PyMOL小白自留教程1——PyMOL的安装

       PyMOL是一款非常实用的三维结构可视化软件。2019年底，我第一接触使用PyMOL。作为一个小白，虽然从安装到使用走了一些弯路，但这个软件是真的好用，功能很全且图片超棒。现在将自己在安装和使用过程中的方法和心得分期制作教程分享给大家，希望能对大家有些许帮助。过程我尽量写得详尽，如有错误也请不吝批评。

       另：1.安装笔记是2020年初写的，使用的就是自己安装时的过程截图，所以安装版本并不是现在最新版，但过程是相同的。2.本人电脑是win10系统，以下方法均基于windows系统。

一. Python 安装

       PyMOL软件是基于Python语言的软件。因此，在安装PyMOL前需要安装Python为其创建运行环境。

1. 下载。 

下载网址：https://www.python.org/downloads/windows/，选择相应版本安装包下载即可。本次安装版本为Python 3.9.2

2. 安装。 

双击下载文件，进入安装模式。选择“Install launcher for all users”和“Add Python 3.9 to PATH”两个选择框，并以Customize installation方式安装，随后安装选项均为默认，直至出现安装位置。

3. 安装位置。

新建文件夹作为根目录，如：D:\anacondapython27-64。（注：自定义文件夹名称，但一定记住文件夹的位置方便后续运行程序。）将Python安装在该目录中。

4. 验证Python安装情况

打开CMD命令提示符。不知道在哪里可以直接搜索。

在CMD中运行：D:\anacondapython27-64\python.exe -V

（安装时，将以上加粗部分替换成自己安装Python的根目录就可以了）

出现软件版本号，说明安装成功。

不用CMD，喜欢使用powershell运行也可以。

二. PyMOL的安装

通常安装PyMOL有两种方式，一是从官网下载安装；二是下载安装开源版。

1. 官网下载安装

官网网址：https://pymol.org/2/

官网安装的优点是方便快捷，但需要注册，并提供响应费用。也可以选择试用30天，试用期过后，渲染（Ray）图片时会出现水印，无法生成高质量图片。如果是短期使用，可以尝试。（在我不会装开源版的时候，下载使用过。很好安装）

进入官网，选择Download now

需要注意的是，Python与PyMOL的版本需要匹配。此处官网PyMOL给出的运行环境包括Python3.7。因此,如要安装官方版本，需要特别注意一下。

今天在官网查了一下，官方发布的最新版本为PyMOL2.5，Python3.7同样适用。

2. 开源版的下载与安装

1）下载whl文件包。

根据自己安装的Python版本（本文以Python3.9为例），进入Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages（https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/）下载与之版本匹配的PyMOL的4个whl文件包：

numpy+mkl安装包：numpy‑1.20.1+mkl‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl

Pymol软件包：pymol_launcher‑2.1‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl

pymol_launcher安装包：pymol‑2.5.0a0‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl 或pymol-2.4.0-cp39-cp39-win_amd64.whl

Pmw安装包：Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl

注：

网页中可供选择的安装包很多，因此需要大致了解这些安装包名称的含义，方便选择。例如：numpy‑1.20.1+mkl‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl代表该安装包匹配python3.9， win 64bit的python和系统。

2） 安装

打开CMD，输入以下指令，运行文件包

D:\anacondapython27-64\python.exe -m pip install D:/numpy-1.20.1+mkl-cp39-cp39-win_amd64.whl

D:\anacondapython27-64\python.exe -m pip install D:/pymol-2.5.0a0-cp39-cp39-win_amd64.whl

D:\anacondapython27-64\python.exe -m pip install D:/pymol-2.4.0-cp39-cp39-win_amd64.whl（与上一指令为不同版本，尝试后二者皆可，因此安装时二者选择一个安装即可）

D:\anacondapython27-64\python.exe -m pip install D:/pymol_launcher-2.1-cp39-cp39-win_amd64.whl

D:\anacondapython27-64\python.exe -m pip install D:/Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl

运行结果：

运行完毕后，在Python安装的文件夹下找到PyMOL.exe文件，双击即可打开PyMOL。

但需要注意的是，此时安装完成的PyMOL版本为PyMOL1的界面，即菜单栏窗口和显示窗口为独立分离的两个窗口。虽然也可以使用，但更多功能是在PyMOL2中实现，且与官方版本相同。

解决办法：

在CMD中运行指令：pip3 install PyQt5

运行成功后在此重启PyMOL，界面即为PyMOL2界面。

三. 其他安装方法（没有亲试，仅供参考）

1. https://pymolwiki.org/index.php/Windows_Install

按该教程安装即可。

2. 下载使用anaconda版本。

写在最后

本人非材料专业，文章也是基于兴趣和对PyMOL的日常使用，欢迎交流。