学习小组day3-jam

学习小组day3-jam（2020-11-18）

linux环境下的软件安装

生信环境通常使用miniconda即可（在家目录下建立biosoft、project、backup、pipeline、dataset、mvdata等文件夹分离管理各种文件）

通常去清华镜像下载最新版miniconda

wget 下载链接 然后 bash miniconda.sh文件安装 再source ~/.bashrc激活

添加镜像

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

安装软件

conda list 查看服务器安装的所有软件列表

conda search fastqc 搜索conda软件

conda -y install 软件名=0.11.7（版本号）

conda -y remove 软件名

创建环境

conda info -envs 查看当前有哪些环境

conda create -n rna python=3 创建python版本为3，名叫rna的小环境

conda activate 环境 进入环境 conda deactivate 环境名 退出环境 进入base环境