始数据

NGDC数据库

（3）NCBI：NCBI是最大相对最全的基因组下载数据库，对于生信从业者，一般首选该网站NCBI官网，只需要知道物种的拉丁文名或者NCBI的版本号即可，一般需要同时有genome跟GFF的链接才能使用，若没有GFF链接，表明该版本在NCBI上没有注释文件，我们可以点击Genome Assemble and Annotation report 查看其它版本，linux系统下载NCBI基因组可参考小编另一篇博客NCBI数据下载工具：aspera的安装与使用

NCBI下载链接

点击Genome Assemble and Annotation report后可见如下界面，能看到研究物种各种版本基因组，最后边的G为下载链接，注：下载链接为ftp格式，谷歌浏览器在国内不支持，需要换其它浏览器才能打开链接

NCBI所有版本基因组

（4）EBI：欧洲生物信息研究所EMBL，欧洲的数据库，该数据库里的基因组还有基因组注释在NCBI一般能找的到，小编很少用

EBI

（5）JGI phytozome植物基因组数据库，该网站为植物基因组数据库，整理的基因组相对比较规范，使用起来比较友好，需要首先注册官方账号，然后才可下载

JGI数据库

（6）ensembl ensembl ftp下载链接 ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/，该网站版本不断更新，可以选择最新版本进行下载，该网站收录的常用物种基因组，除了ftp，还可以去http里进行下载ensembl http下载链接，小编没弄明白两个链接有什么不一样，但是基因组是有差别的，要是一个链接找不着，可以去另一个链接里找

ensembl ftp

ensembl http.jpg

(7)GigaDB BGI华大，华大组装的基因组，一般都存储在这里，虽然是国人数据库，但该网站响应非常慢，小编使用的很少，有兴趣可以研究

GigaDB

以下给出一些小类别数据库，持续更新中。。。

（1）柑橘基因组 该网站可以下载柑橘不同品种的基因组PBD
（2）葫芦科植物基因组 CuGenDB，包括黄瓜、西瓜、南瓜、甜瓜、葫芦
（3）棉花基因组 Gossypium New Sequence Data release，提供三种棉花基因组及基因组注释文件
（4）蔷薇科基因组GDR数据库，包括草莓、苹果、桃、梨、玫瑰月季等

GDR

（5）番茄马铃薯基因组 solgenomics

solgenomics.jpg

（6）软体动物MolluscDB

软体动物.jpg

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