元朝崛起之初就是以团结地方豪强，也就是木华黎以契丹、汉人豪强的地方部队给予高度的自制权利，和元朝带有浓烈的游牧民族的继承分封制度，导致元朝从建国以来一直处于内部豪强遍地，在初期的野蛮生长期，这种权利结构会产生非常强大的战斗力，但是一旦扩张结束，没有对外掠夺的红利，自然就陷入无休无止的内部争斗，元朝就是这样一个奇葩的朝代，很难有效的动员力量做事。
朱元璋对元朝的评价是执政宽松，很多人以为这种宽松是无为而治，但是在草原崛起的元朝统治者眼里，他们无法理解精细的国家管理，像分封一样将国家分成一个有一个领地，每个官员在自己的行政范围之内，权利极大，元朝的朝廷几乎不加以监管，导致官吏残暴虐民，这也是朱元璋对于元朝弊政的总结，行政宽松、虐民，所以朱元璋执政在这两方面非常注意，甚至有一些矫枉过正。
元顺帝年间名臣脱脱的一个振作之举彻底断送了元朝在中原地区的统治，那就是治河。当百万农民集结在黄河大堤上，当韩山童、刘福通以“石人一只眼，挑动黄河天下反”的谶语，振臂一呼，天下响应，元末轰轰烈烈的红巾军起义在明教、白莲教等宗教色彩之下，从黄河到长江不甘被当做畜生对待的百姓，展开了轰轰烈烈的起义。
至正十一年（1351年）四月（朱元璋此时还在当和尚），韩山童、刘福通等以“石人一只眼，挑动黄河天下反”的谶语，振臂一呼，天下响应，元末轰轰烈烈的红巾军起义在明教、白莲教等宗教色彩之下，从黄河到长江不甘被当做畜生对待的百姓，展开了轰轰烈烈的起义。同年五月，刘福通在颍州率众起义，迅速攻克颍州城，点燃了元末农民大起义的烽火。芝麻李、彭大等攻克徐州、郭子兴、孙德崖等起兵攻克濠州，彭玉莹、徐寿辉等起兵湖广，一时之间，从黄河到长江流域烽烟四起，烽火遍地。
红巾军四处攻杀，特别是芝麻粒在徐州、张士诚在高邮，彻底截断了漕运，至正十二年（1352年）八月元朝主力在贤相脱脱招集全国各行省的主力军队，并从西域调来大批军队，共计40万人马，号称“百万”，浩浩荡荡南下，意图打通漕运，九月破徐州，芝麻粒被灭，徐州遭到屠其城。元朝的残暴也坚定了各路起义军的反抗意志，都抱必死之决心跟元军死磕。
脱脱接到元顺帝的任命后，，一路上“旌旗累千里，金鼓震野，出师之盛，未有过之者”。
在至正十二年（1352年）八月亲自南下督师， [12] 到至正十三年（1353年）底，红巾军一度转入低潮。以顺帝为首的元朝统治者忘乎所以，为脱脱建生祠于徐州（当时已改名武定州），立平寇碑，又封赏各有功将领。此时元廷开始商议立高丽贡女奇皇后所生的爱猷识理达腊为皇太子，脱脱对此有微词，哈麻趁机挑拨离间，为元宫廷的内乱埋下伏笔。十一月，脱脱主力包围了高邮，开启了轰轰烈烈的高邮城之战。眼看高邮城就被攻破了，但是脱脱被政敌进了谗言，被流放自杀，40万大军随即星散，元朝最后一次由中央指挥的成建制的剿匪战斗就结束了。
高邮城之战也把红巾军起义军开始了野蛮生长，飞速发展。最终在至正十五年（1355年）二月，红巾军刘福通立韩林儿为皇帝，号称小明王，建都亳州，国号宋，改元“龙凤”，红巾军起义再次进入高潮，汴梁（今河南开封）以南的邓、许、嵩、洛诸府州皆为红巾军所占有。也是在这段时间，朱元璋完成了自己的基本盘滁州军的搭建，并打到长江边，谋划南下江南就食。
完成建国的大宋，把起义的高潮推向另一个高潮，三路北伐，准备一举灭亡掉元朝的国祚。
第一路，西路军，以李武、崔德为主帅，于至正十六年（1356年）九月，一路向西，攻破潼关，杀入陕西。
第二路，中路军，以关铎（关先生）、潘诚（绰号破头潘）等为主帅，于至正十七年（1357年）向北越过太行山，攻入山西。1358年底，攻克上都(今内蒙正蓝旗，石别苏木)、辽阳(今辽宁省辽阳市)等，1359年中路军进入高丽(今朝鲜)。
第三路，东路军，以毛贵为帅，
一、西路军：刘福通派遣等为西路军，攻破了潼关，进而攻克陕州（今河南三门峡西）、虢州（今河南灵宝东北），扼制崤、函。
二、中路军：关铎（关先生）、潘诚（绰号破头潘）等所率中路红巾军越过太行山，攻入山西。1357年(龙凤三年)，宋分兵北伐，他和关铎、冯长勇、沙刘二等为中路军，配合东路军毛贵进攻大都(今北京市)，是年秋，经太行(即太行山)入山西，四年底他与关铎攻克上都(今内蒙正蓝旗，石别苏木)、辽阳(今辽宁省辽阳市)等，任辽阳行省平章。五年，中路军进入高丽(今朝鲜)。七年，他与关铎、沙刘二等再次攻入高丽。1362年(龙凤八年)2月(旧正月)，关铎、沙刘二被袭死于开京(今朝鲜开城)，余部由他率领败退辽阳，破头潘退走辽东，未几战死辽阳（一说退走大宁路降元，此处存疑）
三、东路军：毛贵从山东开始挥师北伐，进逼京师。元廷惶恐不安，急征四方兵入卫，命察罕帖木儿屯兵涿州（今属河北）。察罕帖木儿留兵戍清湫（今陕西眉县东南）、义谷（今陕西蓝田西南），屯潼关、塞南山口，以防陕西起义军再起，然后亲自率领精骑急赴河北。
在危机之时，元朝的团练军中，有三股成绩斐然的军阀崛起，分别是察罕帖木儿和扩廓帖木儿（王保保）父子、答失八都鲁和孛罗帖木儿父子和关中四军阀李思齐、张良弼（思道）、孔兴、脱列伯的军队，三支武装力量。在镇压韩山童、刘福通中立下了汗马功劳，但是镇压完韩山童、刘福通为首的“大宋”政权立刻就陷入军阀割据，相互攻打，给朱元璋整合陈友谅、张士诚势力提供了充足的时间。
答失八都鲁和孛罗帖木儿父子主要成就就是镇压大宋的中军，察罕帖木儿和扩廓帖木儿（王保保）父子带领关中四军阀先将西路军剿灭，又挫败东路军，将其逼退回山东，并横扫中原的大宋各部，并于至正十九年（1359年），将刘福通和韩林儿主力。将刘福和韩林儿的孤军困在安丰。而至正十九年（1359年）的朱元璋已经开始跟陈友谅长达四年的争霸之战。
至正十九年（1359年）到 至正二十五年（1365年），随着刘福通大宋的主力被消灭，元朝立刻开启了内斗，孛罗帖木儿开始跟皇太子开启了狗要狗，皇太子引察罕帖木儿和扩廓帖木儿父子为援，最后，在至正二十五年（1365年），皇太子领军进攻大都，杀了孛罗贴木儿而结束。而正二十五年的朱元璋发起张士诚的全面进攻。
在消灭了孛罗帖木儿的元朝没有挥军南下，联合张士诚（此时的张士诚已经向元朝称臣）剿灭最强大的朱元璋，而是开启了另一波撕b大战。至正二十五年（1365年）闰十月，元顺帝下诏封扛起察罕帖木儿大旗扩廓帖木儿为河南王，并让扩廓帖木儿（王保保）南下攻打朱元璋，这也许是元朝最后一次翻盘的机会，但是扩廓帖木儿（王保保）来到河南就不动了，他企图火拼自己的友军，即关中四军阀：李思齐、张良弼（思道）、孔兴、脱列伯。这四个哥们也是死人堆里滚出来的，怎么肯束手就擒，于是双方开始乒乒乓乓打了起来，由于彼此一直合作作战，非常了解，打的那叫一个旗鼓相当。一直打到至正二十八年二月，无能的元朝廷都看不下去了，削除扩廓帖木儿的爵位，宣布扩廓帖木儿（王保保）为全民公敌，命诸元朝所有的军队首先对扩廓帖木儿（王保保）开战，天下共击之。
而至正二十八年还有另一个年号，洪武元年，利用元朝内讧从容统一长江流域的朱元璋命徐达和常遇春发起北伐的统一之战。
也许扩廓帖木儿（王保保）也深深的后悔于自己的年轻短视，放任朱元璋长成了巨龙，元朝因此也退出了历史舞台，他用余生开始力保北元，与朱元璋进行了艰苦卓绝的战斗，多次全军覆没，但是每次都正军重来，他也第一次打破明军不可战胜的神话。他的结局最后也是一个传说，没有人知道，史书只记载他在宣光五年（1375年，洪武八年）八月死于哈剌那海（一说哈剌那海在今蒙古国科布多，不过哈剌那海的蒙语意思为“黑狗”，也有可能是一个人名）之衙庭。 然而，高丽在宣光六年（1376年，洪武九年）十月收到了“都总兵、河南王、中书右丞相”扩廓帖木儿的信，从信中提到“令先君（恭愍王）去世，今已二年” 及宣光六年（1376年，洪武九年）五月北元派到高丽的使者抄儿志来看也应是写于当年，似乎扩廓帖木儿在宣光六年（1376年，洪武九年）时还活着，可能是明朝史官在修实录时归错了扩廓帖木儿去世的年份。总之，宣光六年（1376年，洪武九年）以后再无扩廓帖木儿活动的记录。
朱元璋对于元廷是蔑视的，对于元顺帝更是不屑一顾才给了一个顺帝的称号，唯独对扩廓帖木儿（王保保）给予足够的尊重，称其为奇男子，多次派人到草原上去招降，除了直接的招降以外，朱元璋巡河南时，还曾谕祭察罕帖木儿墓，并在洪武四年（1371年）将扩廓帖木儿（王保保）之妹王氏许配给秦王朱樉，都是为了怀柔扩廓帖木儿。
倚天屠龙记中王保保是窝囊的，但是真实历史事件中，灭掉明教的确实王保保父子。
元廷是有机会，而且不止一次机会可以对还比较弱小的朱元璋进行绞杀，并不缺乏名将、强军，但是都由于自己内部的内讧一次次错失了这样的机会，可能从另一个角度来说，如果元廷可以抓住这些机会，还有着强大的执行力、可以做出正确的决策，朱元璋可能还在庙里敲钟，也不会走向反元之路。历史已成事实，空留后人嗟叹。