进化树加多序列比对结果可视化 | ggtree

首先利用mega进行多序列（clustalw）比对然后用最大似然法建树
树文件另存为*.nwk
clustalw结果另存为fas结尾的fasta格式文件

利用ggtree进行可视化

library(ggtree)
tree <- read.tree("tree.nwk") # 读入树文件
p1 <- ggtree(tree) +
    geom_tiplab(size = 4) + # 加物种名称
    geom_treescale(fontsize=4, linesize=0.5) + # 加标尺
    geom_nodelab() + # 加bootstrap值
    xlim(0,15) #物种名字太长，调整x轴范围至完全显示
p1

msaplot(p1, "clustalw.fas",
        offset = 4)

msaplot(p1, "clustalw.fas",
        offset = 4,
        window = c(100, 120)) # window指定可视化范围，即序列长度范围

image.png

image.png

这里蛋白序列，种类比较多，所以不如核酸序列信息简洁明了。

其实真想看保守序列还是把多序列比对后的结果上传到espript3上吧，结果清晰明了

image.png