【临检杂谈】---遗传咨询常用数据库盘点（建议收藏）

单基因遗传病集中在单碱基位点分析的数据库

一、 频率数据库（目的：排除良性SNP位点）

dbSNP数据库

常用的频率数据库，dbSNP包含人类单核苷酸变异、微卫星、小片段插入和缺失、出版物、种群频率、分子检测结果、常见变异、临床突变的基因组RefSeq定位信息。

gnomAD数据库

目前最大的人群频率注释数据库，该数据库提供的数据集包括123,136个样本的全外显子组测序数据和15,496个样本的全基因组测序数据，这些数据来源于各种疾病研究项目及大型人群测序项目。数据库包含基因的基本信息（基因名称、包含的变异位点个数、其他数据库的链接等）；覆盖度信息（蓝色代表外显子测序的数据、绿色代表全基因组测序的数据）；变异位点的详细信息（变异位点的注释采用的是VEP软件，官方下载地址）

ExAC数据库

ExAC数据库的全称是（the Exome Aggregation Consortium，外显子组整合数据库）,是gnomAD数据库的第一个版本中，只包含了外显子测序的数据，该数据库旨在汇总和协调各种大规模测序项目的外显子组测序数据，并为科学界提供更广泛的摘要数据，所有数据均基于GRCh37 / hg19版本。

频率数据库还有ESP数据库、1000Genomes数据库。

二、 疾病数据库（目的：判断位点的致病性）

OMIM数据库

OMIM是人类基因和遗传表型的全面、权威的数据库，也称：人类孟德尔遗传在线数据库。包含疾病信息：包括疾病的发现、与疾病相关的基因、临床特征、遗传方式等详细描述；基因信息：包括基因定位、与基因相关的表型、基因功能、研究进展等详细描述。

HGMD数据库

HGMD是人类基因突变数据库，简单、快速确认实验得到的某种突变是否已被发现，是否是导致人类遗传疾病的原因，获得某个特定基因或疾病的致病突变谱，快速查询与人类遗传疾病相关的突变信息的文献。HGMDpro线下数据库含有突变标签：DM-致病突变；DM?-疑似致病突变，DP-疾病相关多态性突变，DFP-疾病相关多态性突变（功能研究支持），FP-功能多态性（体内/体外实验支持但疾病关系不明）；以及关联人群携带率，方便快速排除假阳性致病位点（高携带率）。分为免费公开版和专业收费版。

Clinvar数据库

Clinvar 是NCBI临床突变数据库，整合遗传变异、临床表型、支持证据以及功能注解与分析四方面的信息，采用星标系统来评价特定突变在疾病中的功能注释等级，记载文献中变异与疾病/表型之间的关系，且有文献溯源。

SwissVar数据库

Swiss汇总了与特定变体有关的所有信息，并包含：根据文献对每种特定变体的基因型-表型关系进行人工注释；预先计算的信息（例如保护评分和可用的结构特征列表），以帮助评估变体的效果。包括疾病信息、蛋白信息、结构或功能特征信息。

InterVar数据库

InterVar同样是位点致病性评判数据库，可以实现对ACMG 28条判读标准中的18条进行自动化评分，其余10条由于需要后续证据输入或者参数调整（例如Sanger测序验证结果或家系验证等）。

三、表型数据库（目的：便于表型标准化，用于数据分析）

GeneReviews数据库

GeneReviews是一个国际性的资源平台，通过期刊文章的形式，主要聚焦于单基因遗传病，提供遗传相关疾病的临床知识与操作指导，内容涉及疾病诊断、管理及针对患者的遗传咨询等方面。包括针对单一基因和表型叙述的章节（约95%）或是对常见疾病遗传学病因的概述章节（如阿尔兹海默症）（约5%），GeneReviews当前包括777个章节（截止2020年6月）。

中文版GeneReviews数据库

HPO数据库

人类表型本体论（HPO）提供了人类疾病中遇到的表型异常的标准化词汇表。 HPO中的每个术语都描述了一个表型异常，例如房间隔缺损。 目前正在使用医学文献Orphanet，DECIPHER和OMIM来开发HPO。 HPO当前包含13,000多个术语和156,000多种遗传性疾病注释。 HPO项目和其他项目已经开发了用于表型驱动的差异诊断，基因组诊断和转化研究的软件。

中文版-CHPO数据库

四、常用预测软件数据库（目的：预测位点的有害性，尤其错义突变或非经典剪切位点的有害性）

预测错义突变

Consurf

FATHMM

MutationAsses

PANTHER

PhD-SNP

SIFT

SNP&GO

Align GVGD

MAPP

MutationTaster

Mutpred

PolyPhen-2

PROVEAN

nsSNPAnalyzer

Condel

CADD

剪切位点预测

GeneSplicer

Human Splicing Finder

MaxEntScan

NetGene2

NNSplice

FSPLICE

核酸保守性预测

GERP

PhastCons

PhyloP

基因组拷贝数变异分析的数据库

一、 基因组良性变异数据库（目的：排除良性变异）

DGV数据库

收录了健康人群中序列长度大于50bp的结构变异，并进行良性变异注释。

二、 基因组拷贝数变异疾病数据库（目的：判断位点的致病性）

GlinGen数据库

ClinGen由国家人类基因组研究所于2013年成立，ClinGen是一个不断发展的合作项目，ClinGen是对基因组的基因和区域，以评估是否有证据支持这些基因/区域对剂量敏感。

DECIPHER数据库

DECIPHER数据库是临床遗传学和罕见病基因组学学术部门的国际团体，目前有250多个中心，并已上传了35,000多个案例。收集了关于拷贝数变异的已知综合征及病例信息，并可用于分析区段内的编码基因个数、单倍剂量不足的剂量敏感性基因分析、患者信息。DECIPHER通过从与患者中发现的变异有关的多种生物信息学资源中检索信息来增强临床诊断。

三、基因组浏览器

UCSC Genome Browser浏览器

2000年6月22日，UCSC和国际人类基因组计划联合会的其他成员完成了人类基因组组装的第一份工作草案，永远确保了公众对基因组及其信息的自由访问。2000年7月7日，新组装的基因组与图形查看工具UCSC Genome Browser的初始原型正式发布，用于查看，分析和下载数据的大量工具。

其他跟遗传相关的常用数据库

Pharmgkb数据库

Pharmgkb也称药物基因组学数据库，收集、归纳和发布有临床可诉性的基因-药物联系、基因型-表型关系相关的知识。

Gene数据库

Gene整合了来自广泛物种的信息，记录包括基因官名、参考序列（RefSeqs）、基因图谱、分子机制途径、基因相关变异、基因与关联表型、表型和基因座特异性资源的链接。

Orphadata数据库

Orphanet是罕见病和孤儿药物的国际参考知识库， Orphanet提供有关罕见病的免费信息，以帮助改善罕见病患者的诊断、护理、治疗方面的知识集合。