学习小组Day3笔记--孙大雅

1.linux通过conda安装软件

（1）conda

• linux与conda相当于Windows与Micosoft store

（2）conda分类

如下图：生信分析选用miniconda即可

来自：生信星球

以下为准备工作

2.下载及安装miniconda

（1）下载

百度搜索miniconda 清华镜像，点击进入

miniconda有很多版本，选择最新版、操作系统、服务器对应的多少位

（我是Windows、服务器64位，所以下载Miniconda3-latest-Linux-x86_64）

• 如何查看服务器是多少位的：linux输入命令 uname -a
• 找到相应版本右键点击复制下载链接
  
  
  我复制的链接如下：
  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 注：sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀。如果后续安装失败了，脚本文件可以再次利用而不需要重复下载。

（2）安装miniconda

登录服务器，安装miniconda

• 目录切换到下载目录：biosoft（如果没有可以新建）
  cd biosoft
• wget + 复制的下载链接
  wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 注意：linux的复制是鼠标左键，粘贴是鼠标右键
  不要使用CTRL C/V！！！

开始安装！

• 开始安装（如果后续安装失败再从这一步开始安装！！！）
  bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 接下来开始安装，按Enter键之后会有一系列版权证明，连续按Enter即可

  
  

• 再输入Yes之后再按Enter键

  
  

• 最后输入Yes

  
  

• 出现以下字即为安装成功

  
  

（3）最后的最后！激活！！！

• 输入下列代码进行激活（相当重要）
  source ~/.bashrc

• 再在命令行输入conda，如果出现一大串文字即为安装成功

  
  

3.添加镜像

在国内使用清华镜像

输入以下四行代码

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

以上准备工作完成，现在开始使用conda

4.conda使用（conda当然是用来下软件的啦）

（1）查看当前所有软件列表

输入代码

conda list

（2）下载及安装软件（fastqc软件为例）

首先要搜索软件

代码如下：
conda search fastqc

安装软件

• 代码如下：
  conda install fastqc -y
• 注意：-y是自动安装
• 默认安装最新版本
  但是如果要指定版本，代码如下：
  conda install fastqc=特定版本号 -y

（3）卸载软件

代码如下：
conda remove fastqc -y

5.conda环境

（1）何谓conda环境

可以理解为conda的不同分身

不同的项目，搭建定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。

下面开始操作

（2）查看当前conda环境列表

• 代码如下：
  conda info --envs

• 带*的就是默认的环境
  可见目前只有base环境

  
  

（3）安装新环境并在该环境下安装软件（一步完成环境及软件安装）

举例：比如我们要处理转录组数据，建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
代码如下：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

（4）再次查看conda环境

• 代码如下：
  conda info --envs

• 查看发现多了一个rna-seq。但是默认环境还是base

  
  

（5）激活新的conda环境

• 代码如下：
  conda activate rna-seq

• 此时“*”就会转移到rna-seq前面
  并且在用户名前面出现了(rna-seq)

• 再输入fastqc
  下面一大串信息，证明安装成功

  
  

最后附上今日思维导图：

image.png