文献阅读笔记

文献1： A systems genetics approach reveals PbrNSC as a regulator of lignin and cellulose biosynthesis in stone cells of pear fruit

期刊：Genome Biology

思路整理： 

1.构建自然群体转录组，寻找与石细胞相关性状的相关的模块（图1a），并将模块内石细胞合成结构基因回贴到通路中（图2a，b）。构建以结构基因为基础的共表达网络（结构基因-转录因子）(图2c)。

图1

图2

a梨中木质素生物合成途径中的基因（基因来源于关联模块）；b梨中纤维素生物合成途径中的基因；c木质素和纤维素生物合成的共表达网络；d与木质素和纤维素生物合成相关的基因的 eQTL 组合曼哈顿图；e来自Pbr4CL4、PbrLAC4、PbrLAC5、PbrCESA4a、PbrCESA7a、PbrCESA8b和PbrMYB169的 eQTL 结果的 6 号染色体的圆形曼哈顿图。

2.鉴定石细胞模块内基因的eQTLs（图1b）,整合eQTL和共表达结果中的结构基因-TF基因对，发现8个TF可以作为石细胞合成相关调节基因。

3. PbrNSC 可以调节三种木质素（Pbr4CL4、PbrLAC4和PbrLAC5）和三种纤维素生物合成基因（PbrCESA4a、PbrCESA7a和PbrCESA8b）的表达，以及之前报道的一种转录因子PbrMYB169在激活木质素生物合成基因的过程中的表达。（e为关键eQTL结果的突出展示为了，证明PbrCESA8b是合成相关结构基因的eQTL）