复现Cell图表:pyscenic分析之转录因子二项值热图

接上一节视频教程的分析结果(pyscenic分析:视频教程)。今天我们复现一篇cell子刊的图表,这篇文章有一副关于转录因子的图表,观察这个图有什么特点呢?第一是热图是二项值热图,只有0,1两个值,我们知道,在R语言版本的SCENIC分析中,最后可以得到二项值热图,那么pyscenic的分析结果中也是可以进行二项值分析并做热图的。第二是热图左侧注释有auc值的注释,热图是按照分组split的,而且两组的celltype分布是对称的。第三则是左侧行名的展示。本贴详细注释代码及示例数据已提前发布在微信VIP群,可自行下载!购买代码小伙伴留下邮箱给您发送!

(Single-cell RNA-seq unravels alterations of the human spermatogonial stem cell compartment in patients with impaired spermatogenesis)

我们的复现结果如下,因为数据是随意挑选的,所以结果看上去没有原图那么明显,但是所有的元素我们都完成了。

复现Cell图表:pyscenic分析之转录因子二项值热图_第1张图片

学习这个帖子,我们可以学习到:

1、单细胞seurat转python对象,并进行python数据处理

2、pyscenic分析结果分析得到TF二项值

3、复杂热图的制作以及行列注释,这里我们提供了两种方法

4、文字注释以及与heatmap的结合

5、一些基本数据操作处理的学习

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