RAxML最新的帮助手册下载网址：
https://cme.h-its.org/exelixis/resource/download/NewManual.pdf?msclkid=5839f37ecd3311ecb803b0da71760484
教程网站：
https://cme.h-its.org/exelixis/web/software/raxml/hands_on.html
写在前面：我对建树也是一知半解，这里只是想记录一下自己跟别人学习的建树方法，可能不具有普适性。但毕竟写在公众平台，大家选择性参考。
主要的步骤包括用jModelTest来选择核苷酸替代模型，用phylosuite进行.nex文件的准备，用在线建树网站CIPRES（http://www.phylo.org/）进行贝叶斯方法建树。
1 jModelTest来选择核苷酸替代模型
这一步具体怎么做参考我写过的这篇文章：https://www.jianshu.com/p/e5cfad89a1a4
2 文件的准备
在这里我用自己的已经进行过多重比对（跑过mafft）的序列文件（.fasta）开始进行建树。
用Phylosuite准备用于贝叶斯法建树的.nex文件。
这里简单的说一下，贝叶斯法建树要选择特定的模型来建树，首先一般会用jModeltest等软件选出最合适的模型和各项参数。然后把要用的模型、参数信息和序列汇总在一起，生成一个.nex文件，提交到在线建树网站CIPRES。
phylosuite是一个流程化的建树软件，从序列的下载到建树，整套流程都能在上面实现，具体的下载、安装和使用，可以去官网看介绍：http://phylosuite.jushengwu.com/
打开phylosuite，点击上方工具栏File-Import files or IDs，出现如下的对话框，Choose Files，选择要导入的fasta文件。
导入后，点击工具栏Phylogeny-ModelFinder，出现如下的对话框：
基本的设定填一下，就可以按Start了。
跑完后，会弹出一个对话框，关掉就可以了。
点击上方工具栏Phylogeny-MrBayes，会出现下面的对话框：
点击Show MrBaves Data Block，出现下面的对话框，
点击Save to File,保存在你指定的位置，这就是我们需要的.nex文件。
然后，我们需要用记事本或其他文本编辑软件打开该.nex文件，根绝jModelTest得到的结果进行修改。
.nex文件的内容主要分为三部分：
第一部分:
#NEXUS
BEGIN DATA;
dimensions ntax=86 nchar=12275;
format missing=?
datatype=DNA gap= - interleave;
这里的dimensions ntax是分类单元的数量，就是一共对比了多少条序列；nchar是比对矩阵的总长度。
这一部分不需要进行改动。
第二部分：
这一部分就是比对矩阵的信息，也不需要修改。
第三部分：
在用Phylosuite直接导出的.nex文件中，第三部分是这样的：
END;
begin mrbayes;
log start filename = log.txt;
lset nst=6 rates=invgamma Ngammacat=4;
prset statefreqpr = fixed(empirical);
mcmcp ngen=2000000 printfreq=1000 samplefreq=100 nchains=4 nruns=2 savebrlens=yes checkpoint=yes checkfreq=5000;
mcmc;
sumt conformat=Simple contype=Halfcompat relburnin=yes burninfrac=0.25;
sump relburnin=yes burninfrac=0.25;
end;
这里我们要根据jModelTest的结果进行修改的部分是：
lset nst=6 rates=invgamma Ngammacat=4;
prset statefreqpr = fixed(empirical);
jModelTest根据 BIC标准得到的进化模型信息为：
这里计算出的模型是TPM2uf+I+G。
第一行中，lset nst 定义位点替换的模型（实际可以理解为 AC、AT、AG、GC、GT、TC 每对碱基的替换），用不同数字代替不同模型：1 代表所有替换率相同（如模型 JC69 或 F81）； 2 代表转换和颠换可以有不同的替换率（如模型 K80 或 HKY85）； 6 代表所有替换率都不同（如模型 GTR）。
常见的模型对应的nst如下：
Jukes-Cantor (JC, nst=1): equal base frequencies, all substitutions equally likely (PAUP* rate classification: aaaaaa, PAML: aaaaaa) (Jukes and Cantor 1969)
Felsenstein 1981 (F81, nst=1): variable base frequencies, all substitutions equally likely (PAUP*: aaaaaa, PAML: aaaaaa) (Felsenstein 1981)
Kimura 2-parameter (K80, nst=2): equal base frequencies, one transition rate and one transversion rate (PAUP*: abaaba, PAML: abbbba) (Kimura 1980)
Hasegawa-Kishino-Yano (HKY, nst=2): variable base frequencies, one transition rate and one transversion rate (PAUP*: abaaba, PAML: abbbba) (Hasegawa et. al. 1985)
Tamura-Nei (TrN): variable base frequencies, equal transversion rates, variable transition rates (PAUP*: abaaea, PAML: abbbbf) (Tamura Nei 1993)
Kimura 3-parameter (K3P): variable base frequencies, equal transition rates, two transversion rates (PAUP*: abccba, PAML: abccba) (Kimura 1981)
transition model (TIM): variable base frequencies, variable transition rates, two transversion rates (PAUP*: abccea, PAML: abccbe)
transversion model (TVM): variable base frequencies, variable transversion rates, transition rates equal (PAUP*: abcdbe, PAML: abcdea)
symmetrical model (SYM): equal base frequencies, symmetrical substitution matrix (A to T = T to A) (PAUP*: abcdef, PAML: abcdef) (Zharkikh 1994)
general time reversible (GTR, nst=6): variable base frequencies, symmetrical substitution matrix (PAUP*: abcdef, PAML: abcdef) (e.g., Lanave et al. 1984, Tavare 1986, Rodriguez et. al. 1990)
注：K81uf+G = TPM1uf
TrNef is actually SYM
The TIM1, TIM2, TIM3, TPM1uf, TPM2uf, TPM3uf and TrN substitution models were replaced by the GTR model(nst=6)
rates 定义位点之间的替换率，有以下几种选择：
equal：位点的替换率无差异
gamma：位点的替换率呈 gamma 分布，对应+G
adgamma：位点的替换率自相关，边缘位点替换率呈 gamma 分布，相邻位点有相关的替换率
propinv：一定比例位点的替换率是恒定的，对应+I
invgamma：一定比例位点的替换率是恒定的，剩下位点的替换率呈 gamma 分布，对应+I+G。
我们这里的TPM2uf可以用GTR来替代，也就是lset nst=6；I+G就是invagamma，也就是rates=invgamma。
第二行中的 prset statefreqpr = fixed(empirical)用的是经验值，我们要根据jModelTest的结果进行修改：
首先：prset statefreqpr = fixed(0.3928,0.0901,0.0754,0.4416)
括号内的四个数值就是freqA、freqC、freqG和freqT。
其次，shapepr 为shape parameter of gamma distribution of rate variation ，即gamma值，修改为shapepr = fixed(1.1630)，括号内的为gamma值；
pinvar为p-inv的值，即 pinvar = fixed(0.3690)
最后：revmat = fixed(0.7601,8.4971,0.7601,1.0000,8.4971,1.0000)，括号内为R(a)、R(b)、R(c)、R(d)、R(e)和R(f)值。
因此，我们根据jModelTest结果修改后的是：
lset nst=6 rates=invgamma Ngammacat=4;
prset statefreqpr = fixed(0.3928,0.0901,0.0754,0.4416) pinvar = fixed(0.3690) shapepr = fixed(1.1630) revmat = fixed(0.7601,8.4971,0.7601,1.0000,8.4971,1.0000);
3 在线网站建树
我们要将.nex文件上传到在线建树网站CIPRES（http://www.phylo.org/）上用Mrbayes建树。
关于具体的一些操作在之前说最大似然法建树时提到过，大家可以参考一下：https://www.jianshu.com/p/cdd3b3adc16f，也可以自己试一下。
在Select Tool选择如下：
在Set Parameters，要设定的参数如下：
注意：要勾选My Data Contains a MrBayes Data Block,就是说我们的.nex文件里已经包括了很多参数信息。不需要另外设定了。Maximum Hours to Run那里的数值是根据自己的账号还有的时间设定的，因为这个网站的规定是每个账号每年有限额的跑数据时间，这个数值要在你剩余的时间范围内。
别的参数默认即可（或者说我默认了）。
跑完之后，在结果里，要下载的树文件如下图：
Download之后，用Figtree等软件打开，就可以看结果了。
4 linux系统中MrBayes建树
在linu新系统中用Mrbayes建树也很简单
在安装了miniconda的前提下，用conda安装MrBayes：
conda install -c bioconda mrbayes
然后一行命令就可以：
mpirun -np 8 mb /lustre/home/liurong/test11/81matk.nex
mpirun -np ：核心数目
mb ：.nex文件的绝对路径