学习药物设计入门案例---分子对接（Autodock）

1.从file里面读取大分子受体蛋白4zau.pdb，在edit里面加氢，去水，计算电荷，设置原子类型ASSIGN AD4,去水，最后保存为PDBQT的格式。

1.PDBQT的格式。
2.从ligand里面open小分子配体azd9291.pdb.弹出提示框

点击确定。然后在ligand里面choose该配体。
接下来判定配体的root。ADT菜单栏：Ligand->Torsion Tree->Detect Root，选择配体可扭转的键。Ligand->Torsion Tree->Choose Torsions

点击done，保存为pdbqt文件。ADT菜单栏：“Ligand->Output->Save as PDBQT”
3.设置grid。
删掉屏幕中的配体，打开受体分子，ADT菜单栏：“Grid->Macromocule->Open”，打开“r.pdbqt”。弹出的对话框如下图，点击Yes及确定

打开配体分子，ADT菜单栏：“Grid->Set Map Types->Open ligand”

设置GridBox。ADT菜单栏：“Grid->Grid Box…”，打开Grid Options对话框。调整X,Y,Z及格子中心坐标。我们这里就设置成如下图

坐标是从pdb文件里找的关键氨基酸残基的CA坐标，大小都是设置成60.（看小木虫里被人说的，60差不多就可以包括附近的关键氨基酸残基了）

设置完成后点击Grid Options 菜单中：File→Close saving current 保存并关闭对话框。
点击File——Close saving current保存盒子信息，选择Grid——Output——Save GPF，保存为protein_ligand.gpf文件（注意Windows下要手动添加文件名后缀）；

4.点击Docking——Macromolecule——Set RigidFilename，选择4zau.pdbqt文件，将受体蛋白质设置为刚性；
同样的方法Docking——Ligand——Choose，选择配体，设置初始位置等信息，点击Accept即可；

选择Docking——Output——Lamrckian GA 4.2，选择拉马克遗传算法作为对接算法，保存成为protein_ligand.dpf文件（Windows下手动加后缀），dpf文件中包含了分子对接的信息，默认对接的构象数为10个，可以用文本编辑器打开dpf文件，手动修改对接的构象数目（ga_run 10）；

5.至此，分子对接的准备文件就完成了，接下来就是运行Autogrid和AutoDock程序了，
运行autogrid，ADT菜单栏：Run->Run Autogrid

点击launch弹出一个小窗口，瞬间消失
6. 准备DPF文件运行AutoDock
在窗口中删掉受体和配体分子，运行AutoDock程序，
运行autogrid，ADT菜单栏：Run->Run AutoDock

点击lanuch后会出现一个小框瞬间消失了。
但是最后的文件夹里面没收生成dlg文件。我就做到这里了，每次都是这样不出结果。