ARM架构的MacOS如何配置R语言分析环境

去年11月换了一台16寸Macbook Pro，用上了苹果自己开发的arm架构的M1芯片。换上新电脑后，一个重要的事情，就是配置好我的R语言分析环境，同时做一期视频教程了。本篇内容是视频教程的概要，详细版见视频。

第一步，安装R语言，目前推荐Intel版本的R。

相对于arm64版本的R，Intel版本的R虽然需要rosetta转译，存在性能损耗，但同时支持CRAN和Bioconductor里的预编译R包，在安装R包上会省事不少。

第二步: 安装Rstudio。下载地址为 https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download

目前只有intel版本，没有原生的arm版。对于这一步，如果你用虚拟机软件Parallel desktop安装MacOS系统，然后在这个套娃系统安装intel的Rstudio，你会发现这里面的Rstudio会奇卡无比。

第三步：安装Rswitch.下载地址是 https://rud.is/rswitch/

安装之后，我们就可以在MacOS里面切换不同版本的R。

第四步：安装xcode.

打开命令行输入

sudo xcode-select --install

第五步: 安装gfortran

打开 https://mac.r-project.org/tools/index.html，下载intel版本进行安装。

安装结束后，编辑 ~/.zshrc添加 export PATH=$PATH:/usr/local/gfortran/bin

第六步: 安装Java。 打开 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/AdoptOpenJDK/17/jdk/x64/mac/

下载 OpenJDK17U-jdk_x64_mac_hotspot_17.0.2_8.tar.gz

然后解压缩到指定的目录

sudo mkdir -p /opt/jdk_x64
sudo tar xf OpenJDK17U-jdk_x64_mac_hotspot_17.0.2_8.tar.gz -C /opt/jdk_x64

编辑 ~/.Rprofile 文件，添加如下内容

 Sys.setenv("JAVA_HOME"="/opt/jdk_x64/jdk-17.0.2+8/Contents/Home")

由于软件升级，安装包的名字可能会变, 所以不能直接照抄。

第七步：安装XQuartz。打开https://www.xquartz.org/

XQuartz目前是2.8.1版本，安装时会注销，parallel Desktop里的MacOS安装的Xquartz，可能无法被调用。

第八步: R包安装配置。打开 ~/.Rprofile添加清华镜像

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")