康熙二十年，康熙帝用八年时间肃清三藩割据的内患。日夜悬于他心头的三件大事——三藩、河务、漕运，终于完成了最重要的一件。借着捷战余威，康熙帝又将如炬的目光，锁定在大陆之外的东南海岛——台湾。
废除三藩，清王朝的地方建制，得到统一规划，对澄清吏治、恢复经济与安定民心都有着重要意义。不过，大清王朝并未实现真正的大一统，统治台湾的“明郑”，成了最大的威胁。
明朝灭亡后，江南地区建立的南明小朝廷，成为抗清的主要力量。隆武帝时期，出了一位鼎鼎有名的大将军郑成功，因为被南明皇帝赐朱姓，封为延平郡王，故世称“国姓爷”或“郑延平”。
顺治二年（1645年），郑成功之父郑芝龙降清，他就率领父亲旧部在东南沿海继续抗清事业。到了顺治十八年（1661年），因为仗打得不顺利，郑成功决定退守台湾。第二年，郑成功驱逐荷兰驻军，统御台湾，成为一代英雄。
随后，郑氏一直以恢复明朝为使命，成为孤悬海外的一支反清力量。但随着永历帝和郑成功的去世，郑成功之子郑经即位后，“明郑”集团实际上成为割据一方的隐患，与清廷对峙二十多年。
先礼后兵
后来三藩之乱平定，国家只剩下郑氏盘踞台湾，为害福建一带。想要除掉郑氏，非你施琅出马不可。——康熙帝
康熙帝即位初期，清廷对郑氏的态度以招抚为主，前前后后共进行七次谈判。无论康熙帝亲政前后，清廷都对郑经表现出极大的诚意和礼让。不过郑经从要求不登岸、不剃发易服，再到割地请饷，越发得寸进尺。因而，近二十年来的谈判一直处于胶着状态。
康熙元年（1662年）五月，趁着郑成功去世和郑经叔侄内讧之际，清廷派使臣与郑经首次谈判。郑经为避免内外交困，假意与使者周旋，交出南明皇帝赏赐的敕书和玺印，以及军民土地清册，换取朝廷信任。仅仅一年后，内乱平息，郑经便反悔，要求仿照朝鲜、琉球称臣奉贡的先例，“不登岸、不剃发易衣冠”，拒绝归顺。
康熙二年十月，清廷与荷兰联军，攻克郑氏在厦门、金门的据点，继续派使臣第二次招抚。郑经仍然坚持藩属国的待遇，声称“若欲削发登岸，虽死不允”。于是，清廷又击破郑氏在沿海最后的据点厦门，郑经逃回台湾。
第三次议和发生在康熙六年（1667年）。在此之前，清军本欲乘胜追击，不料在海上遭遇台风，被迫班师。这是清廷第一次进军台湾，当时的将军是施琅。由于三藩未除，清廷无力用兵海上，继续派出使者谈判。由于郑经坚持“朝鲜例”，和谈再次失败。
康熙七年，施琅密陈康熙帝，力主尽快征讨郑经。他的方略是：“郑军兵力单薄，主将昏庸无能，如果先取澎湖扼其喉，郑军立刻告急；如果他们依靠海上优势固守，就分出南北两路奇兵袭击港口。”施琅对此战信心十足，认为“台湾计日可平”。但朝中主张议和的官员，将施琅的建议束之高阁，施琅本人也被调任内大臣，留居京城。
第四次招抚，由康熙帝掌握大权后亲自主持。康熙帝做出最大的让步，允许郑经镇守台湾。但是郑经本就是国人，不应按照藩属国的体例归顺。由于郑经固执己见，谈判又陷入僵局。
三藩作乱之际，郑经也趁机起反。康熙十六年（1677年），清廷进行第五次招抚。郑经则变本加厉，又提出割地的无理要求，又是不了了之。
康熙十七年，康熙帝谕知使臣：“郑经虽然没有诚意投降，但是他下属的官兵民众，有愿意归顺的，仍然应当灵活应变，随时招抚。”第六次的招抚，由福建总督姚启圣主持。郑经依然执前词，拒不受抚。不过，姚启圣奉帝命，广纳投诚的将士，予以高官厚禄的优渥待遇，得到许多郑军的拥戴。
康熙十八年，三藩之乱即将平定，康熙帝给郑经最后一次机会。第七次和谈中，郑经还是要求按照琉球、朝鲜之例称臣。康熙帝同样果断否决：“台湾的郑军都是闽人，不能和琉球、朝鲜等国家相提并论。”见郑经没有投降的诚意，康熙帝先礼后兵，决定兵加台湾。这时，被朝廷闲置十三年的施琅，得到康熙帝的大力擢拔，成为征讨郑氏、平定台湾的主将。
老当益壮
将军施琅，熟悉海岛地形及人事，凡事都一定要和他商议。——康熙帝
施琅其人，曾是郑芝龙的大将，先跟随郑芝龙一起降清，又投奔郑成功抗清。当时他年纪轻轻，通晓兵法，但是性格上有些孤傲耿介，因此得罪了郑成功，一家人包括父亲、弟弟、儿子、侄子等都被杀了。施琅和台湾的郑氏集团，就结下了血海深仇。于是他再次降清，成为福建的水师提督。
此后，施琅针对台湾问题，就是一位主战派。因为施琅擅长水战，熟悉郑军内情，又矢志复台报仇，成为征讨郑氏的最佳人选。在第三次招抚郑经失败后，施琅先后呈上《边患宜靖疏》《尽陈所见疏》，力陈台湾对福建沿海一带的重要影响，请求继续攻打郑氏。
虽然施琅奉召入京，向皇帝备陈方略，但是他作为海上投诚的将领，不被朝廷信任，因而被罢黜兵权。此外，水师提督一职也被裁撤，战船也尽数烧毁，以示朝廷无南顾之意。闲置期间，施琅在政事之余遍览前朝史书，考察古今成败的教训，学习先贤名臣的言行事迹，修养自身才德。同时他知晓台湾不平，边患则一日不除，因而穷且益坚，无论行止坐卧，无一日忘记复仇之志。
等到康熙二十年（1681年），康熙帝接到了姚启圣等人的密报，明郑集团内部出现重大变故。郑经在本年正月病故，大将冯锡范等人发动事变，绞死郑之长子，拥立十二岁的次子郑克塽即位。
郡王年幼，内部必然生乱，正是出兵的大好时机。加上三藩废除，国内大定，康熙帝决定把握时机，挥师台湾。他调派总督姚启圣、巡抚吴兴祚等人，相机行事，准备攻取澎湖和台湾；并嘱咐他们“剿抚并用，底定海疆”。
紧接着，姚启圣和内阁学士李光地，极力推荐施琅再次出山。彼时朝廷中，仍有不少人反对进攻海岛台湾、反对重用施琅，康熙帝力排众议，再次任命施琅为水师提督，加封太子少保，以示荣宠。施琅年逾花甲，然而复仇报国之志，坚如磐石，白首不移，面对朝臣的质疑，慷慨陈述清军攻打郑氏的优势以及自己必胜的信心。康熙帝也深为感动，对施琅备加信任。
在前线，姚启圣组建了一支训练有素、骁勇善战的水师，并将郑军逐出了福建、广东地区。颇具前瞻性的施琅，赴任前请求康熙帝特批一名侍卫随征，在前线和京城之间起到及时传信的作用。康熙二十年十月，施琅抵达福建厦门。
作战前，施琅和姚启圣都握有调兵遣将的大权，为避免官员之间互相掣肘，施琅又大胆请求康熙帝授予专征大权，当时未得批准。接下来，施、姚二人果然就作战计划出现分歧，一个主张借南风之势攻打澎湖岛，一个主张依靠北风同时进攻海岛台湾、澎湖，大军也就迟迟不能进发。二十一年三月和七月，施琅连上两疏，恳切地请求独自指挥作战。康熙帝慎重考虑之后，给予施琅最大的信任，将出征郑氏之事，全权托付于他。
澎湖大战
臣今年六十二岁，气血未衰，尚能够报效国家。现在如果不让臣趁机剿灭郑氏，再过上几年，臣就年老无所用了，所以深恐时不我待，这次出征誓要平定敌军。——施琅
明郑这边，在康熙二十年九月派重兵驻守澎湖，严阵以待，坐镇的主将是刘国轩。郑军在澎湖很有地利优势，在最易船只登岸的娘妈宫驻扎，并设置重重防御措施。施琅在海峡彼岸，也抓紧造船练兵，打造船坚炮利的平叛水师。
二十二年六月十四日，两万多名清军、两百余艘战船，从铜山出发，会师于八罩岛，虎视郑军。十六日黎明，海风吹送着大小战舰，锣鼓声震天动地，施琅带领着浩浩荡荡的清朝水师，向澎湖岛发起猛攻。
为了激励将士奋勇杀敌的士气，施琅在大小战船的帆上，写下将领姓名，考察每艘船的作战情况，作为赏罚依据。一开始仗打得很惨烈。施琅的先锋部队，只有将领蓝理为首的七艘战船，突入郑军。这时海上涨潮，先锋部队被急流冲得四散，郑军则分两翼进行反击。
施琅见形势不利，亲自冲入重围救援蓝理。激战中，蓝理遭炮火重创，腹破肠流，简单包裹伤口后，继续高喊着杀贼，毫不退缩。施琅的右眼也被箭矢射伤。幸得援军及时赶来，两人才得以脱险。当晚，施琅仍在八罩岛驻扎修整。
十八日，施琅用甲衣包裹着头部，召集诸将，按律进行赏罚。他大赏重伤的蓝理和援军，拟把战中退缩的将领处斩，因其匍匐请命，允许他们戴罪立功。施琅还重新部署作战计划。清军士气复振，很快攻取虎井屿。
十九日，因海岛上缺少淡水，施琅独自驾船巡视，寻找水源。经过一番勘查之后，他命将士开凿井水，竟然挖出了甘甜的泉水。二十二日，施琅进行誓师，准备最后决战。他把大军分为八队出击，每队七船，自统一队，亲自调度，留下八十多条战船作为后援。
出征前，海上忽然刮起了凛冽的西北风，打破了最初施琅藉南风攻澎湖的计划。出师不利，将士们都战战兢兢，吓得两腿发抖。施琅则向上天忠诚地祷告：“希望上天神明和皇帝保佑，帮助我军顺利克敌！”话音刚落，风向反转，大军亲见神迹，备受鼓舞。
在具体作战方式上，施琅根据两军实力，采取以众击寡的“五点梅花阵”，即五艘战船结成一队，专攻敌军一艘战船。有了天时和阵法襄助，清军在海上大显神威。将士们更加奋勇杀敌，自清晨到午后鏖战不休，海水竟被血染红。最终，郑军全面崩溃，刘国轩见大势已去，乘小船败走台湾，于是澎湖大定。
大战过后，施琅放下个人恩怨，并没有继续追击、将郑氏赶尽杀绝，而是依照康熙帝的谕旨，着重安抚民心。几次谈判之后，郑克塽于七月十五投降，八月十八日剃发易服，明郑时代正式终结。
施琅打了胜仗后，还亲自到郑成功的宗庙祭拜，声泪俱下地阐述自己出征台湾，是出于“忠朝廷而报父兄”的职责。而他对于郑氏，虽然成为仇敌，但不忘臣主之恩义，不枉杀郑氏一人。当地百姓听闻，都感慨地说：“同样是报父仇，施琅的做法比伍子胥要贤明多了。”
伍子胥是春秋时代吴国的将领，楚国国君杀了伍子胥的父亲和兄弟，伍子胥历尽千辛万苦灭了楚国复仇，最后掘开楚王墓，鞭尸三百才肯罢休。所以施琅对郑氏表现出的态度和胸怀，是很令人动容的。
弃留之争
臣认为，放弃台湾将酿成大祸，守住台湾才能让边陲永固。——施琅
康熙二十二年（1683年）六月二十二日，到天妃宫进香的人们，看到了神异的景象：天妃的衣袍湿透了，左右两位护法神将的手也起泡了。这件事越传越广，引来观者如潮。而在海上，正是施琅率清军在澎湖大决战的时刻。将士们作战时也亲眼看到，天妃仿佛就在天上看护着他们，于是个个精神振奋，英勇杀敌。
等到施琅大捷的讯息传出，大家才恍然大悟：这是天妃娘娘带领众仙，在海上施展神通，庇佑清军打胜仗呢！天妃娘娘就是妈祖，是中华东南沿海一带信奉的神明，被视为海上的保护神。
妈祖的庇佑不止于此，施琅军队驻扎的八罩岛和虎井屿，原本淡水资源匮乏，但是施琅每每在潮退时掘井，不过一尺多就有甘甜的淡水涌出，保障了军队的补给。而当施琅大军进驻台湾后，那里的水源就瞬间消失了。
在攻克澎湖之前，有官员梦到妈祖显圣，告诉他：“你们二十一日必得澎湖，七月就可以平定台湾。”原来，康熙帝重用施琅，平定台湾，不仅是英明的决策，也是受到神明庇佑的正义之战。
当平定台湾的捷报传到京城后，康熙帝大喜，论功行赏时授施琅为靖海将军，封靖海侯，世代罔替；其部下在一般赏赐的基础上，将领加封一级，兵丁再赏一次，表示对海战大捷的特殊奖赏。
接下来便是对台湾的政策问题。朝臣对台湾的态度分为两派，一派认为台湾孤悬海外，易生盗贼，应将当地百姓迁出，放弃对它的统治。施琅则表示要坚守台湾，于康熙二十三年（1685年）年底呈上《恭陈台湾弃留疏》，力陈台湾重要的战略地位和放弃后可能产生的恶果。
施琅认为，台湾港道迂回，地势险要，又具有“舟帆四达”的特殊优势，是闽粤江浙四省的门户和屏障。而且当地人口稠密，土地肥沃，物产丰盛，非常富饶繁荣。从世界格局来看，台湾弃守必为野心勃勃的荷兰人所占领，不利于清朝海疆的安定。
康熙帝深以为然，于是召集群臣，商议在台湾建制的事宜。在郑氏经营的基础上，康熙帝在台湾设置了一府三县，即台湾府、凤山县、诸罗县及台湾县，澎湖岛设置巡检司。至此，台湾被纳入清朝版图，再次彰显了康熙帝的知人善用与高瞻远瞩的大智慧。