单细胞多组学系列学习笔记汇总

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单细胞转录组数据分析

Seurat包学习笔记

Seurat包学习笔记（一）：Guided Clustering Tutorial

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Seurat包学习笔记（二）：Integration and Label Transfer

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Seurat包学习笔记（三）：Analysis of spatial datasets

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Seurat包学习笔记（四）：Using sctransform in Seurat

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Seurat包学习笔记（五）：Using Seurat with multi-modal data

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Seurat包学习笔记（六）：scATAC-seq + scRNA-seq integration

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Seurat包学习笔记（七）：Stimulated vs Control PBMCs

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Seurat包学习笔记（八）：Cell-Cycle Scoring and Regression

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Seurat包学习笔记（九）：Differential expression testing

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Seurat包学习笔记（十）：New data visualization methods in v3.0

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Seurat CheatSheet思维导图

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Seurat对象解读思维导图

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使用Shiny搭建基于Seurat包的单细胞数据可视化平台

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Scater包学习笔记

使用scater包进行单细胞测序分析（一）：数据导入与SCESet对象构建

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使用scater包进行单细胞测序分析（二）：数据质量控制

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使用scater包进行单细胞测序分析（三）：数据降维与可视化

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Monocle2包学习笔记

Monocle2包学习笔记（一）：Getting Started with Monocle

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Monocle2包学习笔记（二）：Classifying and Counting Cells

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Monocle2包学习笔记（三）：Constructing Single Cell Trajectories

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Monocle2包学习笔记（四）：Differential Expression Analysis

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Palantir包学习笔记

使用Palantir进行单细胞发育轨迹推断分析

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Phate包学习笔记

使用phate包进行单细胞高维数据的可视化

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使用phate包复现science immunology文章的结果

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单细胞表观组数据分析

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Fig. 1. Schematic overview of a typical single-cell ATAC sequencing analysis workflow.

CellRanger-ATAC学习笔记

使用cellranger-atac软件处理10x单细胞ATAC-seq测序数据（上）

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使用cellranger-atac软件处理10x单细胞ATAC-seq测序数据（下）

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Signac包学习笔记

使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq

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使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（二）：Motif analysis with Signac

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使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（三）：scATAC-seq data integration

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使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（四）：Merging objects

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SnapATAC包学习笔记

使用SnapATAC软件分析单细胞ATAC-seq数据（一）：SnapATAC简介与安装

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使用SnapATAC软件分析单细胞ATAC-seq数据（二）：10X Adult Mouse Brain

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使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（三）：Integrative scATAC-seq and scRNA-seq

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使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（四）：Integrative 10X and snATAC

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Cicero包学习笔记

使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（一）：Cicero introduction and installing

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使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（二）：Constructing cis-regulatory networks

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使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（三）：Single-cell accessibility trajectory

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单细胞类型注释分析

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SingleR包学习笔记

使用SingleR包进行单细胞类型注释分析

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Celaref包学习笔记

使用Celaref包进行单细胞类型注释分析（一）：Celaref Overview and Installation

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使用Celaref包进行单细胞类型注释分析（二）：Using the package

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使用Celaref包进行单细胞类型注释分析（三）：Example Analyses

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CHETAH包学习笔记

使用CHETAH包进行单细胞类型注释分析

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Garnett包学习笔记

使用Garnett包进行单细胞类型分类注释分析（一）：Train cell type classifiers

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使用Garnett包进行单细胞类型分类注释分析（二）：Classify your cells

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CellAssign包学习笔记

使用cellassign包进行单细胞类型注释分析（一）：Constructing marker genes

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使用cellassign包进行单细胞类型注释分析（二）：Assigning single-cells to cell types

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单细胞免疫组库数据分析

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使用scRepertoire包进行单细胞免疫组库数据分析

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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（一）：包的简介与安装

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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（二）：数据加载

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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（三）：处理单细胞配对链数据

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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（四）：Basic analysis and clonality

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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（五）：Repertoire overlap

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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（六）：Gene usage analysis

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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（七）：Diversity estimation

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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（八）：Track clonotypes across samples

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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（九）：Annotate clonotypes

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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（十）：Kmer and sequence motif analysis

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单细胞转录组数据分析实战

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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（一）：数据质控

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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（二）：数据降维可视化

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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（三）：多样本数据整合

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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（四）：细胞聚类分析

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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（五）：基因差异表达分析

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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（六）：细胞类型注释

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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（七）：空间转录组分析

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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（八）：拟时序细胞轨迹推断

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scCustomize包学习笔记

scCustomize：自定义可视化你的单细胞数据（一）

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scCustomize：自定义可视化你的单细胞数据（二）

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projectLSI包学习笔记

projectLSI：将你的单细胞或bulk转录组数据映射到参考数据集中

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simspec包学习笔记

simspec：基于细胞簇相似性整合单细胞数据

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思维导图

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