R语言实现Bootstrap验证

Bootstrap验证（Bootstrap Validation）：从原始数据中，有放回的抽取样本，抽取样本数量可以设定。根据抽取的样本检验训练模型的性能，可以不断重复Bootstrap验证得出平均的性能结果。

方法1：使用caret

#bootstrap
library(caret)
library(Ecdat)
data(Hedonic)
train.control <-trainControl(method = "boot",
                               number=1000,#1000次重抽样
                               classProbs=TRUE,
                               summaryFunction=twoClassSummary)
set.seed(123)
str(Hedonic)
Hedonic$chas
mod <- train(chas ~ mv + crim + zn + indus 
                 + age + nox + rm + tax + dis
                 + rad + ptratio + blacks + lstat, 
                 data=Hedonic, 
                 trControl=train.control, 
                 method="glm")

方法2：使用boot

library(boot)
library(pROC)
set.seed(123)
data<-data.frame(
  chas=rep(c(1,2),10),
  mv=rnorm(20),
  crim=rnorm(20,10,4),
  zn=rnorm(20,5,6),
  indus=rnorm(20,5,7)
)
glm_mo<-function(data,indices){
  dat<-data[indices,]
  vames<-c("mv","crim","zn","indus")
  FML <-as.formula(paste('chas~',paste(vames,collapse="+")))
  fit<-glm(FML,data=dat)
  pr1<-predict(fit,newdata=dat)
  suppressMessages(roc_obj<-roc(dat$chas,pr1))
  roc=roc_obj[["auc"]] %>% sub(".*:\\s*", "",.) %>% as.numeric %>% round(.,3)
  roc
}
results<- boot(data=data, statistic=glm_mo, 
               R=500)#R重抽样数目
results