甲基化水平计算方法

一、单个位点甲基化水平：

单个位点的甲基化水平＝支持甲基化C的reads数/总的reads数

对于参考基因组上的C位点，有些reads（reads上此位置处是C）支持此位点是甲基化的C位点，有些reads不支持(reads上此位置是T), 那么单个位点的甲基化水平就是支持甲基化的reads数/(支持甲基化的reads数＋不支持甲基化的reads数)

计算得到单个位点的甲基化水平后，用二项分布检验判断某位点是否为甲基化C位点。

二、区域甲基化水平

对于某个区域的甲基化水平计算方法，不同的方法会得到不同的结果。

1)区域甲基化水平计算方法1-Fraction of methylated cytosines

即：甲基化C占区域内所有覆盖到的C位点的比例

a:区域甲基化水平=10/12;b)甲基化水平＝11/12

2)区域甲基化水平计算方法2-Mean methylation level

即:所有C位点的平均甲基化水平，区域内所有甲基化的C的单个位点甲基化水平之和/区域内所有覆盖到的C位点的个数

a)甲基化水平＝(2/2+3/3+20/21+4/30+4/25+3/17+3/20+6/7+4/6+5/5)/12
b)甲基化水平＝(1/5+1/3+3/12+40/41+29/31+30/32+77/87+45/47+4/12+1/7+2/10)/12

3)区域甲基化水平计算方法3-Weighted methylation level

即：加权甲基化水平，区域内所有甲基化C位点总的reads数/区域内总的覆盖度

a)甲基化水平＝(2+3+20+4+4+3+3+6+4+5)/(2+3+21+30+25+17+20+7+6+5+18+25)
b)甲基化水平=(1+1+3+40+29+30+77+45+4+1+2)/(5+3+12+16+41+31+32+87+47+12+7+10

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