进化树构建与节点名批量修改

今天介绍的小工具是Multi-omics Hammer的ptree_rename功能，主要用于批量修改进化树节点的名称。

提到进化树，必然需要提到如何构建进化树，因此本文将从进化树构建开始介绍。

一、构建进化树

创建包含氨基酸序列的fa文件，然后选择MEGA的Open A File/Session选项，打开选择文件对话框（图1）。

图1

选择自己的文件，会弹出

MX: Alignment Exploer窗口，显示如下（图2）

图2

接下来，选择Align by Clustalw选项（图3），会弹出图4的对话框，根据自己的需求进行设置，设置好后选择‘OK’进行多重比对，接下会生成比对结果Data-Save Session，按图5步骤保存为meg格式的文件

图3

图4

图5

选择PHYLOGENY选项的Constuct/Test Maximun Likelihood Tree选项（图6），其中Test ofPhylogeny选择Bootstrap method选项（图7），其中No.of Bootstrape Replications选项选择默认的2000即可，其他为默认选项，点击OK，即在TreeExplorer显示生成的树结果（图8）。

图6

图7

图8

点击该窗口的File-Export Current Tree(Newick)即可将生成的树文件保存（图9），生成后缀名为nwk的文件。

图9

在本图中可以发现以LITCH开头的节点名称，是文章中需要修改的。当然，如果只有一个那么直接在nwk文件中选择即可修改，但是有几十个的时候该如何高效正确的修改呢？当然，首推的就是本软件的ptree_rename功能（批量修改树文件）啦。具体操作步骤如下：

如本图10所示，T4_1_3.nwk即为生成的树文件。本文共需要48个节点的名称，即将LITCHI开头的文件全部转换为LcWRKY开头。那么，首先选择“Daily work-Genome_relate”选项弹出对话框，选择其中ptree_rename选项。将你需要修改的树节点以单列的形式列出，其后第二列为修改的名称（图10的“5”），注意，每行需要一一对应。接下来，将T4_1_3.nwk（图10的“1”）拖入匹配文件文本框，将包含修改名称的文件（图10的“2”）拖入检索文件文本框，接下，将结果文件（图10的3）拖入输出文件文本框，is save复选框（图10的“4”）勾选上即可。点击process。接下来，就会输出修改后的nwk文件，再将该文件导入到MEGA中即可进行进化树绘制。

图10

注意：本软件的结果预览部分还会显示该节点是够被修改，如图11所示，如果为T则是修改，如果是F则表明原始nwk文件中不包含该节点。

图11

将修改后的nwk文件导入的R脚本中即可生成精美的进化树图片如

图11

二 惯例小结

恭喜读者，到了这里，我们共同学习了如何使用Multi-omics Hammer和mega绘制进化树了。事实上，就如同开篇所提到的那样，进化树的分析远远不仅如此，他还可以有许多深层次的信息值得继续挖掘。因此，读者可以在共表达网络分析的基础上结合进行更深层次的挖掘，实现文章在质上的飞跃。也希望各位读者天天有大paper。

最后，进一步推广一下我开发的相关软件，Multi-omics Hammer软件和Multi-omics Visual软件，具体地址的话可以去github上搜索，欢迎大家多多使用，多提宝贵建议。搜索V信，公众，号：生信小院，其中分享了更多了与生信学习的相关信息，欢迎大家阅读。