16s分析

16s

1.16S测序
16S rDNA是编码原核生物核糖体小亚基的基因，常用于细菌系统分类学。其序列包含9个可变区和保守区，一般对可变区的V3，V3-V4和V6可变区域进行扩增和测序。

Qimme

1.qimme的启动

source activate qiime2-2018.6
source /software/biosoft/software/centos6/anaconda3-python3.6/bin/activate /software/biosoft/software/centos6/anaconda3-python3.6/envs/qiime2-2019.4/
qiime --help
source deactivate

2.准备数据（https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/85800960）

qiime tools import --type EMPSingleEndSequences --input-path data --output-path emp-single-end-sequences.qza

（1）实验设计/元数据：sample-metadata.tsv
（2）实验测序数据：
emp-single-end-sequences/barcodes.fastq.gz和emp-single-end-sequences/sequences.fastq.gz
（3）生成qiime需要的artifact文件格式（原始数据格式标准化为qza格式）
3.拆分样品
（1)对混合序列单端进行样本拆分

 qiime demux emp-single --i-seqs emp-single-end-sequences.qza  --m-barcodes-file sample-metadata.tsv --m-barcodes-column BarcodeSequence --o-per-sample-sequences demux.qza 

对混合序列双端样本拆分

qiime demux emp-paired --i-seqs emp-paired-end-sequences.qza --m-barcodes-file sample-metadata.tsv  --m-barcodes-category BarcodeSequence  --o-per-sample-sequences demux --p-rev-comp-mapping-barcodes

4.去噪和聚类（序列质控和生成OTU/feature表）
Dada2和deblur二选一，去噪方法产生的特征统称为ASV

qiime dada2 denoise-single \
  --i-demultiplexed-seqs demux.qza \
  --p-trim-left 0 \
  --p-trunc-len 120 \
  --o-representative-sequences rep-seqs.qza \#
  --o-table table.qza