战后，双方瓜分胜利成果，刘备以左将军领荆州牧，周瑜将南郡长江以南地区分给刘备。
刘备把军营设在与江陵隔江相望的油口（今湖北公安县东北），并改名为公安。
获得南郡后，南郡诸郡山谷蛮夷都归附刘备。
刘备以杜普为临沮（今湖北远安县）县长，以梁大为旌阳（今湖北枝江县北）县长。
孙权任命周瑜兼任南郡太守，屯驻江陵，并把下隽、汉昌、州陵三个县作为他的奉邑。
又命程普兼任江夏太守，设郡府在沙羡（治今湖北武汉市江夏区西金口），吕范兼任彭泽（今江西湖口县东南三十里江桥乡柳德昭村附近）太守，吕蒙兼任寻阳（今湖北黄梅县西南）县令。
刘备向朝廷上表，推荐孙权代理车骑将军，兼任徐州牧。
正在这时，刘琦去世，刘表原来的部属大多归附了刘备。
刘备到京口（今江苏镇江市）拜见孙权，以自己地盘太小，要养活的人太多为由，请求都督荆州。
周瑜闻讯，上奏说：“刘备以枭雄的姿态，且有关羽、张飞熊虎般的猛将，他一定不会长久屈身于他人之下。依我愚见，最好是把刘备迁置到吴郡，为他修建最豪华的宫室，多给他一些美女及他喜欢的东西，让他沉迷享受，玩物丧志，再把关羽、张飞二人分开，各安置在不同的地方，派遣像我这样的人去挟制他们，让他们与我们一道作战。这样一来，大事可成。如今割让土地资助他，如此迁就，让这三个人聚在一起，而且都安放在边境，恐怕是蛟龙得到云雨，终非池中之物啊。”
他极力主张软禁刘备，将关羽、张飞分开，便于控制，慢慢地把三人纳入孙权麾下。
吕范等人也劝孙权乘机扣下刘备。
孙权担心制服不了刘备，而且曹操在北方虎视眈眈，正是广揽英雄豪杰之际，害怕如此一来，自己名声受损，天下人才不会再为自己效力，犹豫之下，没有采纳周瑜的建议。
他也没有马上答复刘备，而是让他回去等候消息。
刘备回到公安，过了很久才听到这些内幕，叹息说：“天下的智谋之士，看法都差不多。当时诸葛亮劝我不要去，也是担心发生这样的事情。我正在危急中，不得不去，这实在是走险路，差点就栽在周瑜的手中啊。”
周瑜赶往京口，拜见孙权，说：“现在曹操刚受挫折，正担心自己内部发生变乱，暂时不会与你对阵作战。请允许我同奋威将军孙瑜一起进军攻取蜀地，得蜀后再吞并张鲁，然后留孙瑜在那里固守，以便与马超结援呼应，我再回来与你一起占据襄阳，进击曹操，这样攻取北方就有希望了。”
孙权同意了。
周瑜返回江陵备战，走到巴丘（今湖南岳阳市）时，突发疾病去世，年仅三十六岁。
孙权得到消息后，十分悲痛，大哭着说：“周瑜有辅佐帝王的才能，现在忽然短命而死，我依靠谁呢？”身着素服举行哀悼，感动所有部下。
当周瑜灵柩运还吴郡时，孙权又往芜湖迎接，举办丧事的所有费用、物资等全部供用不缺。
后来，他又颁布谕令：“已故将军周瑜、程普，他们家的田客，都不要求他们纳税服役。”
程普自以为年龄比周瑜大，多次凌辱周瑜，周瑜却降低自己的身份来对待程普，始终不与他计较。
程普终于佩服周瑜，对周瑜亲近敬重，还告诉别人说：“与周公瑾交往，好象喝下醇厚的美酒，不知不觉就已沉醉。”
周瑜有两子一女。女儿许配后来的太子孙登，大儿子周循娶后来的长公主孙鲁班（孙权与步夫人之女）为妻，被任命为骑都尉，有周瑜的气质风度，被孙权厚爱，可惜年轻时就去世了。
周瑜的小儿子周胤，初任兴业都尉，娶孙权宗室女儿为妻，领亲兵一千，驻守公安。
黄龙元年(229年)，周胤被封为都乡侯，后来因犯罪而迁徙庐陵郡。
赤乌二年(239年)，诸葛瑾、步骘联名上疏为周胤求情，说：“已故将军周瑜之子周胤，过去受到主上夸赞表扬，被封为将军。他在享受优厚待遇时，没有考虑如何立功报效朝廷，以至于放纵自己各种贪欲，招来罪罚。为臣们内心思虑，过去周瑜深受陛下宠信，在朝时是心腹重臣，出战时是得力良将，受命出军作战，总是亲临前线阵地，忠心耿耿，视死如归。故此能在乌林击败曹操，在郢都撵跑曹仁，显扬国家的威力和陛下的仁德，声震华夏，愚昧的荆蛮也无不归服。即使是周代的方叔，汉朝的韩信、英布，实在也不能超过他。那些能够打败敌人拯救国家的大臣，自古以来的帝王没有不敬重他们的，故此汉高祖的封爵誓词有言：‘纵使黄河细如衣带，泰山小如条石，封国制度也会长存，永传子孙后代。’并用丹砂书写誓词，举行隆重盟誓仪式，将誓词藏于祖庙，让它永远留存，要使功臣之后，世世代代相继，不仅其子其孙，而且传至久远的后人，报答和表彰臣下的功德，勤恳真诚，以至极点，其意在于以此劝戒后人，使那些为国建功献身的臣子死而无悔。况且周瑜去世不久，而他的儿子周胤被降为平民百姓，这就更加令人心伤。我们认为陛下处事英明，善于以古为鉴，能使消绝的封爵重新兴继，因此才为周胤求情，请求赦免他的罪过，归还他的兵卒，恢复他的爵位，使久未鸣叫的公鸡重新打鸣，使身负重罪的臣子重新得到报效立功的机会。”
孙权回答说：“我的心腹旧臣，与我协力共事，公瑾是其中之一，我对他确实忘不了。过去周胤年少，开初并无功劳，我却让他平白无故地掌有一支军队，封赏爵位任为将领，就是追念公瑾的功绩而恩赐他的后代。而周胤却倚仗这些，沉湎于酒色，为所欲为，前后数次警告劝喻他，而他依然故我。我与公瑾的友谊，与同你们二位一样，期望周胤有所作为的心意，岂有尽头之处？鉴于周胤罪恶过重，不宜于立刻还他官爵，而且还应让他受些苦难，使他自知痛改。如今你们二位诚恳地援引汉高祖的封爵誓词，令孤感到惭愧。虽然我德行不可与汉高祖并论，但还是想争取向他看齐，此事就是这样，故此未能采取你们的建议。作为公瑾的儿子，加上你们二位从中说情，如能改过的话，还有什么不好办的呢？”
诸葛瑾、步骘的奏疏刚呈上去，朱然和全琮也上奏替周胤说情。
孙权感念周瑜，最终同意了他们的请求。
可惜诏书还未发出，周胤就病死了。
周瑜的侄儿周峻，也因为周瑜的元勋之功而被任为偏将军，领兵一千人。
周峻死后，全琮上奏请求任命周峻的儿子周护为将军。
孙权说：“过去赶走曹操，夺得荆州，都是公瑾的功劳，我永远不会忘记。开初听说周峻去世，也曾想起用周护，但听说周护的秉性行为极坏，用他作官等于在制造祸乱，故此我打消了这个念头。孤人怀念公瑾，岂有止境吗？”