pyscenic

PySCENIC（一）：python版单细胞转录组转录因子分析

pySCENIC则很好的解决了这个问题，分析速度很快。官方教程参考：https://pyscenic.readthedocs.io/en/latest/一、软件安装老样子，还是先说一下安
TS的美梦·2024-02-14 06:47

pyscenic生成auc.loom文件却缺失regulon信息

pyscenic在通过loom文件读入单细胞数据运行，最后会生成所有的文件，包括最后一步AUCell的结果，但是实际提取时会发现regulon信息的缺失，Theattribute'Regulons'isnotavailableinthisloomfile.Theloomdoesn'tcontainreguloninformation
纷纷不可诉·2024-01-15 17:59

pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（三）

参考生信技能树：pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化、pyscenic的转录因子分析结果展示之各个单细胞亚群特异性激活转录因子上一篇见：pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（一）pySCENIC
小熊_wh·2024-01-05 07:17

PySCENIC（三）：pyscenic单细胞转录因子分析可视化

setwd("/home/shpc_100828/Pyscenic/")#加载分析包library(SCopeLoomR)library(AUCell)library(SCENIC)#可视化相关包，多加载点没毛病
KS科研分享与服务·2023-12-17 00:23

pyscenic的结果不可重复

一、pyscenic的结果不可重复最近在运行pyscenic的结果的时候发现了两次相同参数相同数据的结果存在不一致，回溯发现scenic的第一步GRN的结果已经出现了差异，转录因子和目标基因之间的importance
纷纷不可诉·2023-10-23 15:50

复现Cell图表：pyscenic分析之转录因子二项值热图

接上一节视频教程的分析结果(pyscenic分析：视频教程)。今天我们复现一篇cell子刊的图表，这篇文章有一副关于转录因子的图表，观察这个图有什么特点呢？
TS的美梦·2023-08-11 11:40

pyscenic分析：视频教程

我们之前更新过pyscenic的教程：pySCENIC单细胞转录因子分析更新：数据库、软件更新。
TS的美梦·2023-08-11 11:09

pySCENIC单细胞转录因子分析更新：数据库、软件更新

***pySCENIC全部往期精彩系列：1、PySCENIC（一）：python版单细胞转录组转录因子分析2、PySCENIC（二）：pyscenic单细胞转录组转录因子分析3、PySCENIC（三）：
TS的美梦·2023-06-17 20:24

pySCENIC单细胞转录因子分析更新(2)：python版分析及可视化

****pySCENIC全部往期精彩系列：1、PySCENIC（一）：python版单细胞转录组转录因子分析2、PySCENIC（二）：pyscenic单细胞转录组转录因子分析3、PySCENIC（三）
TS的美梦·2023-06-15 20:14

scRNA-Seq | pySCENIC

组织内细胞异质性的基础是细胞转录状态的差异，转录状态的特异性又是由转录因子主导的基因调控网络（GRNs）决定并维持稳定的。因此分析单细胞的GRNs有助于深入挖掘细胞异质性背后的生物学意义，并为疾病的诊断、治疗以及发育分化的研究提供有价值的线索。然而单细胞转录组数据具有背景噪音高、基因检出率低和表达矩阵稀疏性的特点，给传统统计学和生物信息学方法推断高质量的GRNs带来了挑战。Single-cellr
iBioinformatics·2023-04-11 09:26

SCENIC/pySCENIC结果可视化 2022-11-08

本篇可视化主要分成三个部分：1、常规热图2、基于Seurat对象作图3、网络图4、plotRSS气泡图SCENIC/pySCENIC结果具体展示什么呢？
黄甫一·2023-04-04 16:05

基于 python 的单细胞转录因子分析

基于python的单细胞转录因子分析pyscenic文章目录基于python的单细胞转录因子分析前言Main前言流程极为简单，几乎没有任何难度MainInstallpyscenic！
TTS56·2023-01-28 10:26

SCENIC/pySCENIC分析补充+小鼠数据示例2022-12-14

适用背景之前写了两篇博客（四步完成单细胞数据调控网络流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06和SCENIC/pySCENIC结果可视化2022-11-08）介绍SCENIC/pySCENIC
黄甫一·2022-12-16 15:20

四步完成单细胞数据调控网络流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06

适用背景单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一，本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程，具体原理和内容不展开，主要展示代码复现流程。
黄甫一·2022-12-14 23:16

PySCENIC（三）：pyscenic单细胞转录因子分析可视化

setwd("/home/shpc_100828/Pyscenic/")#加载分析包library(SCopeLoomR)library(AUCell)library(SCENIC)#可视化相关包，多加载点没毛病
TS的美梦·2022-11-26 13:21

pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（一）

参考生信技能树：pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化、pyscenic的转录因子分析结果展示之各个单细胞亚群特异性激活转录因子本教程复现系列：pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（二
小熊_wh·2022-10-31 14:26

pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（二）

参考生信技能树：pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化、pyscenic的转录因子分析结果展示之各个单细胞亚群特异性激活转录因子上一篇见：pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（一）下一篇见
小熊_wh·2022-05-01 10:33

10X单细胞（10X空间转录组）之基因网络推断方法之间的优劣势

大家应该经常用SCENIC或者pySCENIC推断单细胞数据的基因网络吧，但是大家知道网络推断方法之间的算法和优劣势么，这一篇我们来分享一下推断基因网络调控的多方法比较，参考文章在IdentifyingstrengthsandweaknessesofmethodsforcomputationalnetworkinferencefromsinglecellRNA-seqdata
单细胞空间交响乐·2021-12-20 17:29

pySCENIC

pySCENICisalightning-fastpythonimplementationoftheSCENICpipeline(Single-CellrEgulatoryNetworkInferenceandClustering)whichenablesbiologiststoinfertranscriptionfactors,generegulatorynetworksandcelltypes
五谷吃不完了·2021-04-28 18:04
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