简化基因组分析注意事项

简化基因组的方法一定要问清楚

建库前无论公司说的是RAD-seq，还是说的是GBS，都不要太当真，因为这两个名词定义越来越不清了，你只要问清楚，他们建库是检测哪个部分：

1）对单酶切位点邻近片段测序，如最初的RAD-seq
2）对酶切位点两翼片段测序，如Genoytping-by-Sequencing

具体看我写的这篇文章: 简化基因组的测序方法

关于建库的选择：

如果没有参考基因组： 使用RAD-seq双端测序，或者亲本50x以上进行组装，然后是GBS
如果有参考基因组： 使用GBS，这个很便宜。

分析时一定不能去重复

1. 比对之后的预处理，不能去重，可以标记重复，当然这一步可以省去
2. 如果上一步标记了重复，那么在使用GATK HaplotypeCaller时, 3.x版本参数需要增加-drf DuplicateRead4.x版本则是-DF NotDuplicateReadFilter。 其实-drf和-DF都是--disable-read-filter的缩写。

具体原因见https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/6124