Nature：微生物空转 2022-11-17

2022年11月16日，Nature发表了弗雷德·哈钦森癌症研究中心 (Fred Hutchinson Cancer Research Center)的研究者们的最新微生物空间转录组研究成果！

(https://www.nature.com/articles/s41586-022-05435-0)

【摘要】
肿瘤相关菌群是人类癌症类型的肿瘤微环境的固有组成部分。迄今为止，肿瘤内宿主菌群的研究主要依赖于大块组织分析，这模糊了肿瘤内微生物群的空间分布和局部效应。
在这里，通过将原位空间谱分析技术和单细胞RNA测序应用于口腔鳞状细胞癌和结直肠癌，我们揭示了宿主-微生物在空间、细胞和分子上的相互作用。
我们采用10x Visium空间转录组学来确定患者组织内肿瘤内微生物群落的身份和原位位置。利用GeoMx数字空间轮廓，我们发现细菌群落在微微孔中分布，这些微孔血管化程度较低，具有高度免疫抑制作用，与细菌阴性肿瘤区域相比，与Ki-67水平较低的恶性细胞相关。我们开发了一种单细胞rna测序方法，我们将其命名为INVADEseq(入侵-粘附定向表达测序)，并将其应用于患者肿瘤，识别细胞相关细菌和与它们相互作用的宿主细胞，并发现与炎症、转移、细胞休眠和DNA修复有关的转录通路的改变。通过功能研究，我们发现被细菌感染的癌细胞以单细胞的形式侵入周围环境，并将髓系细胞招募到细菌区。
总的来说，我们的数据揭示了肿瘤内微生物群的分布不是随机的；相反，它在微细胞中高度组织，具有促进癌症的免疫进展和上皮细胞的功能。

下载链接：
https://www.nature.com/articles/s41586-022-05435-0.pdf

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