学习小组Day3笔记--孙大雅

1.linux通过conda安装软件

(1)conda

  • linux与conda相当于Windows与Micosoft store

(2)conda分类

如下图:生信分析选用miniconda即可

来自:生信星球

以下为准备工作

2.下载及安装miniconda

(1)下载

百度搜索miniconda 清华镜像,点击进入

miniconda有很多版本,选择最新版、操作系统、服务器对应的多少位

(我是Windows、服务器64位,所以下载Miniconda3-latest-Linux-x86_64)

  • 如何查看服务器是多少位的:linux输入命令 uname -a
  • 找到相应版本右键点击复制下载链接

    我复制的链接如下:
    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  • 注:sh是脚本(就是一个程序,后台的代码)文件的后缀。如果后续安装失败了,脚本文件可以再次利用而不需要重复下载。

(2)安装miniconda

登录服务器,安装miniconda

  • 目录切换到下载目录:biosoft(如果没有可以新建)
    cd biosoft
  • wget + 复制的下载链接
    wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  • 注意:linux的复制是鼠标左键,粘贴是鼠标右键
    不要使用CTRL C/V!!!

开始安装!

  • 开始安装(如果后续安装失败再从这一步开始安装!!!
    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

  • 接下来开始安装,按Enter键之后会有一系列版权证明,连续按Enter即可


  • 再输入Yes之后再按Enter键


  • 最后输入Yes


  • 出现以下字即为安装成功


(3)最后的最后!激活!!!

  • 输入下列代码进行激活(相当重要)
    source ~/.bashrc
  • 再在命令行输入conda,如果出现一大串文字即为安装成功


3.添加镜像

在国内使用清华镜像

输入以下四行代码

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

以上准备工作完成,现在开始使用conda

4.conda使用(conda当然是用来下软件的啦)

(1)查看当前所有软件列表

输入代码

conda list

(2)下载及安装软件(fastqc软件为例)

首先要搜索软件

代码如下:
conda search fastqc

安装软件

  • 代码如下:
    conda install fastqc -y
  • 注意:-y是自动安装
  • 默认安装最新版本
    但是如果要指定版本,代码如下:
    conda install fastqc=特定版本号 -y

(3)卸载软件

代码如下:
conda remove fastqc -y

5.conda环境

(1)何谓conda环境

可以理解为conda的不同分身

不同的项目,搭建定制不同的分身,安装不同的软件,互不干扰。

下面开始操作

(2)查看当前conda环境列表

  • 代码如下:
    conda info --envs
  • 带*的就是默认的环境
    可见目前只有base环境


(3)安装新环境并在该环境下安装软件(一步完成环境及软件安装)

举例:比如我们要处理转录组数据,建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic
代码如下:
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

(4)再次查看conda环境

  • 代码如下:
    conda info --envs
  • 查看发现多了一个rna-seq。但是默认环境还是base


(5)激活新的conda环境

  • 代码如下:
    conda activate rna-seq

  • 此时“*”就会转移到rna-seq前面
    并且在用户名前面出现了(rna-seq)

  • 再输入fastqc
    下面一大串信息,证明安装成功


最后附上今日思维导图:


image.png

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