学习小组Days3笔记之CY

1.登录云服务器后

检测是否安装bzip2

1.png

说明云服务器已经安装了

1.1安装 Miniconda3

 wegt https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴

bash  Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

下图说明安装成功

2.png

1.2 添加国内镜像

ScreenShot_20180822215133.png

1.3 用conda安装生信软件fastqc trimmomatic

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本：办法就是按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰的“conda environment”。（引自生信星球）

 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）

1.4 如何卸载一个环境中的软件？

卸载某个软件

 conda remove -n rna-seq fastqc -y

全部卸载，也就是卸载这个环境

  conda remove  -n rna-seq -all

同理，安装其他生信软件可以试试通过conda 工具安装会省事很多。