《凤凰厅志》记载，夏、商、殷、周以前，这里即为"武山苗蛮"之地。战国时期，属楚疆域。秦昭王三十年（公元前277年）建黔中郡。
秦王赢政统一中原后，把其所辖的广大地域划分为36郡，凤凰所在的黔中郡即为其一。汉高祖五年（公元前202年）更黔中郡为武陵郡，后几经变革，西汉期间凤凰归辰阳县辖。
三国时期，凤凰先属辰阳县、武陵郡，归蜀；后刘备战败，吴占其地，凤凰仍属武陵郡。
西晋归镡成县，东晋改归舞阳县。南北朝时期，凤凰一直属武陵郡。
隋朝一统江山，改辰阳县为辰溪县。凤凰当时属辰溪县，隶属沅陵郡地。唐朝初为锦州地，唐高祖武德三年，置麻阳县，凤凰又属麻阳县。唐垂拱二年（公元686年）“在坡山西址设渭阳县”，并载“山甚高，百姓食坡山溪水”。坡山即指凤凰山，坡山西设县城，古县城址就是今黄丝桥古城。古渭阳县址属锦州卢阳郡。
宋朝太宗太平兴国七年，改渭阳县为招谕县。宋神宗熙宁八年，废招谕县，复置麻阳县，渭阳又划归麻阳县。元时，统治者为了稳固政权，在渭阳境内设五寨司，五寨长官司驻镇竿（今凤凰县城）。
明朝承元制，设五寨长官司和竿子坪长官司，都属保靖宣慰司管辖。明永乐三年，置竿子坪长官司，仍属保靖宣慰司管辖。明隆庆三年，在凤凰山设凤凰营。明隆庆三年（公元1569 年），在凤凰山设凤凰营，正德八年（公元1513年）设镇竿守备。明嘉靖三十三年（公元1554年）移麻阳参将驻镇竿城。
清顺治三年（公元1646年）设镇竿协副将，康熙三十九年（公元1700年）升协为镇，镇竿成为清朝全国六十二镇之一。康熙四十三年（公元1704年）废土司，置凤凰营于今县城，移辰沅靖道驻镇竿。
镇竿成为全国八十九道之一；雍正七年（公元1729年），于湘西北设永顺府，辰沅靖道改为辰沅永靖兵备道，镇、道员均住凤凰、治辖范围覆盖整个大湘西二十余州县厅，为全国八大兵备道之一。
乾隆元年，改沅州为府属兵备，十六年改凤凰营为凤凰厅，通判升为同知。清乾隆五十三年（公元1791年）改凤凰营为厅（散厅），升通判为同知；嘉庆二年（公元1797年） 升散厅为直隶厅。
辛亥革命后，推翻清王朝，1912年元旦，凤凰光复。民国二年（公元1913年）改厅为县，称凤凰县。
1949 年凤凰县解放，凤凰古城初属沅陵专区，1955年划归湘西苗族自治州，1957年改属湘西土家族苗族自治州直至如今。