小森的生统笔记
小森的生统笔记

肿瘤干细胞相关性+药物敏感性

RNAss

基因表达与肿瘤干细胞的相关性
肿瘤细胞干细胞越弱

输入文件
  1. RNA肿瘤干细胞打分文件，打分越接近1，干细胞程度越强，分化程度越低
  2. 表达数据文件
  3. 需要limma包，corrplot包
    遇到了困难，在用t进行转置时，他自动把我的小横线转换成点了，我就研究了好几个小时都不知道咋整，看果子的帖子说是data.frame和as.data.frame里的参数check.names可是我按照那个介绍改了还是没有纠正我这个错误。。。
    好难啊，需要问师兄。

DNAss

由于RNAss遇到了困难，所以DNAss就没做，同是TCGA数据需要转置，我嘤嘤嘤了

药物敏感性

  1. 下载药物敏感性数据和基因表达数据
  2. 打分越高就说明对药物越敏感
  3. 下载数据转录组数据+药物敏感性数据
    CellMiner下载ZSCORE和RNAseq
    对药物FDA进行筛选，FDA没有认证，没有临床试验的数据都删掉。
    临床有实验，FDA有认证的数据保留，得到矩阵，行名为药物名称，列名为样品名称
    表达数据表格整理：改表头，只保留样品名称，把数据复制到txt内
    这个很顺利

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