MultiQC软件安装运行过程

（本文因MultiQC安装时出现的很多问题尚未解决，仅供参考，后期如果解决还会更新）

MultiQC简介：

fastqc是一款基于java的软件，能够对测序数据的质量进行评估。一个样本生成一个报告，当样本量过多时，逐一查看样本质量就稍显不方便，multiqc是一个基于Python的模块, 用于整合其它软件的报告的软件，能将fastqc生成的多个报告整合成一个报告的软件，这样能方便的查看所有测序数据的质量。

MultiQC的安装

因之前已经安装过conda，所以使用conda安装

conda install -c bioconda multiqc

出现了错误

image.png

再尝试一下更新conda后，再次安装

conda update -n base conda
conda update --all
conda install -c bioconda multiqc

还是失败了。。。
查了很多资料，没能解决，只能换一种安装方式

pip安装，首先要安装pip

pip install --upgrade pip
pip install multiqc

![63BXB9(_W}{_SO3(@Y5NF3.png](https://upload-images.jianshu.io/upload_images/19791135-8ad6765aa0f6de72.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240) pip安装成功了，但multiqc安装又出现了问题。。。 ![WG%GXXID]1DCQUG323UO0B.png](https://upload-images.jianshu.io/upload_images/19791135-bfbbba1d179b9e3a.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)
我在网上查了一下好像是权限的问题，于是我进入root用户，重新安装pip，再安装multiqc试一下。

su root
apt install python-pip
pip install multiqc

发现还是同样的问题。。。
我还尝试了https://blog.csdn.net/qq_41204464/article/details/89433747
这篇文章中说的，更改权限

cd /usr/lib/python2.7/dist-packages/pip
vi  __main__.py
#将最后一行的sys.exit(pip._main())改成sys.exit(pip.__main__._main())

再次尝试还是出错了。。
重启后，再次尝试一下，结果出现了不一样的错误

241_)@HW8JB10C7LR19J44Q.png

实在没有办法了

在MultiQC官网上找到了另外的一个方法

git clone https://github.com/ewels/MultiQC.git
python setup.py install
multiqc .

还是出错了。。。

运行MultiQC

先cd到含有目标文件的位置，然后运行

multiqc
fastqc test_7942raw_1.fq.gz test_7942raw_2.fq.gz
multiqc test_7942raw_1_fastqc.zip test_7942raw_2_fastqc.zip

最后将得到的multiqc_report.html 下载到本地，用浏览器查看

参考资料：

https://www.jianshu.com/p/85da4dcc6020
https://www.jianshu.com/p/f83626fd1fa1