王胖的生信笔记:有手就行的R Studio

王胖的生信笔记:有手就行的R Studio

上一期 给大家“科普”了如何一次性从0学到敲代码的60%。今次给大家展示一下如何有手就行上手R。

相信大家应该已经学习过了如何安装R,以及R Studio。如果还没装成功的话,可以试着跟着这两个教程完成一下。

好了,回归今天的正题:有手如何用R。

为什么我们要用R

当然编程的语言多种多样,用R只是浩瀚劳动工具海中的之一选择。

image

个人上手R的原因非常随机,是因为当初出于好奇选了一门《生物信息与统计》。

现在给大家推荐用R,当然不是因为有人给我打钱。而是因为确实有其好处。

•免费

可以正大光明的白p,不用使用SxS,SPxx的海盗版。

•雷锋多

基本上想得到的功能,都有相当高的概率有雷锋写工具包供你使用。

•上手快

从小白到入门,对着网上各种教程ctrl+c & ctrl+v两天就行。

打开你的R Studio

为啥要用R studio,是因为单纯用R比较抽象。需要有一个工具,把对R的使用变成有手就行。

官方一点的说法就是R Studio是R的编辑器

相信打开你的R Studio这一步不会太难(希望如此)

pic1

此时你的眼前应该是有四个最明显的部分(如果没有,可以点选四个部分右上角的两个小按钮)

左上角是脚本区

讲人话来说就是可以写代码并且可以保存的区域

左下角是控制台区

讲人话来说就是可以同时看代码运行情况的区域

右上角是环境区

讲人话来说就是看运行历史+自己写在环境里可以用的变量

右下角是交互区

讲人话来说就是可以看自己代码搞出来的图

以上名字都是我瞎起的,大概大家能明白就好。(比如交互区还有很多其他功能)

简单上手R里的代码

以下代码都可以随意ctrl+c & ctrl+v

install.packages("data.table") #用来读取数据的工具包
install.packages("tidyverse") #用来整理数据的工具包
library(tidyverse)
library(data.table)

先配置一下运行环境(默认大家刚装上R,没有安装过工具包的。安装按照网络情况,需要一定时间。安装过的前两行可以跳过。这两个包这次可能不会用到,但之后肯定会说到其使用。)

小贴士一行一行运行是把光标放在该行任意位置按下ctrl+enter (Mac是command+enter)

先载入系统自带数据集

data(mtcars)

再观察一下长啥样

View(mtcars)

pic2

左上角脚本区可以看到这个数据是关于车子的。行名是各种车型,列名是改种车型的各种参数,右上角环境区可以看到对于mtcars的描述是32个objects,11个variables。统计学来说就是32个对象,11个变量。

再来简单做个统计

summary(mtcars$mpg)

pic3

左下角控制台区可以看到之前载入工具包和刚刚做的统计的输出结果

最后搞个简单的可视化图

boxplot(mpg ~ cyl, data=mtcars)

pic4

可以看到右下角交互区出现了做出来的图。

在这里就给大家有兴趣的大家留一个小作业,看看大家能否做到举一反三。

如何做出这样有这种奇葩配色的箱线图:

pic5

我们今天就通过这么简单的几行代码生动的领会了R Studio的基本知识。相信大家对于R Studio的使用有了一个入门了解,也确实是有手就行。

下一次大家对什么感兴趣呢?欢迎大家留言。

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