学习小组Day 3笔记--杨柳松

学习安装miniconda（引自生信星球）

1. 检查软件是否存在：由putty进入Linux后输入bzip2，显示无此命令，软件不存在，需要安装。
2. 安装bzip2：yum install -y bzip2，显示complete后完成安装
3. 下载miniconda：搜索“miniconda”，第一个链接下载与服务器对应的Python，找到其链接https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，复制，在自己服务器建立文件夹biosoft（mkdir biosoft），进入biosoft（cd biosoft），使用wget命令跟上链接，开始下载。
   sh文件相当于安装包
4. 使用bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh命令进行安装。
5. 使用source ~/.bashrc命令激活conda
6. 添加镜像，命令如下：

# conda config --remove-key channels
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

学习使用conda（引自生信星球）

1. 使用conda list命令查看当前软件列表
2. 搜索软件：使用命令conda search加软件名称，如conda search fastqc
3. 安装软件：conda install 软件名称 -y，如conda install fastqc -y,不加-y也可以，但安装过程中要手动点yes和回车等命令进行确认
   若需指定版本号，则在软件名称后加=版本号
4. 卸载软件：conda remove 软件名称 -y

学习建立conda环境（引自生信星球）

1. 查看当前环境：conda info --envs
   显示为*，表示默认
2. 建立新环境：conda create -n 环境名称 python=版本号 软件名1 软件名2 软件名n -y，如conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y表示建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
3. 激活新环境：conda activate 环境名称，如conda activate rna-seq
4. 卸载环境中的软件：conda remove -n 环境名称 软件名称 -y，如：
   conda remove -n rna-seq fastqc -y
   退出当前环境：conda deactivate
   卸载某个环境：conda remove -n 环境名 --all

Linux软件安装